ШОСТИЙ АПЕЛЯЦІЙНИЙ АДМІНІСТРАТИВНИЙ СУД	
Справа № 320/30614/25 Суддя (судді) першої інстанції: Марич Є.В.
ПОСТАНОВА
ІМЕНЕМ УКРАЇНИ
08 квітня 2026 року м. Київ
Шостий апеляційний адміністративний суд у складі колегії суддів:
Головуючого судді: Чаку Є.В., 
суддів: Єгорової Н.М., Коротких А.Ю.
за участю секретаря Сови Є.Д. 
розглянувши у відкритому судовому засіданні апеляційну скаргу Центрального міжрегіонального управління ДПС по роботі з великими платниками податків на рішення Київського окружного адміністративного суду від 31 жовтня 2025 року у справі за адміністративним позовом Товариства з обмеженою відповідальністю "Кернел-Трейд" до Центрального міжрегіонального управління ДПС по роботі з великими платниками податків про визнання протиправним та скасування податкового повідомлення-рішення, -
В С Т А Н О В И В :
Товариство з обмеженою відповідальністю "Кернел-Трейд" звернулося до суду з адміністративним позовом до Центрального міжрегіонального управління ДПС по роботі з великими платниками податків про визнання протиправними та скасування податкових повідомлень-рішень №887/Ж10/31-00-07-04-02-25 від 21.04.2025, № 888/Ж10/31-00-07-04-02-25 від 21.04.2025, № 1001/Ж10/31-00-07-04-02-25 від 09.05.2025, № 1002/Ж10/31-00-07-04-02-25 від 09.05.2025, № 1003/Ж10/31-00-07-04-02-25 від 09.05.2025, № 300/Ж10/31-00-04-01-03-27 від 20.02.2025.
Київський окружний адміністративний суд рішенням від 31 жовтня 2025 року позов задовольнив.
Не погоджуючись з таким судовим рішенням, відповідач подав апеляційну скаргу, в якій просить скасувати рішення суду першої інстанції та ухвалити нове судове рішення, яким відмовити у задоволенні позову у повному обсязі. Апелянт зазначив, що суд першої інстанції не дослідив фактичних обставин, що мають значення для правильного вирішення справи та не надано належної оцінки доказам що містяться в матеріалах справи.
У відзиві на апеляційну скаргу позивач просив залишити рішення суду першої інстанції без змін, а апеляційну скаргу без задоволення. На переконання позивача рішення суду першої інстанції є законними, обґрунтованим та направленим на захист порушених прав та інтересів позивача, а апеляційна скарга безпідставною.
Апелянтом подано також до суду додаткові пояснення по справі.
Відповідно до ч. 1 ст. 308 КАС України суд апеляційної інстанції переглядає справу за наявними у ній і додатково поданими доказами та перевіряє законність і обґрунтованість рішення суду першої інстанції в межах доводів та вимог апеляційної скарги.
Заслухавши суддю-доповідача, представників сторін, дослідивши доводи апеляційної скарги та, перевіривши матеріали справи, колегія суддів дійшла наступних висновків.
Судом першої інстанції встановлено та підтверджується матеріалами справи, Центральним міжрегіональним управлінням ДПС по роботі з ВПП проведено документальну позапланову виїзну перевірку ТОВ "Кернел-Трейд" з питань, що стали предметом заперечення від 12.03.2025 №2024001408 (вх. №3474/6 від 12.03.2025) на акт від 27.02.2024 №638/Ж5/31-00-07-04 02-20/31454383 про результати документальної позапланової виїзної перевірки з питання законності декларування заявленого до відшкодування з бюджету податку на додану вартість та від`ємного значення з податку на додану вартість, яке становить більше 100 тис. грн. по декларації з податку на додану вартість за грудень 2024 року (від 17.01.2025 №9417738484) з урахуванням періодів декларування від`ємного значення та поданих уточнюючих розрахунків.
Результати вказаної перевірки оформлені Актом перевірки від 18.04.2025 №1104/Ж5/31-00-07-04-02-20/31454383 (далі- Акт перевірки №1104), у висновках якого вказано про порушення платником податків п. 44.6 ст. 44, п.50.1 ст. 50, п. 198.1, п. 198.2, п. 198.3, п. 198.6, ст. 198, п. 200.1, п. 200.4 ст. 200 абз.23 п.п. 69.1 пункту 69 підрозділу 10 розділу XX Податкового кодексу України від 02.12.2010 №2755-VI, Порядку заповнення і подання податкової звітності з податку на додану вартість, затвердженого наказом Міністерства фінансів України від 28 січня 2016 року № 21, зареєстрованого в Міністерстві юстиції України 29 січня 2016 р. за №159/28289 в результаті чого, завищено суму, що підлягає бюджетному відшкодуванню податку на додану вартість на розрахунковий рахунок на 196 415 138 грн.; завищено суму від`ємного значення різниці між сумою податкового зобов`язання та сумою податкового кредиту поточного звітного періоду (показник рядка 19 Декларації), що призвело до завищення суми від`ємного значення податку на додану вартість, що зараховується до складу податкового кредиту наступного звітного (податкового) періоду на 1 014 316 грн
На підставі висновків Акту перевірки відповідачем винесено податкові повідомлення-рішення: від 21.04.2025 №888/Ж10/31-00-07-04-02-25, яким зменшено суму бюджетного Документ сформований в системі "Електронний суд" 01.12.2025 3 відшкодування з податку на додану вартість в розмірі 196 415 138 грн., та застосовано штрафні (фінансові) санкції у розмірі 98 207 569,00 грн.; від 21.04.2025 №887/Ж10/31-00-07-04-02-25, яким зменшено суму від`ємного значення податку на додану вартість в розмірі 1 014 316 грн.
