ІВАНО-ФРАНКІВСЬКИЙ ОКРУЖНИЙ АДМІНІСТРАТИВНИЙ СУД
РІШЕННЯ
ІМЕНЕМ УКРАЇНИ
"06" травня 2026 р. справа № 640/20930/20
м. Івано-Франківськ

Івано-Франківський окружний адміністративний суд у складі судді Могили А.Б., розглянувши у порядку письмового провадження за правилами спрощеного позовного провадження адміністративну справу за позовом Товариства з обмеженою відповідальністю "М`ясопереробний комплекс "Столичний" до Головного управління Державної податкової служби у м. Києві про визнання протиправним та скасування податкового повідомлення-рішення,-
ВСТАНОВИВ:
Товариство з обмеженою відповідальністю "М`ясопереробний комплекс "Столичний" звернулося в суд з позовною заявою до Головного управління Державної податкової служби у м. Києві про визнання протиправним та скасування податкового повідомлення-рішення від 02.06.2020 №0576740405.
Позовні вимоги обґрунтовано тим, що за результатами камеральної перевірки ТОВ "М`ясопереробний комплекс "Столичний" Головним управлінням ДПС у м. Києві складено акт від 30.04.2020 №9417/26-15-04-05-16/41055449. Контролюючий орган за результатами перевірки дійшов висновку про порушення Товариством порядку реєстрації податкових накладних та розрахунків коригування до таких накладних з ПДВ в Єдиному реєстрі податкових накладних та як наслідок прийняв спірне податкове-повідомлення-рішення, яким застосував штрафні санкції в розмірі 33369,72 грн. Висновки про порушення термінів реєстрації 13 податкових накладних не відповідають дійсності, оскільки податкові накладні, граничний термін реєстрації яких 31.12.2019 включно, Товариством було направлено на реєстрацію 24.12.2019. Протягом операційного дня квитанції про їх прийняття або неприйняття надіслані не були, що є порушенням з боку контролюючого органу. Відтак, у разі ненадсилання квитанції протягом операційного дня первісно подана податкова накладна вважається зареєстрованою, а отже відсутні підстави для притягнення платника до відповідальності. 
Позовну заяву згідно з ухвалою судді Окружного адміністративного суду міста Києва Амельохіна В.В. від 08.09.2020 прийнято до розгляду та відкрито провадження в справі.
Відповідач скорився правом подання відзиву на позовну заяву в якому позовні вимоги не визнав. Свою позицію обґрунтовує тим, що інформація щодо дати та часу відправлення електронного звіту залежить від системних налаштувань дати та часу на комп`ютері, з якого проводиться відправлення документа та фіксується в протоколі подій (а.с.104-107).
У відповіді на відзив позивач зазначив, що 24.12.2019 Товариство направило на реєстрацію 34 податкові накладні. До кінця операційного дня від ДПС жодної квитанції про прийняття, неприйняття або зупинення їх реєстрації Товариство не отримало. Частину податкових накладних направлених на реєстрацію 24.12.2019 податковим органом було опрацьовано 26.12.2019, однак 13 податкових накладних залишилися не зареєстрованими, в графі «статус» зазначено інформацію «очікується доставка». Платник здійснив усі залежні від нього дії з метою належного виконання податкового обов`язку щодо своєчасної реєстрації податкових накладних, тож застосування штрафу є протиправним (а.с.116-120).
На виконання Закону України «Про внесення зміни до пункту 2 розділу II «Прикінцеві та перехідні положення» Закону України «Про ліквідацію Окружного адміністративного суду міста Києва та утворення Київського міського окружного адміністративного суду» щодо забезпечення розгляду адміністративних справ» та відповідно до Порядку передачі судових справ, нерозглянутих Окружним адміністративним судом міста Києва, затвердженого наказом Державної судової адміністрації України від 16.09.2024 №399, судову справу №640/20930/20 передано до Івано-Франківського окружного адміністративного суду та розподілено судді Боршовському Т.І. 
Ухвалою від 28.03.2025 суддею Боршовським Т.І. дану справу прийнято до провадження, а ухвалою від 23.04.2025 замінено відповідача в справі Головне управління ДПС у м. Києві (код ЄДРПОУ – 43141267) на правонаступника Головне управління ДПС у м. Києві (код ЄДРПОУ – 44116011).
