КИЇВСЬКИЙ ОКРУЖНИЙ АДМІНІСТРАТИВНИЙ СУД  	
Р І Ш Е Н Н Я
І М Е Н Е М У К Р А Ї Н И
07 липня 2026 року м. Київ справа №320/1381/24
Київський окружний адміністративний суд у складі головуючої судді Кочанової П.В., розглянувши за правилами спрощеного позовного провадження у письмовому провадженні адміністративну справу за позовом Державної установи "Національний науковий центр радіаційної медицини" Національної академії медичних наук України до Головного управління ДПС у м. Києві про визнання протиправним та скасування рішення в частині,-

ВСТАНОВИВ:

Позивач, Державна установа «Національний науковий центр радіаційної медицини» Національної академії медичних наук України звернулась до Київського окружного адміністративного суду з адміністративним позовом до Головного управління ДПС у м. Києві, в якому просить суд:
- визнати протиправним та скасувати рішення Головного управління ДПС у м. Києві від 10.08.2023 №05310424025 в частині застосування штрафу у розмірі 1392304,51 грн.
В обґрунтування позовних вимог позивач зазначив, що ним своєчасно та у повному обсязі було сплачено грошові зобов`язання з ЄСВ за період листопад 2014 року - грудень 2014 року, крім цього, позивач вказав, що вирішуючи питання щодо розміру застосованої штрафної санкції контролюючим органом необґрунтовано застосовано штраф у розмірі 50%, оскільки діючим, станом на час виникнення спірних правовідносин, законодавством, було передбачено, що штраф має бути накладено у розмірі 10% суми за кожний повний або не повний звітний період а тому підстави для нарахування штрафної санкції у розмірі 1392304,51 грн. відповідно до п.3 ч.11 ст.25 Закону №2464 у податкового органу відсутні.
Ухвалою Київського окружного адміністративного суду від 7 лютого 2024 року відкрито провадження в адміністративній справі за правилами спрощеного позовного провадження без повідомлення (виклику) сторін та без проведення судового засідання.
Протоколом повторного автоматизованого розподілу судової справи між суддями у зв`язку зі звільненням судді ОСОБА_1 з посади, справу №320/1381/24 розподілено судді Кочановій П.В.
Ухвалою Київського окружного адміністративного суду від 6 березня 2025 року адміністративну справу № 320/1381/24 прийнято до провадження судді Кочанової П.В., розгляд справи вирішено здійснювати за правилами спрощеного позовного провадження без повідомлення (виклику) сторін та проведення судового засідання за наявними у справі матеріалами.
22 лютого 2024 року позивачем було надано клопотання про долучення додаткових доказів, а саме копії листа ГУ ДПС у м. Києві щодо сплачених сум ЄСВ, зі змісту якого видно, що у спірний період товариством сплачувались відповідні суми ЄСВ своєчасно та у повному обсязі.
Відповідач із позицією позивача не погодився, надав відзив, в якому доводив, що при прийнятті оскаржуваного рішення він діяв на підставі, в межах повноважень та у спосіб, що передбачений Конституцією та законами України, з використанням повноважень з метою, з якою ці повноваження надані, обґрунтовано, добросовісно, розсудливо, з дотриманням принципу рівності перед законом, запобігаючи несправедливій дискримінації, пропорційно і своєчасно, а оскаржуване рішення є такими, що не підлягають скасуванню, оскільки підприємством, в порушення приписів Закону № 2464 надано до контролюючого органу звіт про щодо нарахованого єдиного внеску на загальнообов`язкове державне соціальне страхування із помилками, в результаті чого, в період що перевірявся, платником занижено нарахування єдиного внеску у розмірі — 2 784 609,03 грн., в тому числі за листопад 2014 року у розмірі - 1 338 351,31 грн. та за грудень 2014 року в розмірі - 1 446 257,72 грн.
Позивач із доводами відповідача не погодився, надав відповідь на відзив, в якій зазначив, що вважає відзив формальним, та таким, що не спростовує доводів позивача, звертав увагу на долучену відповідь ГУ ДПС стосовно сплати ЄСВ, яка, на його думку, доводить протиправність прийнятого рішення про застосування штрафу.
