Харківський окружний адміністративний суд 	
61700, м. Харків, майдан Свободи, 6, inbox@adm.hr.court.gov.ua, ЄДРПОУ: 34390710

РІШЕННЯ
ІМЕНЕМ УКРАЇНИ

21 липня 2026 року, м. Харків справа № 520/13266/25 
Харківський окружний адміністративний суд у складі головуючої судді Ширант А.А., розглянувши в порядку спрощеного позовного провадження адміністративну справу за позовом Товариства з обмеженою відповідальністю "БУДІВЕЛЬНА КОМПАНІЯ "ВЕРТИКАЛЬ-ПЛЮС" (просп. Льва Ландау, буд. 155-Б, м. Харків, Харківська обл., Харківський р-н, 61060, код ЄДРПОУ 41718792) до Державної податкової служба України (пл. Львівська, буд. 8, м. Київ, 04053, код ЄДРПОУ 43005393), Головного управління ДПС у Харківській області, утвореного на правах відокремленого підрозділу Державної податкової служби України (вул. Григорія Сковороди, буд. 46, м. Харків, Харківська обл., Харківський р-н, 61057, код ЄДРПОУ 43983495) про визнання протиправним та скасування рішень, зобов`язання вчинити певні дії, 
ВСТАНОВИВ:
Позивач звернувся до суду з позовною заявою, в якій просить суд:
- визнати протиправним та скасувати рішення Головного управління державної податкової служби України у Харківській області, яке оформлене листом № 12116/6/20-40-18-03-09 від 17.03.2025 року щодо відмови Товариству з обмеженою відповідальністю «БУДІВЕЛЬНА КОМПАНІЯ «ВЕРТИКАЛЬ-ПЛЮС» у застосуванні вимог п. 6-1 «Порядку зупинення реєстрації податкової накладної розрахунку коригування в єдиному реєстрі податкових накладних», затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 11 грудня 2019 року № 1165;
- визнати протиправним та скасувати рішення Державної податкової служби України, яке оформлене листом № 5996/6/99-00-18-01-01-06 від 03.03.2025 року щодо відмови Товариству з обмеженою відповідальністю «БУДІВЕЛЬНА КОМПАНІЯ «ВЕРТИКАЛЬ-ПЛЮС» у застосуванні вимог п. 6-1 «Порядку зупинення реєстрації податкової накладної розрахунку коригування в єдиному реєстрі податкових накладних», затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 11 грудня 2019 року № 1165;
- зобов`язати Державну податкову службу України зареєструвати податкові накладні, реєстрація яких була зупинена (згідно із реєстром) датою їх фактичного подання як такі, що підлягають автоматичній реєстрації за умови виконання вимог п. 6-1 Порядку зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 11.12.2019 року №1165.

Позиція позивача 
В обґрунтування позовних вимог позивач вказує, що відповідачі, після скасування у судовому порядку рішення про відповідність позивача п.8 Критерії ризиковості платника податків, безпідставно відмовили позивачу у автоматичній реєстрації податкових накладних, реєстрація яких була зупинена через відповідність позивача п.8 Критерії ризиковості платника податків. 

Позиція відповідачів
Відповідачі подали до суду відзиви на позовну заяву, з аналогічною аргументацією, в яких заперечують проти позовних вимог.
В обґрунтування відзивів зазначають, що реєстрацію податкових накладних зупинено з тих підстав, що платник податку, відповідає пункту 8 Критеріїв ризиковості платника податків. 
У судовому порядку рішення про відповідність позивача п.8 Критеріїв було скасовано, проте, п. 6-1 Порядку зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних, не передбачає автоматичної реєстрації податкових накладних/розрахунків коригування на підставі рішення суду. 
Окрім цього, стверджує, що позивач посилається на положення законодавства, які набрали чинності після виникнення спірних правовідносин. 
Переконує, що оскільки реєстрація податкових накладних зупинена, позивач має право подати пояснення та документи для розблокування податкової накладної, чого позивачем зроблено не було. 
Вказує, що відповідачі не відмовляли у реєстрації податкових накладних, з огляду на що позивачем було обрано неналежний спосіб захисту свого права, що підтверджується численною практикою Верховного Суду. 