Крім того, відповідачем проведено документальну позапланову виїзну перевірку позивача з питань дотримання вимог податкового законодавства України по взаємовідносинах з ТОВ "БЦ Агролідер" за вересень та жовтень 2017 року, ПП "Зерно-15" за лютий 2017 року, ТОВ "Діканька Зерно" за грудень 2017 року, ТОВ "Зерно Трест" за травень-липень, жовтень, грудень 2017 року з відповідним відображенням показників декларації з податку на додану вартість за лютий, травень, червень, липень, вересень, жовтень, листопад, грудень 2017 року та за 2017 рік показників фінансової звітності з їх відображенням у декларації з податку на прибуток підприємств.
Результати перевірки оформлені Актом перевірки від 25.04.2025 № 1140/Ж5/31-00-07-04-02-20/31454383, у висновках якого вказано про порушення позивачем вимог п.44.1 ст. 44, пп.134.1.1. п.134.1 ст.134 ПК України, ст.1, ст.3, ст.9, ст.11, ст.12 Закону України від 16.07.1999 №996-ХІV «Про бухгалтерський облік та фінансову звітність в України», п.5, п. 7 Положення (стандарт) бухгалтерського обліку 15 «Дохід», затвердженого наказом Міністерства фінансів України від 29.11.1999 №290, в результаті чого: занижено податок на прибуток в періоді, що перевірявся, на загальну суму 9 866 166,0 гривень, в тому числі: 1 квартал 2017 рік - 1 519 082 грн., за півріччя 2017 рік - 1 923 409 грн., за три квартали 2017 рік - 4 053 245 грн., рік 2017 - 9 866 166 грн.
Також порушено п. 44.6 ст. 44, п. 198.1, п. 198.2, п. 198.3, п. 198.6, ст. 198, п. 200.1, п. 200.4 у відповідності до п.200.14 статті 200 ПК України, в результаті чого: завищено податок на додану вартість, що підлягає бюджетному відшкодуванню в періоді, що перевірявся всього на суму 2 162 190 грн., у тому числі за період: лютий 2017 - 1 687 869 грн.; травень 2017 - 369 307 грн.; червень 2017 79 944 грн.; липень 2017 - 188 304 грн. завищено від`ємне значення різниці між сумою податкових зобов`язань та податкового кредиту в періоді, що перевірявся, на загальну суму 8 800 217 грн., в тому числі по періодам: лютий 2017 - 35 729 грн.; травень 2017 - 315 831 грн.; жовтень 2017 - 4 254 429 грн.; листопад 2017 - 3 902 207 грн.; грудень 2017 - 292 020 грн. 
На підставі висновків Акту перевірки були прийняті наступні податкові повідомлення-рішення: 
-від 09.05.2025 №1001/Ж10/31-00-07-04-02-25, яким збільшено суму грошового зобов`язання з податку на прибуток в сумі 10 879 477,00 грн, в т.ч. за податковим зобов`язанням - 9 866 166,00 грн. та застосовано штрафні (фінансові) санкції у розмірі 1 013 311,00 грн.; 
-від 09.05.2025 №1002/Ж10/31-00-07-04-02-25, яким зменшено суму від`ємного значення податку на додану вартість в розмірі 8 800 217 грн; від 09.05.2025 №1003/Ж10/31-00-07-04-02-25, яким зменшено суму бюджетного відшкодування з податку на додану вартість в розмірі 2 162 190 грн., та застосовано штрафні (фінансові) санкції у розмірі 1 081 095,00 грн.
Не погоджуючись з вказаними податковими повідомленнями-рішеннями позивач звернувся з даним позовом до суду.
Щодо правомірності винесення податкових повідомлень-рішень від 21.04.2025 №887/Ж10/31-00-07-04-02-25 від 21.04.2025 та №888/Ж10/31 00-07-04-02-25, колегія суддів зазначає наступне.
Відносини, що виникають у сфері справляння податків і зборів, порядок їх адміністрування, права, обов`язки платників податків та зборів, компетенцію контролюючих органів, повноваження і обов`язки їх посадових осіб під час адміністрування податків, а також відповідальність за порушення податкового законодавства регулюються Податковим кодексом України від 02 грудня 2010 року №2755-VI (далі - ПК України, в редакції чинній на момент виникнення спірних правовідносин).
Згідно з підпунктом 14.1.18 пункту 14.1 статті 14 ПК України бюджетне відшкодування від`ємного значення податку на додану вартість на підставі підтвердження правомірності сум бюджетного відшкодування податку на додану вартість за результатами перевірки платника.
Відповідно до підпункту 14.1.36 пункту 14.1 статті 14 ПК України господарська діяльність - діяльність особи, що пов`язана з виробництвом (виготовленням) та/або реалізацією товарів, виконанням робіт, наданням послуг, спрямована на отримання доходу і проводиться такою особою самостійно та/або через свої відокремлені підрозділи, а також через будь-яку іншу особу, що діє на користь першої особи, зокрема за договорами комісії, доручення та агентськими договорами.
Податковий кредит - сума, на яку платник податку на додану вартість має право зменшити податкове зобов`язання звітного (податкового) періоду, визначена згідно з розділом V цього Кодексу (підпункт 14.1.181 пункту 14.1 статті 14 ПК України).
За змістом пунктів 44.1., 44.3. статті 44 ПК України, для цілей оподаткування платники податків зобов`язані вести облік доходів, витрат та інших показників, пов`язаних з визначенням об`єктів оподаткування та/або податкових зобов`язань, на підставі первинних документів, регістрів бухгалтерського обліку, фінансової звітності, інших документів, пов`язаних з обчисленням і сплатою податків і зборів, ведення яких передбачено законодавством.
Платникам податків забороняється формування показників податкової звітності, митних декларацій на підставі даних, не підтверджених документами, що визначені абзацом першим цього пункту.