У зв`язку з відрахуванням судді Боршовського Т.І. зі штату Івано-Франківського окружного адміністративного суду (наказ від 03.03.2026 №55-ОС) проведено 10.03.2026 повторний автоматизований розподіл даної судової справи між суддями.
Відповідно до протоколу автоматизованого розподілу судової справи між суддями справу передано судді Могилі А.Б.
Відповідно до ухвали суду від 17.03.2026 справу прийнято до провадження. Розгляд справи розпочато з початку за правилами спрощеного позовного провадження за наявними у справі матеріалами.
У додаткових поясненнях відповідач вказав, що саме в момент отримання квитанції про реєстрацію електронного документа, податкова накладна може вважатися зареєстрованою. У якості доказу для підтвердження «намагань» зареєструвати податкові накладні, які направлялися позивачем, надано скріншот, що підтверджується протоколом перевірки спеціалізованого програмного забезпечення які сформовані за допомогою програмного комплексу «M.E.Doc», що є власним програмним продуктом, а не інформацією, яка наявна в електронному кабінеті платника податків, адміністратором та розпорядником якого є Державна податкова служба України. З наведеного можна достеменно стверджувати, що у програмному комплексі «M.E.Doc» інформація щодо дати та часу відправлення електронного звіту залежить від системних налаштувань дати та часу на комп`ютері або самому програмному продукті з якого проводиться відправлення документу та фіксується у програмному протоколі подій. Натомість після отримання документу контролюючим органом, формується повідомлення про доставку, в якому зазначається дата, ім`я файла та час доставки електронного звіту на поштову скриньку ДПС України. Дана інформація зазначається у вкладці «Доставлено в ДПС» на панелі стану документа. Тобто, підтвердження дати та часу направлення на реєстрацію податкових накладних слугують квитанції про прийняття податкових накладних, які мають більш значущу доказовість у підтвердженні законності нарахованих штрафних санкцій. ТОВ «МКС» мали діяти з мінімізацією ризиків, та як добропорядний платник податків своєчасно з урахуванням граничних строків реєстрації та врахуванням вищезазначених повідомлень від Пресслужби ДПС України щодо змін в роботі ЄРПН зареєструвати податкові накладні. Як відомо, ТОВ «МКС» лише 09.01.2020 звернулося з вимогою до ДПС України, щодо реєстрації вищезазначених податкових накладних по причині не отримання квитанцій прийняття/неприйняття/зупинення реєстрації податкових накладних. Податкові накладні Товариства, які наведені в акті камеральної перевірки зареєстровані з затримкою реєстрації 27 днів - 27.01.2020, а отже з порушенням термінів реєстрації податкових накладних/розрахунків коригування, що є підставою для притягнення позивача до відповідальності (а.с.145-150).
Суд, дослідивши письмові докази, письмові пояснення викладені у заявах по суті справи, встановив наступне.
Товариство з обмеженою відповідальністю "М`ясопереробний комплекс "Столичний" 27.12.2016 пройшло процедуру державної реєстрації, перебуває на обліку в органі податкової служби (а.с.95-96).
Пунктом 75.1 статті 75 Податкового кодексу України передбачено, що контролюючі органи мають право проводити, зокрема, камеральні перевірки.
Камеральні перевірки проводяться контролюючими органами в межах їх повноважень виключно у випадках та у порядку, встановлених Податкового кодексу України.
Предметом камеральної перевірки також можуть бути, зокрема, своєчасність реєстрації податкових накладних та/або розрахунків коригування до податкових накладних у ЄРПН.
Головним управління ДПС у м.Києві проведена камеральна перевірка своєчасності реєстрації податкових накладних та/або розрахунків коригування до податкових накладних в Єдиному реєстрі податкових накладних ТОВ "М`ясопереробний комплекс "Столичний", за результатами якої складено акт від 30.04.2020 №9417/26-15-04-05-16/41055449. В ході перевірки встановлено порушення Товариством термінів реєстрації 13 податкових накладних (а.с.29-35). 