Також, вважає безпідставними позовні вимоги про покладення судом обов`язку на податковий орган зареєструвати ПН в ЄРПН, оскільки такі дії є дискреційними повноваженнями відповідача.
Просить відмовити у задоволенні позовних вимог. 

Обставини, встановлені судом та зміст правовідносин
Судом встановлено, що Комісією ГУ ДПС з питань зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних було прийнято рішення № 2808 від 02.02.2023 р. про відповідність ТОВ «БК «ВЕРТИКАЛЬ-ПЛЮС» критеріям ризиковості платника податку.
Не погодившись з вказаним рішенням, ТОВ «БК «ВЕРТИКАЛЬ-ПЛЮС» звернулось до суду з адміністративним позовом, за наслідками розгляду якого рішенням Харківського окружного адміністративного суду від 07.09.2023 у справі № 520/15029/23, яке набрало законної сили згідно постанови Другого апеляційного адміністративного суду від 18.04.2024 визнано протиправним та скасовано рішення Комісії з питань зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних Головного управління ДПС у Харківській області про відповідність/невідповідність платника податку на додану вартість критеріям ризиковості платника податку №2808 від 02.02.2023р.; зобов`язано Головне управління ДПС у Харківській області виключити ТОВ"БУДІВЕЛЬНА КОМПАНІЯ "ВЕРТИКАЛЬ-ПЛЮС" з переліку платників податків, які відповідають критеріям ризиковості.
Як свідчать матеріали справи та пояснення відповідачів, на виконання рішення Харківського окружного адміністративного суду від 07.09.2023 у справі № 520/15029/23, ТОВ «БК «ВЕРТИКАЛЬ-ПЛЮС» було виключено з переліку платників податку, які відповідають критеріями ризиковості платника податку.
Між тим, у період з 09.01.2023 по 21.07.2023 позивачем було складено податкові накладні. Вказані податкові накладні було направлено на реєстрацію до Єдиного реєстру податкових накладних, за наслідками чого квитанціями реєстрацію вказаних податкових накладних було зупинено з посиланням на п. 201.16. ст. 201 Податкового кодексу України, а саме: податкова накладна подана платником податку, який відповідає п.8 Критеріїв ризиковості платника податку. Позивачу було запропоновано надати пояснення та копії документів, достатніх для прийняття рішення про реєстрацію податкової накладної в Єдиному реєстрі податкових накладних.
Після набрання чинності судовим рішенням у справі № 520/15029/23 позивач звернувся до ДПС України та ГУ ДПС у Харківській області з листом від 19.02.2025, в якому просив здійснити реєстрацію податкових накладних в єдиному реєстрі податкових накладних, реєстрація яких була зупинена у зв`язку із прийняттям скасованого Рішення про відповідність платника податку на додану вартість критеріям ризиковості платника податку. При цьому позивач посилався на п. 6-1 Порядку зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних», затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 11.12.2019р. № 1165.
ГУ ДПС у Харківській області, листом від 17.03.2025 повідомила позивача, що на виконання рішення Харківського окружного адміністративного суду від 07.09.2023 у справі 520/15029/23, рішення Комісії Головного управління ДПС у Харківській області з питань зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних від 02.02.2023 № 2808 про відповідність ТОВ БК ВЕРТИКАЛЬ ПОЛНО критеріям ризиковості платника податку на додану вартість, скасовано 30.04.2024 та виключено ТОВ БК ВЕРТИКАЛЬ-ПЛЮС» з переліку платників податку, які відповідають критеріям ризиковості платника податку на додану вартість. При виконанні рішення суду щодо виключення платника з переліку платників податків, які відповідають критеріям ризиковості, не формується рішення Комісії регіонального рівня про невідповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку. Таким чином не виконуються вимоги пункту 6-1 Порядку № 1165. Запропоновано надати письмові пояснення та копії документів, для розблокування реєстрації податкових накладних. 
ДПС України, листом від 03.03.2025 повідомила позивача, що пункт 6-1 не визначає автоматичної реєстрації податкових накладних / розрахунків коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних у разі виключення платника податку з переліку ризикових на підставі рішення суду. Платник може скористатися своїм правом та подати письмові пояснення та копії документів до податкової накладної, реєстрацію якої зупинено.
