Справа № 640/15751/20
	
РІШЕННЯ
іменем України

04 січня 2026 року	м. Хмельницький	

Хмельницький окружний адміністративний суд в особі головуючого-судді Печеного Є.В., розглянувши у письмовому провадженні адміністративну справу за позовом Товариства з обмеженою відповідальністю "АГРО ГАЗ ТРЕЙДІНГ" до Державної податкової служби України визнання протиправними та скасування рішень, зобов`язання вчинити дії,

ВСТАНОВИВ:

Товариство з обмеженою відповідальністю «АГРО ГАЗ ТРЕЙДІНГ» (далі – позивач, Товариство) звернулося до Окружного адміністративного суду міста Києва з позовом до Державної податкової служби України (далі – відповідач, ДПС України), у якому просить: визнати протиправним та скасувати рішення Комісії з питань зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних ДПС України № 10036/41037791/2 від 20.03.2020 року; визнати протиправним та скасувати рішення цієї ж Комісії № 10035/41037791/2 від 20.03.2020 року; зобов`язати Державну податкову службу України зареєструвати в Єдиному реєстрі податкових накладних (далі – ЄРПН) податкову накладну ТОВ «АГРО ГАЗ ТРЕЙДІНГ» № 44 від 20.02.2020 датою її фактичного подання на реєстрацію; зобов`язати Державну податкову службу України зареєструвати в ЄРПН податкову накладну ТОВ «АГРО ГАЗ ТРЕЙДІНГ» № 58 від 28.02.2020 датою її фактичного подання на реєстрацію.
Ухвалою Окружного адміністративного суду м. Києва від 15.07.2020 відкрито провадження у справі та призначено за правилами спрощеного позовного провадження без повідомленням сторін.
Справа у встановлені нормами Кодексу адміністративного судочинства України строки Окружним адміністративним судом міста Києва розглянута не була.
На підставі пункту 2 розділу ІІ "Прикінцеві та перехідні положення" Закону України №2825 (в редакції Закону України №3863-ІХ) проведений автоматизований розподіл адміністративних справ, які не розглянуті Окружним адміністративним судом міста Києва, між окружними адміністративними судами України з урахуванням навантаження, за принципом випадковості та відповідно до хронологічного надходження справ відповідно до Порядку передачі судових справ, нерозглянутих Окружним адміністративним судом міста Києва, затвердженому наказом Державної судової адміністрації України від 16 вересня 2024 року № 399.
Так, за результатами автоматизованого розподілу адміністративних справ, які не розглянуті Окружним адміністративним судом міста Києва, між окружними адміністративними судами України, адміністративна справа №640/15751/20 передана на розгляд Хмельницькому окружному адміністративному суду.
Відповідно до протоколу автоматизованого розподілу судової справи між суддями від 10.03.2025 року, дану адміністративну справу передано на розгляд судді Печеному Є.В.
Ухвалою судді Хмельницького окружного адміністративного суду Печеного Є.В. прийнято до свого провадження адміністративну справу №640/15751/20; ухвалено розпочати розгляд справи спочатку; ухвалено розгляд справи проводити за правилами спрощеного позовного провадження без повідомлення учасників справи.
Ухвалою суду від 04.01.2026 у задоволенні клопотання Державної податкової служби України про розгляд справи № 640/15751/20 за правилами загального позовного провадження або порядку спрощеного позовного провадження з повідомленням (викликом) сторін відмовлено. Відповідно до позовної заяви, позивач обґрунтовує позов тим, що є платником податку на додану вартість, здійснював реальні господарські операції з постачання аміаку (готової продукції) на підставі договору з ТОВ «АМІАК СЕРВІС», склав податкові накладні № 44 від 20.02.2020 та № 58 від 28.02.2020, подав їх на реєстрацію до ЄРПН, однак їх реєстрацію було зупинено.
Позивач зазначає, що надав до контролюючого органу письмові пояснення та копії первинних документів, які підтверджують здійснення господарських операцій, однак рішеннями комісії регіонального рівня ГУ ДПС у м. Києві від 16.03.2020 № 1487496/41037791, № 1487497/41037791 йому відмовлено у реєстрації вказаних податкових накладних. 
Надалі скарги позивача на ці рішення було залишено без задоволення рішеннями комісії центрального рівня ДПС України № 10035/41037791/2 та № 10036/41037791/2 від 20.03.2020, які й оскаржуються у цій справі.
На думку позивача, податковий орган діяв формально, не вказав, які саме документи були не подані або в чому полягає їх неналежність, не навів мотивів відмови, чим порушив вимоги законодавства та принцип правової визначеності.
ДПС України у відзиві на позов та додаткових письмових поясненнях заперечує проти задоволення позову, посилаючись, зокрема, на таке.