Платники податків зобов`язані забезпечити зберігання документів, визначених пунктом 44.1 цієї статті, а також документів, пов`язаних із виконанням вимог законодавства, контроль за дотриманням якого покладено на контролюючі органи, протягом визначених законодавством термінів, але не менш як 1095 днів (2555 днів - для документів та інформації, необхідної для здійснення податкового контролю за трансфертним ціноутворенням відповідно до статей 39 та 39-2 цього Кодексу) з дня подання податкової звітності, для складення якої використовуються зазначені документи, а в разі її неподання - з передбаченого цим Кодексом граничного терміну подання такої звітності, та документів, пов`язаних з виконанням вимог іншого законодавства, контроль за дотриманням якого покладено на контролюючі органи, - не менш як 1095 днів з дня здійснення відповідної господарської операції (для відповідних дозвільних документів - не менш як 1095 днів з дня завершення терміну їх дії).
Пунктом 185.1 статті 185 ПК України встановлено, що об`єктом оподаткування податком на додану вартість є операції платників податку з: а) постачання товарів, місце постачання яких розташоване на митній території України, відповідно до статті 186 цього Кодексу, у тому числі операції з безоплатної передачі та з передачі права власності на об`єкти застави позичальнику (кредитору), на товари, що передаються на умовах товарного кредиту, а також з передачі об`єкта фінансового лізингу у володіння та користування лізингоодержувачу/орендарю; б) постачання послуг, місце постачання яких розташоване на митній території України, відповідно до статті 186 цього Кодексу; в) ввезення товарів на митну територію України; г) вивезення товарів за межі митної території України; е) постачання послуг з міжнародних перевезень пасажирів і багажу та вантажів залізничним, автомобільним, морським і річковим та авіаційним транспортом.
За змістом пункту 187.8 статті 187 ПК України датою виникнення податкових зобов`язань у разі ввезення товарів на митну територію України є дата подання митної декларації для митного оформлення.
Відповідно до пункту 198.1 статті 198 ПК України до податкового кредиту відносяться суми податку, сплачені/нараховані у разі здійснення операцій з: а) придбання або виготовлення товарів та послуг; б) придбання (будівництво, спорудження, створення) необоротних активів (у тому числі у зв`язку з придбанням та/або ввезенням таких активів як внесок до статутного фонду та/або при передачі таких активів на баланс платника податку, уповноваженого вести облік результатів спільної діяльності); в) отримання послуг, наданих нерезидентом на митній території України, та в разі отримання послуг, місцем постачання яких є митна територія України; г) ввезення необоротних активів на митну територію України за договорами оперативного або фінансового лізингу; ґ) ввезення товарів та/або необоротних активів на митну територію України.
Згідно з пунктом пункт 198.2 статті 198 ПК України датою віднесення сум податку до податкового кредиту вважається дата тієї події, що відбулася раніше: дата списання коштів з банківського рахунка платника податку на оплату товарів/послуг; дата отримання платником податку товарів/послуг. Для операцій із ввезення на митну територію України товарів датою віднесення сум податку до податкового кредиту є дата сплати податку за податковими зобов`язаннями згідно з пунктом 187.8 статті 187 цього Кодексу, а для операцій з постачання послуг нерезидентом на митній території України - дата складення платником податкової накладної за такими операціями, за умови реєстрації такої податкової накладної в Єдиному реєстрі податкових накладних.
Пунктом 198.3 статті 198 ПК України встановлено, що податковий кредит звітного періоду визначається виходячи з договірної (контрактної) вартості товарів/послуг та складається із сум податків, нарахованих (сплачених) платником податку за ставкою, встановленою пунктом 193.1 статті 193 цього Кодексу, протягом такого звітного періоду у зв`язку з: придбанням або виготовленням товарів та наданням послуг; придбанням (будівництвом, спорудженням) основних фондів (основних засобів, у тому числі інших необоротних матеріальних активів та незавершених капітальних інвестицій у необоротні капітальні активи); ввезенням товарів та/або необоротних активів на митну територію України. Нарахування податкового кредиту здійснюється незалежно від того, чи такі товари/послуги та основні фонди почали використовуватися в оподатковуваних операціях у межах провадження господарської діяльності платника податку протягом звітного податкового періоду, а також від того, чи здійснював платник податку оподатковувані операції протягом такого звітного податкового періоду.
Пунктом 200.1 статті 200 ПК України визначено, що сума податку, що підлягає сплаті (перерахуванню) до Державного бюджету України або бюджетному відшкодуванню, визначається як різниця між сумою податкового зобов`язання звітного (податкового) періоду та сумою податкового кредиту такого звітного (податкового) періоду.
За змістом пункту 200.4 статті 200 ПК України при від`ємному значенні суми, розрахованої згідно з пунктом 200.1 цієї статті, така сума підлягає бюджетному відшкодуванню за заявою платника у сумі податку, фактично сплаченій отримувачем товарів/послуг у попередніх та звітному податкових періодах постачальникам таких товарів/послуг або до Державного бюджету України, в частині, що не перевищує суму, обчислену відповідно до пункту 200-1.3 статті 200-1 цього Кодексу на момент отримання контролюючим органом податкової декларації, на відповідний рахунок платника податку в банку/небанківському надавачу платіжних послуг та/або у рахунок сплати грошових зобов`язань або погашення податкового боргу такого платника податку з інших платежів, що сплачуються до державного бюджету.
Згідно з пунктом 201.12 статті 201 ПК України у разі ввезення товарів на митну територію України документом, що посвідчує право на віднесення сум податку до податкового кредиту, вважається митна декларація, оформлена відповідно до вимог законодавства, яка підтверджує сплату податку.
Пунктом 206.1 статті 206 ПК України, визначено, що під час ввезення товарів на митну територію України суми податку підлягають сплаті до державного бюджету платниками податку до/або на день подання митної декларації безпосередньо на єдиний казначейський рахунок, крім операцій, за якими надається звільнення (умовне звільнення) від оподаткування. 