Позивач, вважаючи, що відповідачами протиправно, після скасування у судовому порядку рішення про відповідність його критеріям ризиковості, не зареєстровано податкові накладні, які були зупинені з підстави відповідності позивача критеріям ризиковості, звернувся до суду з цим позовом. 

Норми права, які застосовує суд: процесуальні положення
У КАС України визначені завдання та основні засади адміністративного судочинства, зокрема вказано, що завданням адміністративного судочинства є справедливе, неупереджене та своєчасне вирішення судом спорів у сфері публічно-правових відносин з метою ефективного захисту прав, свобод та інтересів фізичних осіб, прав та інтересів юридичних осіб від порушень з боку суб`єктів владних повноважень.
У справах щодо оскарження рішень, дій чи бездіяльності суб`єктів владних повноважень адміністративні суди перевіряють, чи прийняті (вчинені) вони: на підставі, у межах повноважень та у спосіб, що визначені Конституцією та законами України; з використанням повноваження з метою, з якою це повноваження надано; обґрунтовано, тобто з урахуванням усіх обставин, що мають значення для прийняття рішення (вчинення дії); безсторонньо (неупереджено); добросовісно; розсудливо; з дотриманням принципу рівності перед законом, запобігаючи всім формам дискримінації; пропорційно, зокрема з дотриманням необхідного балансу між будь-якими несприятливими наслідками для прав, свобод та інтересів особи і цілями, на досягнення яких спрямоване це рішення (дія); з урахуванням права особи на участь у процесі прийняття рішення; своєчасно, тобто протягом розумного строку (ст. 2 КАС України).
Кожна особа має право в порядку, встановленому цим Кодексом, звернутися до адміністративного суду, якщо вважає, що рішенням, дією чи бездіяльністю суб`єкта владних повноважень порушені її права, свободи або законні інтереси, і просити про їх захист шляхом: визнання протиправним та скасування індивідуального акта чи окремих його положень; визнання дій суб`єкта владних повноважень протиправними та зобов`язання утриматися від вчинення певних дій (ч. 1 ст. 5 КАС України).
Захист порушених прав, свобод чи інтересів особи, яка звернулася до суду, може здійснюватися судом також в інший спосіб, який не суперечить закону і забезпечує ефективний захист прав, свобод, інтересів людини і громадянина, інших суб`єктів у сфері публічно-правових відносин від порушень з боку суб`єктів владних повноважень (ч. 2 ст. 5 КАС України).
Суд вживає визначені законом заходи, необхідні для з`ясування всіх обставин у справі, у тому числі щодо виявлення та витребування доказів з власної ініціативи (ч.4 ст. 9 КАС України).
Згідно положень ст.75 КАС України, достовірними є докази, на підставі яких можна встановити дійсні обставини справи. При цьому в силу положень ст.76 КАС України достатніми є докази, які у своїй сукупності дають змогу дійти висновку про наявність або відсутність обставин справи, які входять до предмета доказування. Питання про достатність доказів для встановлення обставин, що мають значення для справи, суд вирішує відповідно до свого внутрішнього переконання.
Керуючись ч.1 ст.77 КАС України кожна сторона повинна довести ті обставини, на яких ґрунтуються її вимоги та заперечення, крім випадків, встановлених ст.78 цього Кодексу.
В адміністративних справах про протиправність рішень, дій чи бездіяльності суб`єкта владних повноважень обов`язок щодо доказування правомірності свого рішення, дії чи бездіяльності покладається на відповідача.
Відповідно до ст.90 КАС України, суд оцінює докази, які є у справі, за своїм внутрішнім переконанням, що ґрунтується на їх безпосередньому, всебічному, повному та об`єктивному дослідженні. Жодні докази не мають для суду наперед встановленої сили. Суд оцінює належність, допустимість, достовірність кожного доказу окремо, а також достатність і взаємний зв`язок доказів у їх сукупності.

Норми права, які застосовує суд, висновки суду
Фіксування судового засідання за допомогою звукозаписувального технічного засобу не здійснюється згідно з вимогами ст.229 КАС України.