За результати розгляду заперечень позивача на акт перевіри, Головним управлінням ДПС у м.Києві вирішено, висновки викладені в акті перевірки залишено без змін, про що листом 01.06.2020 року №84091/10/26 15-04-05-14 повідомлено позивача (а.с.36-39). 
На підставі акту камеральної перевірки від 30.04.2020 №9417/26-15-04-05 16/41055449 ГУ ДПС у м. Києві винесено податкове повідомлення - рішення від 02.06.2020 №0576740405, яким до Товариства застосовано штрафні санкції на суму 33 369,72 грн. за порушення граничних термінів реєстрації податкових накладних у ЄРПН (а.с.27-28).
Вважаючи зазначене податкове повідомлення-рішення протиправним, позивач звернувся з позовом до суду.
Надаючи оцінку спірним правовідносинам суд зазначає таке.
Правовідносини, що виникають у сфері справляння податків і зборів, зокрема щодо визначення вичерпного переліку податків та зборів, що справляються в Україні, та порядку їх адміністрування, платників податків та зборів, їх прав та обов`язків, компетенції контролюючих органів, повноважень і обов`язків їх посадових осіб під час здійснення податкового контролю, а також відповідальності за порушення податкового законодавства, регулює Податковий кодекс України.
Згідно із пп. 14.1.60 п. 14.1 ст. 14 Податкового кодексу України єдиний реєстр податкових накладних (далі - ЄРПН) - реєстр відомостей щодо податкових накладних та розрахунків коригування, що ведеться центральним органом виконавчої влади, що реалізує державну податкову та митну політику, в електронному вигляді згідно з наданими платниками податку на додану вартість електронними документами.
Відповідно до пп. 16.1.2, 16.1.3 п. 16.1 ст. 16 Податкового кодексу України платник податків зобов`язаний вести в установленому порядку облік доходів і витрат, складати звітність, що стосується обчислення і сплати податків та зборів, подавати до контролюючих органів у порядку, встановленому податковим та митним законодавством, декларації, звітність та інші документи, пов`язані з обчисленням і сплатою податків та зборів.
Відповідно до Податкового кодексу України реєстрація податкових накладних та/або розрахунків коригування до податкових накладних у Єдиному реєстрі податкових накладних повинна здійснюватися з урахуванням граничних строків, встановлених пунктом 201.10 статті 201 ПКУ.
У разі порушення таких строків застосовуються штрафні санкції, передбачені статтею 120 Податкового кодексу України залежно від кількості календарних днів порушення терміну реєстрації.
Як уже попередньо зазначено, за результатами камеральної перевірки контролюючий орган дійшов висновку про порушення ТОВ "М`ясопереробний комплекс "Столичний" терміну реєстрації в ЄРПН тринадцяти податкових накладних на загальну суму 166848,60 грн., зокрема: №22 від 12.12.2019, №19 від 11.12.2019, №9 від 05.12.2019, №25 від 12.12.2019, №6 від 03.12.2019, №16 від 10.12.2019, №10 від 05.12.2019, №23 від 12.12.2019, №24 від 12.12.2019, №7 від 04.12.2019, №12 від 05.12.2019, №26 від 12.12.2019, №18 від 10.12.2019, граничний термін реєстрації яких 31.12.2019, фактична реєстрація 27.01.2020, порушено термін реєстрації на 27 днів.
Згідно з п. 201.10 ст. 201 Податкового кодексу України при здійсненні операцій з постачання товарів/послуг платник податку - продавець товарів/послуг зобов`язаний в установлені терміни скласти податкову накладну, зареєструвати її в Єдиному реєстрі податкових накладних та надати покупцю за його вимогою. Податкові накладні, які не надаються покупцю, а також податкові накладні, складені за операціями з постачання товарів/послуг, які звільнені від оподаткування, підлягають реєстрації в Єдиному реєстрі податкових накладних.
Реєстрація податкових накладних та/або розрахунків коригування до податкових накладних у Єдиному реєстрі податкових накладних повинна здійснюватися з урахуванням граничних строків: - для розрахунків коригування, складених постачальником товарів/послуг до податкової накладної, що складена на отримувача - платника податку, в яких передбачається зменшення суми компенсації вартості товарів/послуг їх постачальнику, - протягом 15 календарних днів з дня отримання такого розрахунку коригування до податкової накладної отримувачем (покупцем).