Розглянувши документи і матеріали, всебічно і повно з`ясувавши всі фактичні обставини, на яких ґрунтується позов, об`єктивно оцінивши докази, які мають юридичне значення для розгляду справи і вирішення спору по суті, судом встановлено наступне.
Позивач: Державна установа «Національний науковий центр радіаційної медицини» Національної академії медичних наук України код ЄДРПОУ: 04837835, місцезнаходження: 04050, м. Київ, вул. Юрія Іллєнка, буд. 53, зареєстровано в Єдиному державному реєстрі юридичних осіб, фізичних осіб-підприємців та громадських формувань, як державна організація, з 22.03.1995 із основним видом економічної діяльності, згідно КВЕД: 72.19 Дослідження й експериментальні розробки у сфері інших природничих і технічних наук, інші види: 85.42 Вища освіта, 86.10 Діяльність лікарняних закладів, 86.22 Спеціалізована медична практика, 86.23 Стоматологічна практика, 85.60 Допоміжна діяльність у сфері освіти, 85.59 Інші види освіти, н.в.і.у., 77.39 Надання в оренду інших машин, устатковання та товарів, н.в.і.у., 77.11 Надання в оренду автомобілів і легкових автотранспортних засобів, 74.90 Інша професійна, наукова та технічна діяльність, н.в.і.у., 68.20 Надання в оренду й експлуатацію власного чи орендованого нерухомого майна, 58.19 Інші види видавничої діяльності, 58.11 Видання книг, 56.29 Постачання інших готових страв, 55.90 Діяльність інших засобів тимчасового розміщування, перебуває на податковому обліку у Головному управлінні ДПС у м. Києві (Правобережна ДПІ), як особа, що припиняється; анульоване свідоцтво ПДВ в реєстрі платників ПДВ; організація виключена з Реєстру неприбуткових установ та організацій на підставі рішення контролюючого органу № 2426594600636 від 11.12.2024, що підтверджується витягом з ЄДР, наявного у матеріалах справи. 
Головним управлінням ДПС у м. Києві, на підставі направлень на перевірку від 03.08.2022 № 7780/26-15-07-06-01-17, № 7783/26-15-07-03-01, № 7781/26-15-23-03, № 7784/26-15-07-08-04, №7782/26-15-07-07-03, від 01.08.2022 № 7497/26-15-24-02-05, Наказу Головного управління ДПС у м. Києві від 27.07.2022 № 2899-п, та відповідно до підпункту 78.1.7 п. 78.1 ст.78 Податкового кодексу України від 02.12.2010 № 2755-VI, проведена документальна позапланова виїзна перевірка Державна установа «Національний науковий центр радіаційної медицини» Національної академії медичних наук України код ЄДРПОУ: 04837835, з відома та в присутності голови комісії з реорганізації ДУ «ННЦРМ Національної академії медичних наук України» ОСОБА_2 та члена комісії – головного бухгалтера Варанкіної Людмили Анатоліївни, з питань дотримання вимог податкового законодавства за період з 01.01.2017 по дату завершення перевірки, валютного - за періодз 01.01.2017 по дату завершення перевірки, єдиного внеску на загальнообов`язкове державне соціальне страхування - за період з 01.01.2011 по дату завершення перевірки та іншого законодавства за відповідний період, відповідно до затвердженого плану документальної перевірки, за результатами якої було складено Акт від 30.08.2022 № 21388/Ж5/26-15-07-06-01-19/04837835.
Перевірка проводилась у проміжок часу з 03.08.2022 по 23.08.2022, із продовженням терміну з 17.08.2022 по 23.08.2022 на підставі наказу Головного управління ДПС у м. Києві від 12.08.2022 № 3206-п.
У висновках вказаного акту зазначено, що перевіркою встановлено порушення товариством приписів п.п. 133.4.2 та п.п. 133.4.3 п. 133.4 ст.134 Податкового кодексу України від 02.12.2010 № 2755-VІ (із змінами та доповненнями), в результаті чого занижено податок на прибуток підприємств на загальну суму 172 345 грн., в т.ч. за 2020 рік на суму 172 345 гривень.