Відповідно до ч. 5 ст. 262 КАС України, суд розглядає справу в порядку спрощеного позовного провадження без повідомлення сторін за наявними у справі матеріалами, за відсутності клопотання будь-якої зі сторін про інше.
Відповідно до ч. 2 ст. 19 Конституції України, органи державної влади та органи місцевого самоврядування, їх посадові особи зобов`язані діяти лише на підставі, в межах повноважень та у спосіб, що передбачені Конституцією та законами України.
Податковий кодекс України є спеціальним законом з питань оподаткування та установлює порядок погашення зобов`язань юридичних або фізичних осіб перед бюджетами та державними цільовими фондами з податків і зборів (обов`язкових платежів), нарахування і сплати пені та штрафних санкцій, що застосовуються до платників податків, визначені заходи, які вживаються контролюючим органом з метою погашення платниками податків податкового боргу.
Згідно з п.201.1 ст.201 ПК України дату виникнення податкових зобов`язань платник податку зобов`язаний скласти податкову накладну в електронній формі з дотриманням умови щодо реєстрації у порядку, визначеному законодавством, електронного підпису уповноваженої платником особи та зареєструвати її в Єдиному реєстрі податкових накладних у встановлений цим Кодексом термін.
Пунктом 201.10 ст.201 ПК України передбачено, що при здійсненні операцій з постачання товарів/послуг платник податку продавець товарів/послуг зобов`язаний в установлені терміни скласти податкову накладну, зареєструвати її в ЄРПН та надати покупцю за його вимогою.
Податкова накладна, складена та зареєстрована в ЄРПН платником податку, який здійснює операції з постачання товарів/послуг, є для покупця таких товарів/послуг підставою для нарахування сум податку, що відносяться до податкового кредиту.
Пунктом 2 Порядку ведення Єдиного реєстру податкових накладних, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України №1246 від 29 грудня 2010 року (далі Порядок №1246) визначено, що податкова накладна електронний документ, який складається платником податку на додану вартість (далі платник податку) відповідно до вимог ПК України в електронній формі у затвердженому в установленому порядку форматі (стандарті) та надсилається для реєстрації.
Згідно з п.12 Порядку №1246 після надходження податкової накладної та/або розрахунку коригування до ДПС в автоматизованому режимі здійснюється їх розшифрування та проводяться перевірки: відповідності податкової накладної та/або розрахунку коригування затвердженому формату (стандарту); чинності електронного цифрового підпису, порядку його накладення та наявності права підписання посадовою особою платника податку таких податкової накладної та/або розрахунку коригування; реєстрації особи, що надіслала на реєстрацію податкову накладну та/або розрахунок коригування, платником податку на момент складення та реєстрації таких податкової накладної та/або розрахунку коригування; дотримання вимог, установлених п.192.1 ст. 192 та п.201.10 ст. 201 ПК України; наявності помилок під час заповнення обов`язкових реквізитів відповідно до п.201.1 ст. 201 ПК України; наявності суми податку на додану вартість відповідно до пунктів 200-1.3 і 200-1.9 ст. 200-1 ПК України (для податкових накладних та/або розрахунків коригування, що реєструються після 1 липня 2015 року); наявності в Реєстрі відомостей, що містяться у податковій накладній, яка коригується; факту реєстрації/зупинення реєстрації/відмови в реєстрації податкової накладної та/або розрахунку коригування з такими ж реквізитами; відповідності податкових накладних та/або розрахунків коригування критеріям оцінки ступеня ризиків, достатнім для зупинення їх реєстрації відповідно до п.201.16 ст. 201 ПК України; дотримання вимог Законів України Про електронний цифровий підпис, Про електронні документи та електронний документообіг та Порядку обміну електронними документами з контролюючими органами, затвердженого в установленому порядку.
Відповідно до п.13 Порядку №1246, за результатами перевірок, визначених п.12 цього Порядку, формується квитанція про прийняття або неприйняття, або зупинення реєстрації податкової накладної та/або розрахунку коригування (далі - квитанція).
З 01 лютого 2020 року набрала чинності постанова Кабінету Міністрів України від 11 грудня 2019 року №1165 "Про затвердження порядків з питань зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних" (далі Порядок №1165), яка визначає механізм зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в ЄРПН, організаційні та процедурні засади діяльності комісій з питань зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Реєстрі (далі комісії контролюючих органів), права та обов`язки їх членів.