Позивач вказав, що Товариство податкові накладні були направлено на реєстрацію 24.12.2019. Протягом операційного дня квитанція про їх прийняття або неприйняття надіслана не була, що є порушенням з боку контролюючого органу. 
З інформації наданої з програмного забезпечення М.Е.Doc вбачається, що 24.12.2019 позивачем направлено 34 податкових накладних для їх подальшої реєстрації в Єдиному реєстрі податкових накладних.
Частину податкових накладних направлених на реєстрацію 24.12.2019 податковим органом було опрацьовано та 26.12.2019 зареєстровано в ЄРПН. 
Що стосується податкових накладних №22 від 12.12.2019, №19 від 11.12.2019, №9 від 05.12.2019, №25 від 12.12.2019, №6 від 03.12.2019, №16 від 10.12.2019, №10 від 05.12.2019, №23 від 12.12.2019, №24 від 12.12.2019, №7 від 04.12.2019, №12 від 05.12.2019, №26 від 12.12.2019, №18 від 10.12.2019, то квитанції про їх прийняття/неприйняття/зупинення реєстрації позивач не отримав. З інформації з програмного забезпечення М.Е.Doc, у графі «статус» зазначено «очікується доставка» (а.с.44-45).
Факт направлення позивачем на реєстрацію вказаних податкових накладних саме 24.12.2019 підтверджується також протоколами роботи з документами (а.с.46-82).
Згідно з пунктом 201.10 статті 201 Податкового кодексу України підтвердженням продавцю про прийняття його податкової накладної та/або розрахунку коригування до ЄРПН є квитанція в електронному вигляді у текстовому форматі, яка надсилається протягом операційного дня.
Датою та часом надання податкової накладної та/або розрахунку коригування в електронному вигляді до центрального органу виконавчої влади, що реалізує державну податкову політику, є дата та час, зафіксовані у квитанції.
Якщо надіслані податкові накладні/розрахунки коригування сформовано з порушенням вимог, передбачених пунктом 201.1 цієї статті та/або пунктом 192.1 статті 192 цього Кодексу, а також у разі зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування відповідно до пункту 201.16 цієї статті, протягом операційного дня продавцю/покупцю надсилається квитанція в електронному вигляді у текстовому форматі про неприйняття їх в електронному вигляді або зупинення їх реєстрації із зазначенням причин.
Якщо протягом операційного дня не надіслано квитанції про прийняття або неприйняття, або зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування, така податкова накладна вважається зареєстрованою в Єдиному реєстрі податкових накладних.
Механізм внесення відомостей, що містяться у податковій накладній та/або розрахунку коригування кількісних і вартісних показників до неї, до ЄРПН визначений Порядком ведення Єдиного реєстру податкових накладних, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 29.12.2010 №1246 (далі - Порядок №1246).
Відповідно до пунктів 2, 3 Порядку №1246 операційний день - частина дня, протягом якої здійснюються прийняття від платників податку податкових накладних та/або розрахунків коригування та реєстрація або зупинення реєстрації. Операційний день триває в робочі дні з 8 години 00 хвилин до 20 години 00 хвилин. Технічне обслуговування та регламентні роботи, що потребують зупинки Реєстру, не проводяться протягом операційного дня, крім аварійних випадків. Якщо граничні строки реєстрації податкових накладних та/або розрахунків коригування припадають на вихідний, святковий або неробочий день, такий день вважається операційним днем.