Аналіз наведених положень податкового законодавства свідчить, що з моменту подання платником податків митної декларації для митного оформлення ввезених на митну територію України товарів у останнього виникають відповідні податкові зобов`язання зі сплати податку на додану вартість. Після сплати цього податку до бюджету платник податків набуває право на віднесення таких сум до податкового кредиту відповідного періоду. Таке розуміння норм Податкового кодексу України відповідає характеру і змісту правового регулювання податку на додану вартість та суті його адміністрування, оскільки право на податковий кредит перебуває у прямій залежності саме від факту сплати відповідної суми податку на додану вартість до бюджету. При цьому митна декларація, оформлена відповідно до вимог законодавства, є належним документом, що посвідчує право на віднесення сплачених сум податку на додану вартість до податкового кредиту за відповідний період, оскільки вона підтверджує фактичну сплату суми податку до відповідного бюджету.
Аналогічна правова позиція викладена у постановах Верховного Суду від 23 травня 2024 року у справі №380/5557/22, від 03 жовтня 2023 року у справі №640/16289/22, від 02 червня 2020 року у справі №820/2015/16, від 14 червня 2022 року у справі № 0870/4828/12.
Судом на підставі матеріалів справи встановлено, що позивач подав уточнюючі розрахунки податкових зобов`язань з податку на додану вартість у зв`язку з виправленням самостійно виявлених помилок від 06.03.2025 №9054358380 та від 18.03.2025 №9069434360 до декларації з податку на додану вартість за грудень 2024 року. 
Перевіривши дотримання позивачем вимог податкового законодавства при декларуванні від`ємного значення з податку на додану вартість за грудень 2024 року, контролюючий орган встановив, що позивачем в порушення пункту 80 підрозділу 2 розділу XX ПК України, пункту 198.6 статті 198 розділу V ПКУ, пункту 102.9 статті 102 розділу II ПК України, підпункту 69.9 пункту 69 підрозділу 10 розділу XX ПКУ, завищено податковий кредит з ПДВ в декларації з податку на додану вартість за грудень 2024 року на 652 341,41 грн., внаслідок чого в порушення пунктів 200.1, 200.4 статті 200 розділу V Документ сформований в системі «Електронний суд» 01.12.2025 16 ПКУ завищено розмір залишку від`ємного значення з ПДВ задекларований в рядку 21 на суму 652 341,54 грн. в тому числі по:- ТОВ «ЮНІКОМ АГРІ» (код за ЄДРПОУ 36148342) на суму 652 341,41 грн
В Акті перевірки контролюючий орган зазначив, що позивач використав в податковому обліку первинні документи, які не мав права використовувати. Підставою для висновків про відсутність у позивача права використовувати ці первинні документи в податковому обліку податковий орган вважає «безтоварність» господарських операцій між ТОВ "Кернел-Трейд" та рядом його контрагентів-постачальників. Під безтоварністю податковий орган має на увазі те, що товар, роботи чи послуги, зазначені в первинних документах, фактично не передавалися позивачу його постачальниками, а відомості про господарські операції, які внесені позивачем та його контрагентами до первинних документів, не відповідають дійсності.
Суд першої інстанції правильно зазначив, що під час перевірки відповідачем не досліджувалися обставини передачі товарно-матеріальних цінностей, відображених в первинних документах. Фактично податковий орган ігнорує ту обставину, що ТОВ "Кернел-Трейд" не використовує у своїй діяльності власні зернові склади, термінали чи олійні підприємства, адже господарська модель діяльності позивача передбачає використання послуг сторонніх зернових складів, портових терміналів, олійно-екстракційних заводів. Тому більшість документів, які засвідчують передачу ТМЦ від продавців до позивача, створена за участі працівників третіх осіб - зернових складів, портових терміналів чи олійно- екстракційних заводів. При цьому, кожна наявна у матеріалах справи залізнична накладна та товарно-транспортна накладна містить відмітку працівника підприємства, який приймав ТМЦ на зберігання чи на переробку на користь позивача.
Наявними у матеріалах справи доказами підтверджується факт повної сплати повної вартості за отриманий товар ТОВ "Кернел-Трейд".
Доказів повернення грошових коштів від постачальників до позивача (в готівковій або безготівковій формі) або їх перерахування третім особам за вказівкою позивача, Акт № 887 - не містить.
Слід зазначити, що до основних видів господарської діяльності ТОВ "Кернел-Трейд" належать виробництво рослинних олій та оптова торгівля продукцією агропромислового комплексу, в тому числі на експорт. Здійснення позивачем закупівель насіння зернових та олійних культур є невід`ємною частиною його господарської діяльності. Господарські ж операції, які оспорюються податковим органом, є саме операціями із закупівлі с/г сировини, яка використовується у його виробничій та торгівельній діяльності.
Стосовно висновків контролюючого органу про відсутність законного джерела отримання товару контрагентом-постачальником позивача, колегія суддів зазначає наступне. 
В Акті перевірки зазначено, що податковий орган при проведенні перевірки не зміг встановити джерело походження товару. При цьому в Акті відсутні відомості про те, що податковий орган встановив факт походження товару з незаконних джерел.
Колегія суддів зазначає, що відсутність у розпорядженні податкового органу даних про первісного виробника продукції жодним чином не може свідчити на користь висновку про відсутність факту передачі товару від продавця до позивача.
Так, у відповідача наявні зауваження щодо відсутності основних фондів, необхідної кількості трудових ресурсів у контрагентів позивача. Фактично, висновки перевірки ґрунтуються на припущеннях про неспроможність контрагентів позивача здійснювати господарські операції.
При цьому, відповідач не надав до суду доказів притягнення до юридичної відповідальності посадових осіб контрагентів щодо господарських операцій, які перевірялися відповідачем, та/або не надав доказів визнання судом недійсними правочинів, укладених позивачем з такими контрагентами.