п.п. 44.1, 44.2, 44.6 ст. 44, п.п. 134.1.1 п. 134.1 ст. 134, п.135.1 ст. 135 Податкового кодексу України від 02.12.2010 № 2755-VІ (із змінами, та доповненнями), в результаті чого встановлено заниження податку на прибуток на загальну суму 5 443 272 грн., в тому числі; 2021 рік на суму 5 443 272 гривень.
ст. 51, п. 70.16 ст. 70, пп. 176.2 «б» п. 176.2 ст. 176 Податкового кодексу України від 02.12.2010 №2755-VІ (зі змінами та доповненнями), в результаті чого встановлено подання з помилками податкової звітності про суми доходів, нарахованих (сплачених) на користь платника податків, суми утриманого з них податку (форма №1 ДФ) за І, II, III, IV квартали 2017, за І, ІІ, ІІІ квартали 2018, та не своєчасне подання І квартал 2017, квартал 2019, за І, II, III, IV квартали 2020, за І, II, III квартали 2020 роки.,
пп. 4.2.6 п. 4.2 ст. 6 розділу II Закону України «Про збір та облік єдиного внеску загальнообов`язкове державне соціальне страхування» від 08.07.2010 № 2464-VІ зі змінами, в результаті чого встановлено подання з порушення встановлених строків Звіту про суми нарахованої заробітної плати (доходу, грошового забезпечення, допомоги, компенсації) застрахованих осіб та суми нарахованого єдиного внеску |на загальнообов`язкове державне соціальне страхування до органів доходів і зборів за березень, травень, червень, липень жовтень, грудень 2015 року, січень, лютий, березень, квітень, червень, грудень 2016 року травень 2017 року, червень, вересень 2020 року
п. 1 ч. 2 ст. 6 Закону України «Про збір та облік єдиного внеску на загальнообов`язкове державне соціальне страхування» від 08.07.2010 №2464-VI (із змінами та доповненнями) в результаті чого, в період що перевірявся, платником занижено нарахували єдиного внеску в сумі - 2 784 609,03 грн., в тому числі за листопад 2014 у розмірі - 1 338 351,31 грн. та за грудень 2014 у розмірі - 446 257,72 грн.
Позивач із висновками цього акту не погодився, надав свої заперечення.
За результатом розгляду заперечень, наданих ДУ «ННЦРМ НАМНУ», на підставі протоколу № 303/26-15-07-06-01-22 від 16.09.2022 постійної комісії Головного управління ДПС у м. Києві з питань розгляду заперечень та пояснень до акту перевірки, Головним управлінням ДПС у м. Києві вирішено залишити без змін висновки акту перевірки, а заперечення без задоволення, про що, було складено висновок № 372/26-15-07-06-01-21 від 16.09.2022, копія якого міститься в матеріалах справи.
На підставі означеного акту Головним управлінням ДПС у м. Києві було прийнято, у тому числі, рішення від 10.08.2023 № 05310424025, яким, відповідно до п. 3 ч. 11 ст. 25 Закону України № 2464 до підприємства застосовано штрафну санкцію у розмірі 1392304,51 грн.
Відповідно розрахунку штрафної санкції така була застосована за встановлене порушення п. 1 ч. 2 ст. 6 ЗУ № 2464, з огляду на те, що в період, який перевірявся платником занижено нарахування єдиного внеску в сумі 2784609,03 грн., в тому числі за листопад 2014 року у розмірі 1338351,31 грн. та за грудень 2014 року у розмірі 1446257,72 грн., тому за вказані періоди було застосовано штрафну санкція, з урахуванням п. 3 ст. 25 ЗУ № 2464, у розмірі 50%, а саме за листопад 2014 року у сумі 669 175,65 грн., за грудень 2014 року у сумі 723 128,86 грн. 
Позивач із вказаним рішенням не погодився, оскаржив його в адміністративному порядку.
Рішенням ДПС України від 14.09.2023 № 27145/6/99-00-06-02-01-06 скаргу товариства залишено без розгляду.
При цьому, як видно з наявних матеріалів справи, позивач звертався до ГУ ДПС у м. Києві з заявою щодо надання акту звірки від 23.09..2023 № 01-1/581 (вх. до ГУ ДПС від 25.09.2023 № 96477/6), на яку контролюючим органом була надана відповідь від 29.09.2023 вих. № 92509/6/26-15-19-09-09, із детальним та послідовним відображенням розрахунків з бюджетом останнього.