Пунктом 12 Порядку №1246 визначено, що після надходження податкової накладної та/або розрахунку коригування до ДПС в автоматизованому режимі здійснюється їх розшифрування та проводяться перевірки:
відповідності податкової накладної та/або розрахунку коригування затвердженому формату (стандарту);
чинності кваліфікованого електронного підпису, порядку його накладення та наявності права підписання посадовою особою платника податку таких податкової накладної та/або розрахунку коригування;
реєстрації особи, що надіслала на реєстрацію податкову накладну та/або розрахунок коригування, платником податку на момент складення та реєстрації таких податкової накладної та/або розрахунку коригування;
дотримання вимог, установлених пунктом 192.1 статті 192 та пунктом 201.10 статті 201 Кодексу;
наявності помилок під час заповнення обов`язкових реквізитів відповідно до пункту 201.1 статті 201 Кодексу;
наявності суми податку на додану вартість відповідно до пунктів 200-1.3 і 200-1.9 статті 200-1 Кодексу (для податкових накладних та/або розрахунків коригування, що реєструються після 1 липня 2015 р.);
наявності в Реєстрі відомостей, що містяться у податковій накладній, яка коригується;
факту реєстрації/зупинення реєстрації/відмови в реєстрації податкової накладної та/або розрахунку коригування з такими ж реквізитами;
наявності підстав для зупинення реєстрації податкових накладних та/або розрахунків коригування;
дотримання вимог Законів України "Про електронні довірчі послуги", "Про електронні документи та електронний документообіг" та Порядку обміну електронними документами з контролюючими органами, затвердженого в установленому порядку.
Згідно з пунктом 13 Порядку №1246 за результатами перевірок, визначених пунктом 12 цього Порядку, формується квитанція про прийняття або неприйняття, або зупинення реєстрації податкової накладної та/або розрахунку коригування (далі квитанція).
Квитанція в електронній формі надсилається платнику податку протягом операційного дня та є підтвердженням прийняття або неприйняття, або зупинення реєстрації податкової накладної та/або розрахунку коригування. Примірник квитанції в електронній формі зберігається в ДПС (пункт 14 Порядку №1246).
Відповідно до пункту 15 Порядку №1246 у квитанції зазначаються дата та час її формування, реквізити податкової накладної та/або розрахунку коригування та результат перевірки. Якщо у податковій накладній та/або розрахунку коригування за результатами проведення перевірок, визначених пунктом 12 цього Порядку (крім абзацу десятого), виявлено порушення, платнику податку надсилається квитанція про неприйняття податкової накладної та/або розрахунку коригування із зазначенням причини такого неприйняття.
Як уже зазначено судом вище, з огляду на строки, визначені п. 201.10 ст. 201 Податкового кодексу України, з урахуванням пункту 3 Порядку ведення Єдиного реєстру податкових накладних, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 29.12.2010 № 1246, а також тривалості операційного дня для реєстрації ПН/РК в ЄРПН, позивачем 24.12.2019 було надіслано на реєстрацію в ЄРПН податкові накладні.
З матеріалів справи вбачається, що позивач здійснював відправлення на реєстрацію до ЄРПН податкової накладної через програмне забезпечення М.Е.Doc, відомості з якого дають повну інформацію про стан податкових накладних на всіх стадіях реєстрації, тобто міститься інформація про всі операції і події (створення, підписання, очікування доставки, отримання квитанції, тощо) вказаних документів із зазначенням дати і часу їх здійснення.
Дослідивши надані позивачем письмові відомості з програмного забезпечення М.Е.Doc щодо вчинення дій по реєстрації в ЄРПН податкових накладних №22 від 12.12.2019, №19 від 11.12.2019, №9 від 05.12.2019, №25 від 12.12.2019, №6 від 03.12.2019, №16 від 10.12.2019, №10 від 05.12.2019, №23 від 12.12.2019, №24 від 12.12.2019, №7 від 04.12.2019, №12 від 05.12.2019, №26 від 12.12.2019, №18 від 10.12.2019, суд встановив, що позивач здійснив наступні дії по направленню на реєстрацію в Єдиному реєстрі податкових накладних: 24.12.2019 о 15:08 год. податкові накладні підписані директором та печаткою та направлено на реєстрацію. О 15:21 год. статус направлених податкових накладних - «очікується доставка» (а.с.44).
Не отримавши квитанцій про прийняття/неприйняття чи зупинення реєстрації податкових накладних, позивач скерував до ДПС України вимогу про внесення до ЄРПН відомостей про реєстрацію від 09.01.2020 №0901-20/1 (а.с.41-43).
Отже, як вбачається лише після направлення вимоги, контролюючим органом 27.01.2020, здійснено реєстрацію вищевказаних податкових накладних.