Водночас слід зазначити, що податковий орган не врахував, що продукція, продана ТОВ "Кернел-Трейд" була придбана постачальником у інших виробників, ніж ті що визначені контролюючим органом, а самі операції з перепродажу с/г продукції не вимагають наявності у продавця значної кількості техніки чи персоналу. Всі операції можуть бути реалізовані за наявності грошових ресурсів та незначного переліку засобів зв`язку та оргтехніки. Операції ж, які потребують транспортування, доробки та зберігання с/г продукції можуть реалізуватися із залученням сторонніх надавачів послуг - професійних операторів на відповідному ринку послуг (перевізників, зернових складів, тощо).
Щодо посилання відповідача на факт віднесення постачальника рішенням податкового органу до категорії «ризикових» відповідно до Порядку зупинення реєстрації податкової накладної/ розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних, затвердженого Постановою КМУ від 11.12.2019 року №1165, колегія суддів зазначає, що перебування платника в статусі «ризикового» чи позбавлення даного статусу не може свідчити про товарність чи безтоварність вчинених таким платником податків господарських операцій через відсутність причинно-наслідкового зв`язку між даними фактами.
Суд першої інстанції правильно зазначив, що ТОВ "Кернел-Трейд" було надано всі передбачені чинним законодавством України первинні бухгалтерські документи, які підтверджують факт здійснення господарських операцій.
Контролюючим органом при проведенні перевірки було досліджено договори, видаткові накладні, акти приймання-передачі послуг та товарів, платіжні документи, тощо. За результатами дослідження податковим органом не було зафіксовано фактів створення підроблених документів чи фактів внесення до офіційних документів неправдивих відомостей. Щодо висновку контролюючого органу про неправомірне включення позивачем до податкового кредиту ряду податкових накладних, зареєстрованих постачальниками позивача між липнем 2020 року та груднем 2023 року, колегія суддів зазначає наступне.
Частина податкових накладних була зареєстрована до 01.01.2022.
Податковий кодекс України в п.80 підрозділу 2 розділу ХХ визначає, що «Суми податку на додану вартість, сплачені (нараховані) у зв`язку з придбанням товарів/ послуг, зазначені в податкових накладних/розрахунках коригування до таких податкових накладних, які зареєстровані в Єдиному реєстрі податкових накладних та які до набрання чинності Законом України "Про внесення змін до Податкового кодексу України та інших законодавчих актів України щодо забезпечення збалансованості бюджетних надходжень" протягом 1095 календарних днів з дати їх складення не були включені до податкового кредиту, включаються до податкового кредиту протягом 365 календарних днів з дати набрання чинності зазначеним Законом, але не пізніше 1095 календарних днів з дати складення таких податкових накладних/розрахунків коригування до таких податкових накладних.»
Оскільки вказаний Закон набув чинності 01.01.2022, отже платник податку мав 365 днів (тобто до 01.01.2023) на те, щоб включити спірні ПН до податкового кредиту. 
В даному випадку включення спірних ПН до податкового кредиту відбулося шляхом подання уточнюючого розрахунку до декларацій з ПДВ за податкові періоди, які перебувають в межах зазначеного строку в 365 днів. При цьому подання уточнюючих розрахунків до декларацій з ПДВ відбулося з дотриманням строків, визначених податковим законодавством в межах 1095 днів, а саме в грудні 2024 року.
Щодо податкових накладних зареєстрованих після 01.01.2022, слід зазначити наступне.
Як свідчать матеріали справи включення спірних ПН до податкового кредиту відбулося шляхом подання уточнюючого розрахунку до декларацій з ПДВ за податкові періоди, які перебувають в межах зазначеного строку в 365 днів.
В Акті перевірки контролюючий орган не заперечуючи право позивача на включення ПН до податкового кредиту шляхом подання уточнюючих розрахунків зазначив, що таке уточнення є можливим виключно щодо податкового періоду, в якому була зареєстрована така ПН.
Колегія суддів не погоджується з таким висновком контролюючого органу та зазначає, що чинне податкове законодавство України не містить правової норми, яка б обмежувала право платника податку подавати уточнюючий розрахунок виключно тим податковим періодом, в якому зареєстрована податкова накладна.
Колегія суддів зазначає, що усі надані позивачем первинні документи містять всі необхідні складові, які надають можливість ідентифікувати обсяги поставок товару, необхідну номенклатуру, часові межі їх здійснення та співставити зазначені в них відомості з відомостями, наведеними в інших первинних документах, що відповідають договорам.
Під час судового розгляду справи контролюючим органом не було наведено будь-яких переконливих доводів та не надано належних доказів, які б ставили під сумнів реальність здійснених позивачем господарських операцій, та/або свідчили б про невідповідність цих операцій дійсному економічному змісту, та/або про наявність інших обставин що підтверджують недобросовісність саме позивача, як платника податків.
Переважна більшість доводів, покладених апелянтом в основу апеляційної скарги, ґрунтуються на припущеннях, а не на конкретних встановлених обставинах, які б давали змогу їх перевірити та здійснити відповідну оцінку. Відповідач не навів зауважень до змісту і форми наданих під час перевірки первинних документів з контрагентами. Окрім того, висновки акту перевірки не спростовують фактичного руху активів позивача за договірними відносинами зі зазначеними контрагентами.
Таким чином, документи, якими супроводжується постачання та які перебувають у розпорядженні товариства, дають змогу достовірно встановити усі обставини господарської операції та є належним підтвердженням її реальності.
Зважаючи на взаємний та достатній зв`язок наданих до матеріалів справи доказів та первинних документів бухгалтерського обліку, у їх сукупності, суд першої інстанції дійшов правильно висновку, що податкові повідомлення-рішення від 21.04.2025 за № 887/Ж10/31-00-07-04-02-25, № 888/Ж10/31-00-07-04-02-25 є протиправними, тому підлягають скасуванню.