Водночас позивач звернувся до Головного управління Пенсійного фонду України в м. Києві із зверненням щодо нарахувань найманим працівникам заробітної плати та сплати єдиного соціального внеску за листопад – грудень 2014 року, на яке ГУ ПФУ надано відповідь від 11.10.2023 № 2600-0704-8/2000684, в якій академії було повідомлено, що, станом на дату надання відповіді в управлінні наявна інформація щодо нарахувань найманим працівникам заробітної плати та сплати ЄСВ за листопад – грудень 2014 року, даний період зараховано до страхового стажу, а також зазначено, що інформація про суми надходжень від сплати ЄСВ, що використовується суб`єктами інформаційного обміну для виконання встановлених функцій, надається податковою службою в електронному вигляді на центральному рівні.
Враховуючи вищевикладене, беручи до уваги, що установою у повному обсязі виконано обов`язок зі сплати ЄСВ, останнє переконане, що оскаржуване рішення є протиправним та має бути скасовано, а тому ДУ «ННЦРМ НАМНУ» звернулось до суду із цим позовом.
Надаючи правову оцінку спірним правовідносинам, що виникли між сторонами, суд виходить з наступного.
Відповідно до ч. 2 ст. 19 Конституції України органи державної влади та органи місцевого самоврядування, їх посадові особи зобов`язані діяти лише на підставі, в межах повноважень та у спосіб, що передбачений Конституцією та законами України.
Згідно із пп. 16.1.4 п. 16.1 ст. 16 Податкового кодексу України (далі Кодекс) платник податків зобов`язаний сплачувати податки та збори в строки та у розмірах, встановлених Кодексом та законами з питань митної справи.
Пунктом 36.1 ст. 36 Кодексу визначено, що податковим обов`язком визнається обов`язок платника податку обчислити, задекларувати та/або сплатити суму податку та збору в порядку і строки, визначені цим Кодексом.
Відповідно до п. 36.5 ст. 36 Кодексу відповідальність за невиконання або неналежне виконання податкового обов`язку несе платник податків, крім випадків, визначених Кодексом або законами з питань митної справи.
Статтею 67 Конституції України передбачено, що кожен зобов`язаний сплачувати податки і збори в порядку і розмірах, встановлених законом.
Правові та організаційні засади забезпечення збору та обліку єдиного внеску, умови та порядок нарахування і сплати та повноваження органу, що здійснює його збір та ведення обліку, визначає Закон України від 08 липня 2010 року № 2464-VІ «Про збір та облік єдиного внеску на загальнообов`язкове державне соціальне страхування» (далі - Закон № 2464).
Так, порядок сплати єдиного внеску на загальнообов`язкове державне соціальне страхування, передбачений Законом України «Про збір та облік єдиного внеску на загальнообов`язкове соціальне страхування» (далі - Закон № 2464).
Пунктом 2 ч. 1 ст. 1 Закону № 2464 визначено, що єдиний внесок на загальнообов`язкове державне соціальне страхування - консолідований страховий внесок, збір якого здійснюється до системи загальнообов`язкового державного соціального страхування в обов`язковому порядку та на регулярній основі з метою забезпечення захисту у випадках, передбачених законодавством, прав застрахованих осіб на отримання страхових виплат (послуг) за діючими видами загальнообов`язкового державного соціального страхування.
Відповідно до положень ч. 2 ст. 6 Закону № 2464 платник єдиного внеску зобов`язаний своєчасно та в повному обсязі нараховувати, обчислювати і сплачувати єдиний внесок.
Згідно з нормами ч. 7 ст. 9 Закону № 2464 єдиний внесок сплачується шляхом перерахування платником безготівкових коштів з його банківського рахунку.
У відповідності до ч. 8 ст. 9 Закону № 2464 платники єдиного внеску зобов`язані сплачувати єдиний внесок, нарахований за відповідний базовий звітний період, не пізніше 20 числа місяця, що настає за базовим звітним періодом. Базовим періодом є календарний місяць, а для фізичних осіб - підприємців базовим звітним періодом є рік.