Відзив на позовну заяву не мітись пояснень податкового органу щодо цих обставин, а також щодо наданої інформації з програмного забезпечення М.Е.Doc позивача щодо хронології подій, пов`язаних із реєстрацію податкових накладних. 
Як Податковим кодексом України так і Порядком №1246 передбачено, що у разі отримання контролюючим органом податкової накладної від платника податку, за результатами проведення перевірки яких, платнику податку надсилається квитанція про прийняття, неприйняття або зупинення реєстрації податкової накладної та/або розрахунку коригування.
З викладеного слідує, що у будь-якому випадку контролюючий орган протягом операційного дня зобов`язаний надіслати платнику податку одну з таких квитанцій.
Наведені нормативні положення дають підстави для висновку, що в процедурі внесення інформації (відомостей щодо податкових накладних та розрахунків коригування) до ЄРПН є дві окремі стадії: 1) надання платником податку на додану вартість податкової накладної (розрахунку коригування); 2) прийняття/неприйняття податкової накладної (розрахунку коригування) та внесення відомостей щодо неї (нього) безпосередньо до ЄРПН. Перша із цих стадій залежить від платника податку на додану вартість і є результатом його дій, тоді як друга - це результат виконання роботи програмного забезпечення, що контролюється ДПС, та/або безпосередніх дій працівників ДПС, на яку (які) платник податку не має впливу.
У цьому контексті встановлена нормою п.120-1.1 ст.120-1 Податкового кодексу України відповідальність платника податку на додану вартість за порушення граничного строку для реєстрації податкової накладної та/або розрахунку коригування до такої податкової накладної в ЄРПН, у вигляді накладення штрафу може застосовуватися в разі якщо платник податку не надав (не надіслав) податкову накладну (розрахунок коригування) ДПС у строк, встановлений цією статтею.
З огляду на приписи пункту 3 Порядку №1246 податкові накладні №22 від 12.12.2019, №19 від 11.12.2019, №9 від 05.12.2019, №25 від 12.12.2019, №6 від 03.12.2019, №16 від 10.12.2019, №10 від 05.12.2019, №23 від 12.12.2019, №24 від 12.12.2019, №7 від 04.12.2019, №12 від 05.12.2019, №26 від 12.12.2019, №18 від 10.12.2019, подані в межах операційного дня (тобто до 20:00 години) без пропущення граничних строків реєстрації, передбачених пунктом 201.10 статті 201 Податкового кодексу України та свідчить про своєчасність виконання позивачем своїх зобов`язань з реєстрації податкових накладних в Єдиному реєстрі податкових накладних.
Враховуючи викладене, розрахунок штрафних санкцій здійснено податковим органом неправомірно, без урахування правомірності дій суб`єкта господарювання під час надсилання цих податкових накладних, що має своїм наслідком визнання протиправним та скасування оскаржуваного податкового повідомлення-рішення про застосування штрафних санкцій в розмірі 33369,72 грн.
Верховний Суд у постанові від 22.11.2021 у справі № 160/10558/19 дійшов висновку про те, що при розгляді справ про застосування штрафних санкцій за порушення граничних строків реєстрації податкових накладних принциповим є не дата фактичного надходження податкових накладних до Єдиного реєстру податкових накладних, а дата їх відправлення виходячи з технічного способу реєстрації податкових накладних, тому скріншоти з програми "M.E.Doc" є належним засобом доказування.
Згідно з Інструкцією про застосування комп`ютерної програми "М.Е.Dос" (модуль "Звітність") податкові накладні створюються в комп`ютерній програми "1С бухгалтерія" і імпортуються в програму "М.Е.Dос" для їх перевірки, підписання та відправки на електронну адресу державної податкової служби.
В стовпці "Створено" вказується час та дата початку роботи над документом для його відправки на реєстрацію. Після цього ставиться печатка юридичної особи. Для проставлення печатки застосовується сертифікат печатки, після чого натискається команда "Відправити" і звіт надсилається на поштову адресу Центрів обробки електронних звітів.
Положеннями пункту 7.2.6 вказаної Інструкції передбачено наявність "Протоколу роботи з документом", який містить всі записи про всі операції і події з документом із вказанням дати та часу їх здійснення.