Щодо правомірності винесення податкових повідомлень-рішень № 1001/Ж10/31-00-07-04-02-25 від 09.05.2025, № 1002/Ж10/31-00-07-04-02-25 від 09.05.2025, № 1003/Ж10/31-00-07-04-02-25 від 09.05.2025, колегія суддів зазначає наступне.
В Акті перевірки від 25.04.2025 № 1140/Ж5/31-00-07-04-02-20/31454383 вказано про порушення позивачем вимог п.44.1 ст. 44, пп.134.1.1. п.134.1 ст.134 ПК України, ст.1, ст.3, ст.9, ст.11, ст.12 Закону України від 16.07.1999 №996-ХІV «Про бухгалтерський облік та фінансову звітність в України», п.5, п. 7 Положення (стандарт) бухгалтерського обліку 15 «Дохід», затвердженого наказом Міністерства фінансів України від 29.11.1999 №290, в результаті чого: занижено податок на прибуток в періоді, що перевірявся, на загальну суму 9 866 166,0 гривень, в тому числі: 1 квартал 2017 рік - 1 519 082 грн., за півріччя 2017 рік - 1 923 409 грн., за три квартали 2017 рік - 4 053 245 грн., рік 2017 - 9 866 166 грн.
Також порушено п. 44.6 ст. 44, п. 198.1, п. 198.2, п. 198.3, п. 198.6, ст. 198, п. 200.1, п. 200.4 у відповідності до п.200.14 статті 200 ПК України, в результаті чого: завищено податок на додану вартість, що підлягає бюджетному відшкодуванню в періоді, що перевірявся всього на суму 2 162 190 грн., у тому числі за період: лютий 2017 - 1 687 869 грн.; травень 2017 - 369 307 грн.; червень 2017 79 944 грн.; липень 2017 - 188 304 грн. завищено від`ємне значення різниці між сумою податкових зобов`язань та податкового кредиту в періоді, що перевірявся, на загальну суму 8 800 217 грн., в тому числі по періодам: лютий 2017 - 35 729 грн.; травень 2017 - 315 831 грн.; жовтень 2017 - 4 254 429 грн.; листопад 2017 - 3 902 207 грн.; грудень 2017 - 292 020 грн. 
Вказані висновки Акту перевірки обґрунтовані тим, що позивач використав в податковому обліку первинні документи, які не мав права використовувати. Контролюючий орган вказав про «безтоварність» господарських операцій між ТОВ "Кернел-Трейд" та рядом його контрагентів-постачальників. 
Основним аргументом на користь висновку про безтоварність операцій між ТОВ "Кернел-Трейд" та ТОВ "БЦ "Агролідер" відповідач наводить припущення про неспроможність деяких із постачальників ТОВ "БЦ Агролідер" поставити на користь останнього сільськогосподарську продукцію, таких як ТОВ "Мрія-К", ПП "Українське Поле", ТОВ "Лугове-Юг", СТОВ "Ліщинівське", Сільськогосподарське ТОВ "Агросвіт", СВК "Гірниківський".
В Акті перевірки № 1140 зазначено, що вказані підприємства є «основними» постачальниками насіння соняшника на користь ТОВ "БЦ Агролідер". 
Проте суд першої інстанції правильно зазначив, що податковий орган проігнорував «не основних» (додаткових) постачальників, які мали спроможність реально передавати продукцію на користь ТОВ "БЦ Агролідер" наряду зі згаданими постачальниками.
Крім того Акт № 1140 не містить підтверджених доказами арґументів на підтвердження того, що ТОВ "БЦ Агролідер" не мало змоги придбати товар, проданий в подальшому на користь позивача.
Фактично під час перевірки відповідачем не належним чином досліджені обставини передачі товарно-матеріальних цінностей, відображених у первинних документах.
Посилання апелянта на не встановлення відповідних ланцюгів постачання с/г продукції, є безпідставними, позаяк правовідносини контрагентів із третіми особами у ланцюгах постачання, з якими позивач не вступав у господарські відносини, самі по собі, за відсутності інших об`єктивних даних, що підтверджують порушення позивачем податкового законодавства, не можуть бути самостійною та достатньою підставою для висновку про нереальність господарських взаємовідносин. Умовою дослідження ланцюгу постачання товару, є лише наявність достовірних даних та обставин обізнаності позивача та його участі у відповідному ланцюгу операцій, спрямованих на ухилення від сплати податків/мінімізації податкових навантажень.
Слід врахувати, що за умови не підтвердження залучення позивача у схемі мінімізації податкових платежів, позивач не може нести відповідальність за можливе невиконання його контрагентами своїх податкових зобов`язань, адже поняття добросовісний платник, що вживається у сфері податкових правовідносин, не передбачає виникнення у платника додаткового обов`язку з контролю за дотриманням його постачальниками правил оподаткування, а сам платник не наділений повноваженнями податкового контролю для виконання функцій, покладених на податкові органи, а тому не може володіти інформацією відносно виконання контрагентом податкових зобов`язань.
У даному випадку, передусім, висновки відповідача щодо відсутності у контрагентів матеріальної можливості передати ТОВ "Кернел-Трейд" зазначеної в первинних документах продукції, здійснені виключно на підставі аналізу зібраної та опрацьованої узагальненої податкової інформації.
Доказів того, що товарно-матеріальні цінності, які зазначені в первинних документах, мають незаконне джерело походження апелянтом також суду не було надано.
Доводи апелянта про наявність кримінального провадження №312017100110000090, предметом дослідження якого є, серед іншого, діяльність ТОВ "Мрія-К", судом апеляційної інстанції до уваги не приймаються, оскільки кримінальне провадження, на яке посилається апелянт, порушено в 2017 році. Станом на час перевірки та станом на час апеляційного розгляду в даній справі, апелянтом не надано відомості про пред`явлені обвинувачення посадовим особам позивача чи посадовим особам контрагентів позивача, так само як і не існує будь-яких вироків, що вступили в законну силу в зазначених кримінальних справах.