Вказує, що рішення № 10035/41037791/2 та № 10036/41037791/2 є рішеннями за результатами розгляду скарг, не є самостійними юридично значимими актами індивідуальної дії, оскільки не змінюють прав і обов`язків позивача, а лише залишають без змін рішення комісії регіонального рівня.
Зазначає, що позивач не заявив позовних вимог до ГУ ДПС у м. Києві та не оскаржив рішення комісії регіонального рівня від 16.03.2020 № 1487496/41037791, № 1487497/41037791, тому обраний ним спосіб захисту є неналежним.
Стверджує, що рішення про відмову в реєстрації податкових накладних прийняті в межах повноважень і у спосіб, передбачений Податковим кодексом України та підзаконними актами, позаяк позивач не надав повний комплект первинних документів.
Відповідач просить у задоволенні позову відмовити повністю.
Суд, дослідивши матеріали справи, встановив такі обставини.
ТОВ «АГРО ГАЗ ТРЕЙДІНГ» зареєстроване як юридична особа, з 01.03.2017 є платником податку на додану вартість.
У межах своєї господарської діяльності позивач здійснював операції з переробки природного газу (давальницької сировини) на аміак і карбамід на підставі договору з АТ «Одеський припортовий завод» та постачання готової продукції покупцеві – ТОВ «АМІАК СЕРВІС». 
Ці обставини підтверджуються наявними в матеріалах справи копіями договорів, додатків до них, актів наданих послуг (робіт) із переробки та актів приймання-передачі продукції.
У лютому 2020 року на виконання договору поставки ТОВ «АМІАК СЕРВІС» перерахувало на рахунок позивача попередню оплату, зокрема: платіжним дорученням від 20.02.2020 на суму 141 300,00 грн (у тому числі ПДВ); платіжним дорученням від 28.02.2020 на суму 290 450,00 грн (у тому числі ПДВ).
У зв`язку з отриманням попередньої оплати позивач, як платник ПДВ, склав податкові накладні: № 44 від 20.02.2020 року; № 58 від 28.02.2020 року, та подав їх для реєстрації до ЄРПН у строки, визначені Податковим кодексом України.
03.03.2020 та 04.03.2020 позивач отримав квитанції про зупинення реєстрації зазначених податкових накладних на підставі пункту 201.16 статті 201 Податкового кодексу України. 
У квитанціях, зокрема, було зазначено, що: податкові накладні відповідають критерію ризиковості здійснення операцій, визначеному пунктом 1 додатка 3 до Порядку, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 11.12.2019 № 1165; платнику запропоновано надати пояснення та копії документів для розгляду питання про реєстрацію/відмову в реєстрації податкових накладних.
12.03.2020 позивач подав до Головного управління ДПС у м. Києві повідомлення про подання пояснень і копій документів щодо податкових накладних, реєстрацію яких зупинено.
До пояснень були додані, зокрема: копії договорів (договір на переробку давальницької сировини з АТ «ОПЗ», договір поставки із ТОВ «АМІАК СЕРВІС»); акти виконаних робіт із переробки, акти приймання-передачі природного газу й готової продукції; видаткові накладні, товарно-транспортні накладні; платіжні доручення та інші банківські документи; документи, що підтверджують повноваження посадових осіб позивача.
16.03.2020 Комісія ГУ ДПС у м. Києві з питань зупинення реєстрації податкових накладних/розрахунків коригування прийняла рішення: № 1487496/41037791 – про відмову в реєстрації податкової накладної № 44 від 20.02.2020 року; № 1487497/41037791 – про відмову в реєстрації податкової накладної № 58 від 28.02.2020 року.
У цих рішеннях як підставу відмови зазначено «ненадання платником податку копій первинних документів щодо постачання/придбання товарів/послуг, зберігання і транспортування, навантаження, розвантаження продукції, складських документів (інвентаризаційні описи), у тому числі рахунки-фактури/інвойси, акти приймання-передачі товарів (робіт, послуг), накладні тощо».
Позивач скористався правом на адміністративне оскарження й подав скарги до ДПС України.
20.03.2020 Комісія ДПС України з питань зупинення реєстрації податкових накладних/розрахунків коригування за результатами розгляду скарг позивача ухвалила рішення: № 10035/41037791/2 – яким скаргу на рішення № 1487496/41037791 залишено без задоволення, а рішення комісії регіонального рівня – без змін; № 10036/41037791/2 – яким скаргу на рішення № 1487497/41037791 залишено без задоволення, а рішення комісії регіонального рівня – без змін.
Саме рішення № 10035/41037791/2 та № 10036/41037791/2 позивач просить визнати протиправними та скасувати, а також зобов`язати ДПС України зареєструвати податкові накладні № 44 та № 58.
Інших доказів, які б спростовували наведені вище обставини, у матеріалах справи немає.
Надаючи оцінку спірним правовідносинам у справі, суд вказує на таке. 