Як вбачається з матеріалів справи, на думку контролюючого органу підприємством порушено приписи п. 1 ч. 1 ст. 4, ч. 2 п.1 ст. 6 Закону № 2464; абз. 1 ч. 1 п. 1 ст. 7 Закону України № 2464, п. 4 ч.2 ст. 6 розділу ІІ Закону № 2464, п.6, п. 8 розділу ІІ, п. 1 розділу ІІІ Порядку № 435, в результаті чого, в період, що перевірявся, платником занижено нарахування з ЄСВ у розмірі 2784609,03 грн., у т.ч. за листопад 2014 року у розмірі 1338351,31 грн. та за грудень 2015 року у сумі 1446257,72 грн.
Такі висновки базуються на тому, що Звіти про суми нарахованої заробітної плати (доходу, грошового забезпечення, допомоги, компенсації) застрахованих осіб та суми нарахованого єдиного внеску на загальнообов`язкове державне соціальне страхування було подано з помилками, тому такі вважаються не поданими, з огляду на що контролюючим органом зроблено висновок, що установою занижено нарахування ЄСВ у загальній сумі 2784609,03 грн., на підставі чого й прийнято спірне рішення №05310424025 від 10.08.2023, яким застосовано штрафну санкцію у розмірі 50% від суми заниження.
Ухвалою Київського окружного адміністративного суду від 30 квітня 2026 року було витребувано від Головного управління пояснення з приводу того, які саме помилки було допущено позивачем у спірних звітах, із одночасним наданням копій цих звітів, а також витребувано копію ІКП позивача за спірний період.
На виконання вимог ухвали суду відповідачем надано копію ІКП та звітів, проте пояснення щодо того, які саме помилки було допущено позивачем у спірних звітах суду не надано.
При цьому, позивач наполягає, що ним своєчасно та у повному обсязі сплачувались зобов`язання з ЄСВ, у тому числі, і за спірний період, та у якості доказу ним долучено до матеріалів справи наступні платіжні доручення: 
№34 від 26.11.2014 на суму 741,01 грн., призначення платежу «*;101;04837835; ЄСВ 2% утриманий з допомоги по тимчасовій непрацездатності ІІ ст.. за жовтень 2014»;
№ 38 від 08.12.2014 на суму 1749,14 грн., призначення платежу «*;101;04837835; ЄСВ 3,6% утриманий з відпускних ЧАЕС за жовтень-листопад 2014»;
№41 від 08.12.2014 на суму 10527,56 грн., призначення платежу «*;101;04837835; ЄСВ 36,3%, 8,41%, нарахований на відпускні ЧАЕС за жовтень-листопад 2014»;
№ 28 від 07.11.2014 на суму 854,01 грн., призначення платежу «*;101;04837835; ЄСВ 3,6%, 6,1%, утриманих з відпускних ЧАЕС за вересень 2014»;
№ 31 від 07.11.2014 на суму 5577,52 грн., призначення платежу «*;101;04837835; ЄСВ 36,3%, 8,41%, нарахований на відпускні ЧАЕС за вересень 2014»;
№ 43 від 24.12.2014 на суму 509,77 грн., призначення платежу «*;101;04837835; ЄСВ 3,6%, 6,1%, утриманий з відпускних ЧАЕС за грудень 2014»;
№ 46 від 24.12.2014 на суму 2235,47 грн., призначення платежу «*;101;04837835; ЄСВ 36,3%, 8,41%, нарахований на відпускні ЧАЕС за грудень 2014»;
Із одночасним наданням відповідних банківських виписок.
Поряд з цим, позивач зазначив, що, враховуючи, що з початку виникнення спірних правовідносин до дати судового оскарження сплинув тривалий час деякі платіжні інструкції було втрачено, при цьому відсутність боргу та/або порушення термінів сплати зобов`язання з ЄСВ останній доводить відповіддю, наданою ПФУ. 