Відповідно до п.2 Порядку №1165 автоматизований моніторинг відповідності податкової накладної/розрахунку коригування критеріям оцінки ступеня ризиків сукупність заходів та методів, що застосовуються контролюючим органом для виявлення ознак наявності ризиків порушення норм податкового законодавства за результатами проведення автоматизованого аналізу наявної в інформаційних системах контролюючих органів податкової інформації.
Як вбачається з матеріалів справи, фактичною підставою для зупинення реєстрації податкових накладних стало складення та подання ПН платником податку, який відповідає п.8 Критеріїв ризиковості платника податку, про що зазначено у квитанціях про зупинення податкових накладних.
Критерії ризиковості визначені Додатком №3 до Порядку №1165.
Відповідно до п.8 Критеріїв ризиковості здійснення операцій, яких у контролюючих органах наявна податкова інформація, яка стала відома у процесі провадження поточної діяльності під час виконання покладених на контролюючі органи завдань і функцій, що визначає ризиковість здійснення господарської операції, зазначеної в поданих для реєстрації податковій накладній/розрахунку коригування.
Додатком 4 до Порядку №1165 затверджено типову форму рішення про відповідність/невідповідність платника податку на додану вартість критеріям ризиковості платника податку, яка містить наступне формулювання: "Рішення про відповідність/ невідповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку може бути оскаржено в адміністративному або судовому порядку".
Отже, самим Порядком №1165 встановлена можливість платника податку оскаржити рішення про відповідність/невідповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку, у тому числі в судовому порядку.
Рішенням Харківського окружного адміністративного суду від 07.09.2023 по справі №520/15029/23, залишеним без змін постановою Другого апеляційного адміністративного суду від 18.04.2024, задоволено позов ТОВ "БУДІВЕЛЬНА КОМПАНІЯ "ВЕРТИКАЛЬ-ПЛЮС" до Головного управління ДПС у Харківській області про визнання протиправним та скасування рішення Комісії Головного управління ДПС у Харківській області з питань зупинення/реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних про відповідність платника податку на додану вартість критеріям ризиковості платника податку від 02.02.2023 №2808; зобов`язання Головного управління ДПС у Харківській області виключити позивача з переліку платників податку, які відповідають критеріям ризиковості.
Отже, ТОВ "БУДІВЕЛЬНА КОМПАНІЯ "ВЕРТИКАЛЬ-ПЛЮС" було визнано таким, що не відповідає критеріям ризиковості платника податку.
За таких обставин, підстави для зупинення реєстрації податкових накладних хоча формально і мали місце під час їх подання на реєстрацію, проте в подальшому скасовані в судовому порядку як необґрунтовані.
Аргумент відповідача про те, що позивач посилається на положення законодавства, які набрали чинності після виникнення спірних правовідносин суд не приймає до уваги, оскільки рішення суду, яким позивача визнано таким, що не відповідає критеріям ризиковості платника податку набрало чинності 28.04.2024 в той час як зміни до порядку набрали чинності 08.07.2023.