Згідно із ч. 2 ст. 2 Конституції України, органи державної влади та органи місцевого самоврядування, їх посадові особи зобов`язані діяти лише на підставі, в межах повноважень та у спосіб, що передбачені Конституцією та законами України.
Відповідно до ч. 2 ст. 2 КАС України, у справах щодо оскарження рішень, дій чи бездіяльності суб`єктів владних повноважень адміністративні суди перевіряють, чи прийняті (вчинені) вони: 1) на підставі, у межах повноважень та у спосіб, що визначені Конституцією та законами України; 2) з використанням повноваження з метою, з якою це повноваження надано; 3) обґрунтовано, тобто з урахуванням усіх обставин, що мають значення для прийняття рішення (вчинення дії); 4) безсторонньо (неупереджено); 5) добросовісно; 6) розсудливо; 7) з дотриманням принципу рівності перед законом, запобігаючи всім формам дискримінації; 8) пропорційно, зокрема з дотриманням необхідного балансу між будь-якими несприятливими наслідками для прав, свобод та інтересів особи і цілями, на досягнення яких спрямоване це рішення (дія); 9) з урахуванням права особи на участь у процесі прийняття рішення; 10) своєчасно, тобто протягом розумного строку.
Також суд звертає увагу на те, що адміністративний суд перевіряє рішення, дії чи бездіяльність суб`єктів владних повноважень ретроспективно, тобто зважаючи на ті обставини, які існували у минулому на момент прийняття оспорюваного рішення, вчинення дії чи бездіяльності.
Отже, суд, оцінюючи оспорювані рішення, дію чи бездіяльність виходить лише з тих мотивів, якими керувався суб`єкт владних повноважень при їх прийнятті чи вчиненні.
Такий підхід неодноразово підтверджений у практиці Верховного Суду (зокрема, у постанові від 29.01.2020 у справі № 814/1460/16).
Так, відповідно до пункту 201.1 статті 201 Податкового кодексу України (тут і далі – ПК України у редакції, чинній на дату виникнення спірних правовідносин), на дату виникнення податкових зобов`язань платник податку зобов`язаний скласти податкову накладну в електронній формі з дотриманням умови щодо реєстрації у порядку, визначеному законодавством, кваліфікованого електронного підпису уповноваженої платником особи та зареєструвати її в Єдиному реєстрі податкових накладних у встановлений цим Кодексом термін.
У податковій накладній зазначаються в окремих рядках такі обов`язкові реквізити: а) порядковий номер податкової накладної; б) дата складання податкової накладної; в) повна або скорочена назва, зазначена у статутних документах юридичної особи або прізвище, ім`я та по батькові фізичної особи, зареєстрованої як платник податку на додану вартість, - продавця товарів/послуг; г) податковий номер платника податку (продавця та покупця). У разі постачання/придбання філією (структурним підрозділом) товарів/послуг, яка фактично є від імені головного підприємства - платника податку стороною договору, у податковій накладній, крім податкового номера платника податку додатково зазначається числовий номер такої філії (структурного підрозділу); д) повна або скорочена назва, зазначена у статутних документах юридичної особи або прізвище, ім`я та по батькові фізичної особи, зареєстрованої як платник податку на додану вартість, - покупця (отримувача) товарів/послуг; е) опис (номенклатура) товарів/послуг та їх кількість, обсяг; є) ціна постачання без урахування податку; ж) ставка податку та відповідна сума податку в цифровому значенні; з) загальна сума коштів, що підлягають сплаті з урахуванням податку; і) код товару згідно з УКТ ЗЕД, для послуг - код послуги згідно з Державним класифікатором продукції та послуг; платники податків, крім випадків постачання підакцизних товарів та товарів, ввезених на митну територію України, мають право зазначати код товару згідно з УКТ ЗЕД або код послуги згідно з Державним класифікатором продукції та послуг неповністю, але не менше ніж чотири перших цифри відповідного коду.
Пункт 201.10 статті 201 ПК України встановлює, що при здійсненні операцій з постачання товарів/послуг платник податку - продавець товарів/послуг зобов`язаний в установлені терміни скласти податкову накладну, зареєструвати її в Єдиному реєстрі податкових накладних та надати покупцю за його вимогою.
Податкова накладна, складена та зареєстрована в Єдиному реєстрі податкових накладних платником податку, який здійснює операції з постачання товарів/послуг, є для покупця таких товарів/послуг підставою для нарахування сум податку, що відносяться до податкового кредиту.
Податкова накладна та/або розрахунок коригування до неї, складені та зареєстровані після 1 липня 2017 року в Єдиному реєстрі податкових накладних платником податку, який здійснює операції з постачання товарів/послуг, є для покупця таких товарів/послуг достатньою підставою для нарахування сум податку, що відносяться до податкового кредиту, та не потребує будь-якого іншого додаткового підтвердження.