Судом проаналізовано надані звіти та квитанції до них та встановлено, що помилки, які було встановлено контролюючим органом мали технічний характер тому, враховуючи інформацію, наявну в ІКП позивача, а також, враховуючи надану відповідь безпосередньо ГУ ДПС та ПФУ, суд констатує, що такі не потягнули за собою заниження суми нарахування ЄСВ тому посилання контролюючого органу, викладене в Акті перевірки є помилковим з огляду на таке. 
Відповідно до положень ч. 2 ст. 6 Закону № 2464 платник єдиного внеску зобов`язаний своєчасно та в повному обсязі нараховувати, обчислювати і сплачувати єдиний внесок.
Згідно з нормами ч. 7 ст. 9 Закону № 2464 єдиний внесок сплачується шляхом перерахування платником безготівкових коштів з його банківського рахунку.
У відповідності до ч. 8 ст. 9 Закону № 2464 платники єдиного внеску зобов`язані сплачувати єдиний внесок, нарахований за відповідний базовий звітний період, не пізніше 20 числа місяця, що настає за базовим звітним періодом. Базовим періодом є календарний місяць, а для фізичних осіб - підприємців базовим звітним періодом є рік.
Водночас, в період, з якого у суб`єкта господарювання виникає обов`язок нарахувати єдиний внесок є не факт складання (подання) звіту, а факт нарахування заробітної плати (грошового забезпечення), і базою нарахування є нарахована заробітна плата, яка обчислюється на підставі бухгалтерських документів, а не даних Звіту по єдиному внеску.
З наведеного слідує, що позивач належним чином виконав вимоги Закону щодо своєчасного нарахування, обчислення та сплати єдиного внеску, при цьому, допущені помилки при формуванні Звітів не вплинули на фактичні розрахунки з бюджетом, що, як зазначено вище, підтверджується копією ІКП позивача, відповіддю контролюючого органу та ПФУ, що вказує на те, що обов`язкові платежі (податки/внески) було сплачено, а тому, неможливо стверджувати про порушення податкового законодавства, що полягає у неподанні звіту, адже платіжні доручення та ІКП підприємства підтверджують вказані висновки.
Таким чином, суд вважає помилковим висновок ГУ ДПС у м. Києві про те, що неподання звіту про суми нарахованої заробітної плати застрахованих осіб та суми нарахованого єдиного внеску на загальнообов`язкове державне страхування призвело до заниження фонду оплати праці, на який нараховується єдиний внесок, адже обов`язок нарахувати єдиний внесок є не факт складання (подання) звіту, а факт нарахування заробітної плати (грошового забезпечення), і базою нарахування є нарахована заробітна плата, яка обчислюється на підставі бухгалтерських документів, а не даних Звіту по єдиному внеску. 
З огляду на викладене, враховуючи, що позивач належним чином виконав вимоги Закону № 2464-VІ щодо своєчасного нарахування, обчислення та сплати єдиного внеску, а допущена ним помилка при формуванні Звітів не призвела до заниження суми ЄСВ, як зазначає відповідач, суд доходить висновку, що Головним управлінням ДПС у м. Києві застосовано штрафні санкції протиправно.
Решта доводів та заперечень учасників справи висновків суду по суті позовних вимог не спростовують.
Слід зазначити, що згідно практики Європейського суду з прав людини та зокрема, рішення у справі «Серявін та інші проти України» від 10 лютого 2010 року, заява 4909/04, відповідно до п.58 якого суд повторює, що згідно з його усталеною практикою, яка відображає принцип, пов`язаний з належним здійсненням правосуддя, у рішеннях судів та інших органів з вирішення спорів мають бути належним чином зазначені підстави, на яких вони ґрунтуються. Хоча пункт 1 статті 6 Конвенції зобов`язує суди обґрунтовувати свої рішення, його не можна тлумачити як такий, що вимагає детальної відповіді на кожен аргумент. Міра, до якої суд має виконати обов`язок щодо обґрунтування рішення, може бути різною в залежності від характеру рішення (рішення у справі «Руїс Торіха проти Іспанії» від 9 грудня 1994 року, серія A, № 303-A, п.29).