Відповідно до положень п.6-1 Порядку №1165, у разі прийняття комісією регіонального рівня рішення про невідповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку за результатами розгляду інформації та копій документів, поданих платником податку для підтвердження невідповідності критеріям ризиковості платника податку, або прийняття комісією центрального рівня рішення про задоволення скарги та скасування рішення комісії регіонального рівня про відповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку, наступного робочого дня після дати прийняття такого рішення підлягають автоматичній реєстрації податкові накладні/розрахунки коригування, якщо одночасно виконуються такі умови:
- реєстрацію таких податкових накладних/розрахунків коригування зупинено на підставі відповідності платника податку критеріям ризиковості платника податку згідно з рішеннями, прийнятими починаючи з дати останнього включення платника податку в перелік платників податку, які відповідають критеріям ризиковості платника податку, до дати подання інформації та копій документів, за результатами розгляду яких прийняте рішення про невідповідність критеріям ризиковості платника податку;
- дата подання для реєстрації в Реєстрі таких податкових накладних/розрахунків коригування припадає на період, що не перевищує 180 днів до дати подання інформації та копій документів, за результатами розгляду яких прийняте рішення про невідповідність критеріям ризиковості платника податку або рішення про відповідність критеріям ризиковості платника податку, якщо щодо такого рішення комісією центрального рівня задоволено скаргу та скасовано рішення комісії регіонального рівня про відповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку;
- на початок операційного дня, протягом якого здійснюється така автоматична реєстрація в Реєстрі, операції в таких податкових накладних/розрахунках коригування не відповідають критеріям ризиковості здійснення операцій згідно з додатком 3 та стосовно платника податку відсутнє чинне рішення про відповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку;
- щодо таких податкових накладних/розрахунків коригування платника податку комісією регіонального рівня не прийнято рішення про реєстрацію/відмову в реєстрації податкових накладних/розрахунків коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних відповідно до Порядку прийняття рішень про реєстрацію/відмову в реєстрації податкових накладних/розрахунків коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних, затвердженого Порядком №520;
- у день такої автоматичної реєстрації в Реєстрі наявна сума податку, на яку платник податку має право зареєструвати такі податкові накладні та/або розрахунки коригування в Реєстрі, обчислена відповідно до пункту 200-1.3 або 200-1.9 статті 200-1 Кодексу.
Отже, приписи п.6-1 визначають обов`язок податкового органу після скасування рішення про ризиковість виключити особу з переліку ризикових платників та здійснити реєстрацію податкових накладних, які були зупинені у зв`язку з віднесення платника до критерію ризикових.
Суд констатує порушення з боку податкового органу вимог п.6-1 Порядку №1165, згідно якого у разі прийняття рішення про невідповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку наступного робочого дня після дати прийняття такого рішення підлягають автоматичній реєстрації податкові накладні/розрахунки коригування.
Натомість відповідачі запропонували позивачу надати письмові пояснення та копії документів, для розблокування реєстрації податкових накладних
Суд зауважує на помилковості тверджень відповідачів щодо того, що позивач для реєстрації ПН мав подати пояснення та документи, оскільки діючими нормами податкового законодавства (Порядок №520 та Порядок №1165) визначено два окремі способи здійснення реєстрації податкових накладних після зупинення їх реєстрації: на підставі поданих платником пояснень та документів, або ж у разі скасування рішення про ризиковість платника.
У першому випадку доречно вимагати від платника податку пояснень/документи для реєстрації ПН в ЄРПН. 
В той же час, скасування рішення про віднесення платника податків до критерію ризикових та подальша реєстрація податкових накладних, реєстрації яких була зупинена, на підставі такого рішення є способом відновлення попередньо існуючих прав, які були фактично порушені прийнятим рішення про ризиковість. В такому разі контролюючий орган має самостійно прийняти рішення про реєстрацію податкових накладних.
Отже, відповідно до встановлених обставин у даній справі, відповідач мав обов`язок здійснити реєстрацію спірних податкових накладних після скасування рішення про відповідність позивача критеріям ризиковості платника податку у відповідності до п.6-1 Порядку №1165, тому суд зазначає, що з боку податкового органу була допущена протиправна бездіяльність.
Оцінюючи правову поведінку податкового органу, в межах даної справи, суд вважає необхідним зазначити, що системний аналіз вищенаведених правових норм, а також матеріалів справи дає суду підстави вважати, що суб`єктами владних повноважень, у даній справі, допущені системні порушення вимог ст. 2 КАС України.
Так, ч.2 ст. 2 КАС України встановлено, що у справах щодо оскарження рішень, дій чи бездіяльності суб`єктів владних повноважень адміністративні суди перевіряють, чи прийняті (вчинені) вони:
1) на підставі, у межах повноважень та у спосіб, що визначені Конституцією та законами України;
2) з використанням повноваження з метою, з якою це повноваження надано;
3) обґрунтовано, тобто з урахуванням усіх обставин, що мають значення для прийняття рішення (вчинення дії);
4) безсторонньо (неупереджено);
5) добросовісно;
6) розсудливо;
7) з дотриманням принципу рівності перед законом, запобігаючи всім формам дискримінації;
8) пропорційно, зокрема з дотриманням необхідного балансу між будь-якими несприятливими наслідками для прав, свобод та інтересів особи і цілями, на досягнення яких спрямоване це рішення (дія);
9) з урахуванням права особи на участь у процесі прийняття рішення;
10) своєчасно, тобто протягом розумного строку.