Функція цього протоколу - "Очікується доставка" свідчить про те, що податкові накладні відправлені, очікується доставка до податкового органу, про факт якої буде свідчити квитанції № 1, яка надсилається платнику податків не пізніше наступного дня.
Також слід зазначити, що відповідальність за технічне прийняття та обробку поданих документів лежить на контролюючому органі, а не на платникові податків.
Тобто, якщо документи були направлені своєчасно, то їх обробка та/або скерування відповідної квитанції платнику навіть на наступний день не змінює факту дотримання строків реєстрації з боку платника.
Таким чином, порушення строків надсилання платнику податків квитанції про прийняття податкових накладних призвело до порушення строків реєстрації відповідних податкових накладних, оскільки станом на кінець операційного дня позивач не отримав інформації про прийняття або неприйняття, або зупинення реєстрації накладних.
Отже, позивачем вжито всіх можливих заходів для проведення своєчасної реєстрації податкових накладних, що підтверджено належними доказами. Наведене виключає висновок про наявність у діях позивача, як платника податку, порушень діючого законодавства України щодо реєстрації податкової накладної, а тому оскаржуване податкове повідомлення - рішення є протиправним та підлягає скасуванню.
Відповідно до ч. 1 ст. 77 Кодексу адміністративного судочинства України кожна сторона повинна довести ті обставини, на яких ґрунтуються її вимоги та заперечення, крім випадків, встановлених статтею 78 цього Кодексу.
В адміністративних справах про протиправність рішень, дій чи бездіяльності суб`єкта владних повноважень обов`язок щодо доказування правомірності свого рішення, дії чи бездіяльності покладається на відповідача (ч.2 ст.77 Кодексу адміністративного судочинства України).
З`ясувавши та перевіривши всі фактичні обставини справи, об`єктивно оцінивши докази, що мають юридичне значення, суд дійшов висновку, що позовні вимоги є обґрунтованими, а отже підлягають задоволенню.
Відповідно до частин першої статті 139 Кодексу адміністративного судочинства України позивачу слід відшкодувати за рахунок бюджетних асигнувань відповідача судовий збір у розмірі 2102 грн. 
На підставі статті 129-1 Конституції України, керуючись статтями 139, 241-246, 250, 262 Кодексу адміністративного судочинства України, суд, - 

ВИРІШИВ:
Позов задовольнити повністю. 
Визнати протиправним та скасувати податкове повідомлення-рішення Головного управління ДПС у м.Києві від 02.06.2020 №0576740405 про застосування до Товариства з обмеженою відповідальністю "М`ясопереробний комплекс "Столичний" штрафу у сумі 33369,71 грн.
Стягнути на користь Товариства з обмеженою відповідальністю "М`ясопереробний комплекс "Столичний" (код ЄДРПОУ 41055449, вул.Академіка Туполєва, буд.23, м.Київ) за рахунок бюджетних асигнувань Головного управління ДПС у м.Києві (код ЄДРПОУ ВП 44116011, вул.Шолуденка, 33/19, м.Київ) судові витрати у вигляді сплаченого судового збору в розмірі 2102 (дві тисячі сто дві) грн. 
Рішення може бути оскаржене в апеляційному порядку.
Апеляційна скарга на рішення суду подається протягом тридцяти днів, з дня складення повного судового рішення.
Апеляційна скарга подається до Шостого апеляційного адміністративного суду.
Учасник справи, якому повне рішення суду не було вручене у день його складення, має право на поновлення пропущеного строку на апеляційне оскарження рішення суду, якщо апеляційна скарга подана протягом тридцяти днів з дня вручення йому повного рішення суду.
Рішення суду набирає законної сили після закінчення строку подання апеляційної скарги всіма учасниками справи, якщо апеляційну скаргу не було подано. У разі подання апеляційної скарги рішення, якщо його не скасовано, набирає законної сили після повернення апеляційної скарги, відмови у відкритті чи закриття апеляційного провадження або прийняття постанови судом апеляційної інстанції за наслідками апеляційного перегляду.

Суддя  /підпис/  Могила А.Б.