У справах щодо оскарження рішень, дій чи бездіяльності суб`єктів владних повноважень адміністративні суди перевіряють, чи прийняті (вчинені) вони: 1) на підставі, у межах повноважень та у спосіб, що визначені Конституцією та законами України; 2) з використанням повноваження з метою, з якою це повноваження надано; 3) обґрунтовано, тобто з урахуванням усіх обставин, що мають значення для прийняття рішення (вчинення дії); 4) безсторонньо (неупереджено); 5) добросовісно; 6) розсудливо; 7) з дотриманням принципу рівності перед законом, запобігаючи всім формам дискримінації; 8) пропорційно, зокрема з дотриманням необхідного балансу між будь-якими несприятливими наслідками для прав, свобод та інтересів особи і цілями, на досягнення яких спрямоване це рішення (дія); 9) з урахуванням права особи на участь у процесі прийняття рішення; 10) своєчасно, тобто протягом розумного строку (ч. 2 ст.2 КАС України).
Згідно з вимогами ст. 77 КАС України кожна сторона повинна довести ті обставини, на яких ґрунтуються її вимоги та заперечення.
В адміністративних справах про протиправність рішень, дій чи бездіяльності суб`єкта владних повноважень обов`язок щодо доказування правомірності свого рішення, дії чи бездіяльності покладається на відповідача, якщо він заперечує проти адміністративного позову.
Відповідно до ст. 90 КАС України суд оцінює докази, які є у справі, за своїм внутрішнім переконанням, що ґрунтується на їх безпосередньому, всебічному, повному та об`єктивному дослідженні.
Враховуючи викладене, суд дійшов висновку про обґрунтованість позовних вимог та необґрунтованість рішення відповідача, а тому, позов необхідно задовольнити повністю.
З огляду на вище викладене, спірні податкові повідомлення - рішення є протиправними та підлягають до скасування.
Відповідно до ч. 1 ст. 139 КАС України при задоволенні позову сторони, яка не є суб`єктом владних повноважень, всі судові витрати, які підлягають відшкодуванню або оплаті відповідно до положень цього Кодексу, стягуються за рахунок бюджетних асигнувань суб`єкта владних повноважень, що виступав відповідачем у справі, або якщо відповідачем у справі виступала його посадова чи службова особа.
Відповідно до матеріалів справи, позивачем сплачено судовий збір у розмірі 20884,57 грн, що підтверджується квитанцією до платіжної інструкції від 20.09.2023 № 1693 на суму 20 884,57 грн.
Керуючись ст.ст. 72-77, 139, 243 246 Кодексу адміністративного судочинства України суд,-
В И Р І Ш И В:
Адміністративний позов Державної установи "Національний науковий центр радіаційної медицини" Національної академії медичних наук України до Головного управління ДПС у м. Києві про визнання протиправним та скасування рішення в частині - задовольнити.
Визнати протиправним та скасувати рішення Головного управління ДПС у м. Києві від 10.08.2023 №05310424025 в частині застосування штрафу у розмірі 1 392 304,51 грн.
Стягнути на користь Державної установи «Національний науковий центр радіаційної медицини» Національної академії медичних наук України (код ЄДРПОУ: 04837835, місцезнаходження: 04050, м. Київ, вул. Юрія Іллєнка, буд. 53) сплачений судовий збір у розмірі 20884 (двадцять тисяч вісімсот вісімдесят чотири) грн. 57 коп. за рахунок бюджетних асигнувань Головного управління Державної податкової служби у м.Києві (код ЄДРПОУ 44116011, 04116, м. Київ, вул. Шолуденка,33/19).
Рішення набирає законної сили після закінчення строку подання апеляційної скарги всіма учасниками справи, якщо скаргу не було подано. У разі подання апеляційної скарги рішення, якщо його не скасовано, набирає законної сили після повернення апеляційної скарги, відмови у відкритті апеляційного провадження чи закриття апеляційного провадження або прийняття постанови судом апеляційної інстанції за наслідками апеляційного перегляду.
Апеляційна скарга на рішення суду подається до Шостого апеляційного адміністративного суду протягом тридцяти днів з дня його проголошення. У разі оголошення судом лише вступної та резолютивної частини рішення, або розгляду справи в порядку письмового провадження, апеляційна скарга подається протягом тридцяти днів з дня складення повного тексту рішення.
Повний текст рішення складено та підписано 7 липня 2026 року.

Суддя Кочанова П.В.