За таких обставин, суд зазначає про наявність протиправної бездіяльності з боку ГУ ДПС у Харківській області щодо неприйняття рішення про реєстрацію або відмову у реєстрації податкових накладних.
Що стосується способу захисту порушених прав шляхом зобов`язання прийняти рішення про реєстрацію податкових накладних/розрахунків коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних суд зазначає наступне.
Статтею 13 Конвенції про захист прав людини і основоположних свобод (право на ефективний засіб юридичного захисту), відповідно до якої кожен, чиї права та свободи, визнані в цій Конвенції, було порушено, має право на ефективний засіб юридичного захисту в національному органі, навіть якщо таке порушення було вчинене особами, які здійснювали свої офіційні повноваження.
Конституційний Суд України в рішенні від 30 січня 2003 року №3-рп/2003 зазначив, що правосуддя за своєю суттю визнається таким лише за умови, що воно відповідає вимогам справедливості і забезпечує ефективне поновлення в правах.
Як зазначено Верховним Судом у постанові від 03 листопада 2021 року у справі №360/2460/20, зобов`язання ДПС України зареєструвати в Єдиному реєстрі податкових накладних подану позивачем податкову накладну датою її фактичного надходження є дотриманням судом гарантій на те, що спір між сторонами буде остаточно вирішений, та належним способом захисту порушеного права.
З урахуванням положення п.6-1 Порядку №1165, відповідач мав обов`язок здійснити реєстрацію спірних податкових накладних після скасування рішення про відповідність позивача критеріям ризиковості платника податку, однак цього не зробив.
Обираючи спосіб захисту порушеного права суд вказує на необхідність зобов`язання ДПС України зареєструвати спірні податкові накладні датою їх подання, як спосіб ефективного поновлення порушених прав позивача.
Щодо податкових накладних №4 від 09.01.2023, №6 від 17.01.2023 суд зазначає, що у реєстрації вказаних податкових накладних було відмовлено.
Так, судом встановлено, що комісією регіонального рівня були прийняті рішення: 
- від 09.02.2023 №8238306/41718792, яким відмовлено у реєстрації ПН №4 від 09.01.2023;
- від 02.03,.2023 №8363884/41718792, яким відмовлено у реєстрації ПН №6 від 17.01.2023.
Отже, положення п. 6-1 Порядку №1165, які передбачають автоматичну реєстрацію ПН в ЄРПН до ПН №4, №6, в разі зупинення реєстрації, застосовуватись не можуть, оскільки у їх реєстрації рішеннями комісії регіонального рівня було відмовлено
Отже, у реєстрації податкових накладних №4 від 09.01.2023, №6 від 17.01.2023 слід відмовити.
Отже, з урахуванням вищенаведеного, суд вважає, що позовні вимоги слід задовольнити частково.

Судові витрати
Відповідно до ст. 132 КАС України судові витрати складаються із судового збору, який сплачений позивачем у розмірі 6056,00 грн. 
Відповідно до положень ст. 139 КАС України, при задоволенні позову сторони, яка не є суб`єктом владних повноважень, всі судові витрати, які підлягають відшкодуванню або оплаті відповідно до положень цього Кодексу, стягуються за рахунок бюджетних асигнувань суб`єкта владних повноважень, що виступав Відповідачем у справі, або якщо Відповідачем у справі виступала його посадова чи службова особа.
Керуючись ст.ст. 6-9,14,73-78, 90, 139, 143, 242-246, 250, 255, 262 КАС України, суд

ВИРІШИВ:
1. Адміністративний позов Товариства з обмеженою відповідальністю "БУДІВЕЛЬНА КОМПАНІЯ "ВЕРТИКАЛЬ-ПЛЮС" (просп. Льва Ландау, буд. 155-Б, м. Харків, Харківська обл., Харківський р-н, 61060, код ЄДРПОУ 41718792) до Державної податкової служба України (пл. Львівська, буд. 8, м. Київ, 04053, код ЄДРПОУ 43005393), Головного управління ДПС у Харківській області, утвореного на правах відокремленого підрозділу Державної податкової служби України (вул. Григорія Сковороди, буд. 46, м. Харків, Харківська обл., Харківський р-н, 61057, код ЄДРПОУ 43983495) про визнання протиправним та скасування рішень, зобов`язання вчинити певні дії — задовольнити частково.