Щодо вказаних доводів апеляційної скарги, колегія суддів враховує правову позицію Верховного Суду, викладену у постанові від 04 вересня 2018 року по справі № 826/18952/14, де останній зазначав, що наявність кримінального провадження щодо контрагента платника податків, в якому не винесено вироку суду в кримінальному провадженні, або ухвали про закриття кримінального провадження і звільнення особи від кримінальної відповідальності не є підставою для визнання спірних господарських операцій нереальними.
Також, Верховний Суд в постанові від 15 травня 2018 року по справі № 822/2348/16, вказав на те, що "наявність кримінального провадження, що перебуває у правоохоронних органів, що здійснюють його розслідування може мати юридично-правове значення, але не виключно, у випадку наявності вироку суду в кримінальному провадженні, ухвали про закриття кримінального провадження і звільнення особи від кримінальної відповідальності або постанова суду у справі про адміністративне правопорушення, які набрали законної сили, як такі, що є обов`язковими для адміністративного суду, що розглядає справу про правові наслідки дій чи бездіяльності особи, стосовно якої ухвалений вирок, ухвала або постанова суду, лише в питанні, чи мали місце ці дії (бездіяльність) та чи вчинені вони цією особою.
Визнання особи винуватою у вчиненні злочину, передбаченого статтею 205 Кримінального кодексу України з огляду на презумпцію невинуватості та індивідуальний характер юридичної відповідальності не призведе автоматично до встановлення фактів незаконності формування податкового кредиту з ПДВ та валових витрат з податку на прибуток підприємств контрагентами позивача.
Крім того, злочин, передбачений статтею 205 Кримінального кодексу України вважається закінченим з моменту державної реєстрації суб`єкта підприємницької діяльності або набуття права власності на нього та не поширюється на подальшу діяльність фіктивно створеної юридичної особи.
Межі вказаного складу злочину не охоплюють подальші правові дії, вчинені від імені цієї юридичної особи після її створення (придбання) та подальшу господарську діяльність вказаного підприємства. Визначальною ознакою цього складу злочину є наявність спеціальної мети саме в момент створення (придбання) суб`єкта підприємницької діяльності - прикрити незаконну діяльність або здійснення видів діяльності, щодо яких є заборона.
В даному випадку податковим органом не наведено доводів та надано доказів того, що позивач діяв без належної обачності та був обізнаним про допущення його контрагентами певних порушень законодавства при створенні підприємства чи веденні господарської діяльності, оскільки, укладаючи угоду зі своїми контрагентами. Позивач мав всі підтвердження господарської правосуб`єктності контрагента: здійснювати господарську діяльність, реалізовувати господарську компетенцію, мати зобов`язання, нести за ними відповідальність тощо.
Також чинне законодавство України покладає відповідальність на особу, яка вчинила порушення певних норм податкового законодавства, і не містить норм, які можуть бути підставою для притягнення до відповідальності іншого суб`єкта господарювання.
Вищевикладене підтверджує, що наявність кримінальних проваджень щодо контрагентів позивача жодним чином не доводить фіктивність чи нереальність господарських операцій, здійснених між позивачем та його контрагентами, а також господарських операцій між контрагентами позивача та їх постачальниками та не є належним доказом фіктивності чи нереальності таких господарських операцій.
Колегія суддів зазначає, що в Акті перевірки містяться аналогічні висновки та аргументи контролюючого органу щодо безтоварності господарських операцій між позивачем та ТОВ "Диканька-Зерно", ТОВ "Зерно-Трест", ПП "Зерно-15", які застосовано щодо господарських операцій з ТОВ "БЦ Агролідер", які судом першої інстанції правильно не враховано з огляду на висновки наведені вище. 
Враховуючи вищевикладені обставини, колегія суддів погоджується з висновком суду першої інстанції про протиправність податкових повідомлень-рішень № 1001/Ж10/31-00-07-04-02-25 від 09.05.2025, № 1002/Ж10/31-00-07-04-02-25 від 09.05.2025, № 1003/Ж10/31-00-07-04-02-25 від 09.05.2025, та наявність підстав для їх скасування.
Щодо правомірності податкового повідомлення-рішення від 20.02.2025 № 300/Ж10/31-00-04-01-03-27, колегія суддів зазначає наступне.
Центральним міжрегіональним управлінням ДПС по роботі з ВПП проведено камеральну перевірку податкової звітності з податку на додану вартість щодо виявлених помилок (порушень) ТОВ "Кернел - Трейд" за квітень 2022 року.
Результати перевірки оформлені Актом перевірки від 16.01.2025 № 98/ Ж5/31-00-04-01-03-22/31454383, у висновках якого вказано про завищення позивачем від`ємного значення, що зараховується до складу податкового кредиту наступного звітного (податкового) періоду декларації з податку на додану вартість в уточнюючому розрахунку податкових зобов`язань з податку на додану вартість у зв`язку з виправленням самостійно виявлених помилок за квітень 2022 року (реєстраційний № 9000680040 від 07.01.2025) з урахуванням поданих уточнюючих розрахунків на 410 008,3 грн.
На підставі висновків Акту перевірки контролюючим органом прийнято податкове повідомлення-рішення від 20.02.2025 №300/Ж10/31-00-04-01-03-27, яким зменшено суму від`ємного значення податку на додану вартість в розмірі 410 008 грн.
Судом встановлено, що 07.01.2025 позивачем подано Уточнюючий розрахунок за квітень 2022 року, згідно з яким у Додатку 1 «Відомості про суми податку на додану вартість, зазначені у податкових накладних / розрахунках коригування до податкових накладних, не зареєстрованих в Єдиному реєстрі податкових накладних (далі - ЄРПН), про коригування податкових зобов`язань за операціями з вивезення за межі митної території України у митному режимі експорту окремих видів товарів, та про податковий кредит з урахуванням його коригування (Д1)» до уточнюючого розрахунку за квітень 2022 року ТОВ «Кернел - Трейд» включено до складу податкового кредиту податкові накладні та розрахунки коригування, терміни включення по яким перевищують терміни (1 316 - 1 640 днів), визначені п. 198.6 ст. 198 ПКУ, з урахуванням п. 102.9 ст. 102 (в редак. до 01.08.2023 року), п. 80 підрозд. 2 розд. XX, п.п. 69.9 п. 69 підрозд. 10 розд. XX ПК України, детальний перелік яких зазначено в Акті.
На переконання контролюючого органу на дату подання позивачем Уточнюючого розрахунку за квітень 2022 року (07.01.2025 року), 1 095 днів з дати складання податкових накладних (лютий 2019 - грудень 2019 року), минуло.
Колегія суддів зазначає, що згідно п.80 підрозділу 2 розділу ХХ ПК Українисуми податку на додану вартість, сплачені (нараховані) у зв`язку з придбанням товарів/ послуг, зазначені в податкових накладних/розрахунках коригування до таких податкових накладних, які зареєстровані в Єдиному реєстрі податкових накладних та які до набрання чинності Законом України "Про внесення змін до Податкового кодексу України та інших законодавчих актів України щодо забезпечення збалансованості бюджетних надходжень" протягом 1095 календарних днів з дати їх складення не були включені до податкового кредиту, включаються до податкового кредиту протягом 365 календарних днів з дати набрання чинності зазначеним Законом, але не пізніше 1095 календарних днів з дати складення таких податкових накладних/розрахунків коригування до таких податкових накладних.
Наведений вище Закон України набув чинності 01.01.2022, тому платник податку мав 365 днів (тобто до 01.01.2023) на те, щоб включити спірні ПН до податкового кредиту.
З матеріалів справи вбачається, що включення спірних ПН до податкового кредиту відбулося шляхом подання уточнюючого розрахунку до декларації з ПДВ за податковий період - квітень 2022 року (тобто в податковому періоді, який перебуває в межах зазначеного строку в 365 днів).
Згідно статті 50 ПК України та п. 1 розд. IV Порядку № 21 " Про затвердження форм та Порядку заповнення і подання податкової звітності з податку на додану вартість" у разі якщо у майбутніх податкових періодах (з урахуванням строків давності, визначених статтею 102 глави 9 розділу II Кодексу) платник податку самостійно виявляє помилки, що містяться у раніше поданій ним декларації, він зобов`язаний надіслати уточнюючий розрахунок до такої декларації за формою, встановленою на дату подання уточнюючого розрахунку.
В даному випадку останнім днем граничного строку подання декларації з ПДВ за квітень 2022 року є 20 травня 2022 року.
Отже, строк на уточнення даного податкового періоду має розпочинати свій відлік з 21 травня 2022 року.
Позивачем уточнюючий розрахунок було подано 07.01.2025, тобто в межах строку в 1095 днів, визначеного законодавством України. 
Враховуючи вищевикладені обставини, колегія суддів погоджується з висновком суду першої інстанції про помилковість висновків, викладених в Акті № 98, про порушення позивачем податкового законодавства, та, як наслідок, про безпідставність винесення ППР від 20.02.2025 № 300/Ж10/31-00-04-01-03-27.
Відповідно до ч. ч. 1, 2 ст. 77 КАС України кожна сторона повинна довести ті обставини, на яких ґрунтуються її вимоги та заперечення, крім випадків, встановлених статтею 78 цього Кодексу. В адміністративних справах про протиправність рішень, дій чи бездіяльності суб`єкта владних повноважень обов`язок щодо доказування правомірності свого рішення, дії чи бездіяльності покладається на відповідача. 
Апелянт не надав до суду належних доказів, що б підтверджували факт протиправності рішення суду першої інстанції.
Колегія суддів враховує позицію Європейського суду з прав людини (в аспекті оцінки аргументів учасників справи у апеляційному провадженні), сформовану, зокрема у справах «Салов проти України» (№ 65518/01; пункт 89), «Проніна проти України» (№ 63566/00; пункт 23) та «Серявін та інші проти України» (№ 4909/04; пункт 58): принцип, пов`язаний з належним здійсненням правосуддя, передбачає, що у рішеннях судів та інших органів з вирішення спорів мають бути належним чином зазначені підстави, на яких вони ґрунтуються; хоча пункт 1 статті 6 Конвенції зобов`язує суди обґрунтовувати свої рішення, його не можна тлумачити як такий, що вимагає детальної відповіді на кожен аргумент; міра, до якої суд має виконати обов`язок щодо обґрунтування рішення, може бути різною в залежності від характеру рішення (див. рішення у справі «Руїс Торіха проти Іспанії» (RuizTorijav.Spain) серія A. 303-A; пункт 29).
Відповідно до ст. 316 КАС України суд апеляційної інстанції залишає апеляційну скаргу без задоволення, а рішення або ухвалу суду - без змін, якщо визнає, що суд першої інстанції правильно встановив обставини справи та ухвалив судове рішення з додержанням норм матеріального і процесуального права.
Керуючись ст.ст. 242, 250, 308, 315, 316, 321, 322 КАС України, суд
П О С Т А Н О В И В :
Апеляційну скаргу Центрального міжрегіонального управління ДПС по роботі з великими платниками податків - залишити без задоволення.
Рішення Київського окружного адміністративного суду від 31 жовтня 2025 року - залишити без змін.
Постанова набирає законної сили з дати її прийняття та може бути оскаржена протягом тридцяти днів з дня складення повного судового рішення шляхом подачі касаційної скарги до Верховного Суду.
Повний текст постанови виготовлено 08 квітня 2026 року. 

Головуючий суддя: Є.В. Чаку

Судді: Н.М. Єгорова

А.Ю. Коротких