2. Визнати протиправним та скасувати рішення Головного управління державної податкової служби України у Харківській області, яке оформлене листом № 12116/6/20-40-18-03-09 від 17.03.2025 року щодо відмови Товариству з обмеженою відповідальністю «БУДІВЕЛЬНА КОМПАНІЯ «ВЕРТИКАЛЬ-ПЛЮС» у застосуванні вимог п. 6-1 «Порядку зупинення реєстрації податкової накладної розрахунку коригування в єдиному реєстрі податкових накладних», затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 11 грудня 2019 року № 1165.
3. Визнати протиправним та скасувати рішення Державної податкової служби України, яке оформлене листом № 5996/6/99-00-18-01-01-06 від 03.03.2025 року щодо відмови Товариству з обмеженою відповідальністю «БУДІВЕЛЬНА КОМПАНІЯ «ВЕРТИКАЛЬ-ПЛЮС» у застосуванні вимог п. 6-1 «Порядку зупинення реєстрації податкової накладної розрахунку коригування в єдиному реєстрі податкових накладних», затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 11 грудня 2019 року № 1165.
4. Зобов`язати Державну податкову службу України зареєструвати податкові накладні № 10 від 16.01.2023, № 4 від 02.02.2023, № 6 від 06.02.2023, № 13 від 16.02.2023, № 13 від 02.03.2023, № 3 від 07.03.3023, № 11 від 16.03.2023, № 10 від 17.03.2023, № 8 від 23.03.2023, № 12 від 27.03.2023, № 1 від 14.04.2023, № 2 від 24.04.2023, № 3 від 25.04.2023, № 4 від 27.04.2023, № 5 від 01.05.2023, № 1 від 01.05.2023, № 4 від 10.05.2023, № 3 від 11.05.2023, № 2 від 15.05.2023, № 7 від 16.05.2023, № 6 від 20.05.2023, № 8 від 29.05.2023, № 1 від 02.06.2023, № 2 від 06.06.2023, № 3 від 14.06.2023, № 7 від 14.06.2023, № 18 від 14.06.2023, № 8 від 21.06.2023, № 4 від 23.06.2023, № 5 від 24.06.2023, № 6 від 24.06.2023, № 9 від 30.06.2023, № 10 від 30.06.2023, № 1 від 04.07.2023, № 2 від 10.07.2023, № 8 від 11.07.2023, № 9 від 14.07.2023, № 10 від 14.07.2023, № 11 від 15.07.2023, № 3 від 17.07.2023, № 12 від 21.07.2023, № 13 від 21.07.2023, № 14 від 21.07.2023, № 15 від 21.07.2023, реєстрація яких була зупинена (згідно із реєстром) датою їх фактичного подання як такі, що підлягають автоматичній реєстрації за умови виконання вимог п. 6-1 Порядку зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 11.12.2019 року №1165.
5. Іншу частину позовних вимог – залишити без задоволення.
6. Стягнути на користь Товариства з обмеженою відповідальністю "БУДІВЕЛЬНА КОМПАНІЯ "ВЕРТИКАЛЬ-ПЛЮС" за рахунок бюджетних асигнувань Головного управління ДПС у Харківській області судові витрати зі сплати судового збору у розмірі 3028 (три тисячі двадцять вісім) гривень 00 коп. 
7. Стягнути на користь Товариства з обмеженою відповідальністю "БУДІВЕЛЬНА КОМПАНІЯ "ВЕРТИКАЛЬ-ПЛЮС" за рахунок бюджетних асигнувань Державної податкової служби України судові витрати зі сплати судового збору у розмірі 3028 (три тисячі двадцять вісім) гривень 00 коп. 

Роз`яснити, що рішення підлягає оскарженню згідно з ч. 1 ст. 295 КАС України (протягом 30 днів з дати складання повного судового рішення) та набирає законної сили відповідно до ст. 255 КАС України. 

Cуддя А.А. Ширант