Податкові накладні, які не надаються покупцю, а також податкові накладні, складені за операціями з постачання товарів/послуг, які звільнені від оподаткування, підлягають реєстрації в Єдиному реєстрі податкових накладних.
Підтвердженням продавцю про прийняття його податкової накладної та/або розрахунку коригування до Єдиного реєстру податкових накладних є квитанція в електронному вигляді у текстовому форматі, яка надсилається протягом операційного дня.
З метою отримання податкової накладної/розрахунку коригування, зареєстрованих в Єдиному реєстрі податкових накладних, покупець надсилає в електронному вигляді запит до Єдиного реєстру податкових накладних, за яким отримує в електронному вигляді повідомлення про реєстрацію податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних та податкову накладну/розрахунок коригування в електронному вигляді. Такі податкова накладна/розрахунок коригування вважаються зареєстрованими в Єдиному реєстрі податкових накладних та отриманими покупцем.
Покупцю товарів/послуг податкова накладна/розрахунок коригування можуть бути надані продавцем таких товарів/послуг в електронній формі з дотриманням вимог законів України "Про електронні документи та електронний документообіг" та "Про електронні довірчі послуги".
З метою отримання продавцем зареєстрованого в Єдиному реєстрі податкових накладних розрахунку коригування, що підлягає реєстрації в Єдиному реєстрі податкових накладних покупцем, такий продавець надсилає в електронному вигляді запит до Єдиного реєстру податкових накладних, за яким отримує в електронному вигляді повідомлення про реєстрацію розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних та розрахунок коригування в електронному вигляді. Такий розрахунок коригування вважається зареєстрованим в Єдиному реєстрі податкових накладних та отриманими продавцем.
Датою та часом надання податкової накладної та/або розрахунку коригування в електронному вигляді до центрального органу виконавчої влади, що реалізує державну податкову і митну політику, є дата та час, зафіксовані у квитанції.
Якщо надіслані податкові накладні/розрахунки коригування сформовано з порушенням вимог, передбачених пунктом 201.1 цієї статті та/або пунктом 192.1 статті 192 цього Кодексу, а також у разі зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування відповідно до пункту 201.16 цієї статті, протягом операційного дня продавцю/покупцю надсилається квитанція в електронному вигляді у текстовому форматі про неприйняття їх в електронному вигляді або зупинення їх реєстрації із зазначенням причин.
Помилки в реквізитах, визначених пунктом 201.1 цієї статті (крім коду товару згідно з УКТ ЗЕД), які не заважають ідентифікувати здійснену операцію, її зміст (товар/послугу, що постачаються), період, сторони та суму податкових зобов`язань, не можуть бути причиною неприйняття податкових накладних у електронному вигляді.
Квитанція про зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування надсилається одночасно продавцю та покупцю платнику податку.
Якщо протягом операційного дня не надіслано квитанції про прийняття або неприйняття, або зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування, така податкова накладна вважається зареєстрованою в Єдиному реєстрі податкових накладних.
Реєстрація податкових накладних та/або розрахунків коригування до податкових накладних у Єдиному реєстрі податкових накладних повинна здійснюватися з урахуванням граничних строків: для податкових накладних/розрахунків коригування до податкових накладних, складених з 1 по 15 календарний день (включно) календарного місяця, - до останнього дня (включно) календарного місяця, в якому вони складені; для податкових накладних/розрахунків коригування до податкових накладних, складених з 16 по останній календарний день (включно) календарного місяця, - до 15 календарного дня (включно) календарного місяця, наступного за місяцем, в якому вони складені; для розрахунків коригування, складених постачальником товарів/послуг до податкової накладної, що складена на отримувача - платника податку, в яких передбачається зменшення суми компенсації вартості товарів/послуг їх постачальнику, - протягом 15 календарних днів з дня отримання такого розрахунку коригування до податкової накладної отримувачем (покупцем).
У разі порушення таких строків застосовуються штрафні санкції згідно з цим Кодексом.
Платник податку має право зареєструвати в Єдиному реєстрі податкових накладних податкову накладну та/або розрахунок коригування, складені починаючи з 1 липня 2015 року, в яких загальна сума податку не перевищує суму, обчислену відповідно до пункту 200-1.3 статті 200-1 цього Кодексу.
Якщо сума, визначена відповідно до пункту 200-1.3 статті 200-1 цього Кодексу, є меншою, ніж сума податку в податковій накладній та/або розрахунок коригування, які платник повинен зареєструвати в Єдиному реєстрі податкових накладних, то платник зобов`язаний перерахувати потрібну суму коштів із свого поточного рахунку на свій рахунок в системі електронного адміністрування податку на додану вартість.
Порядок ведення Єдиного реєстру податкових накладних встановлюється Кабінетом Міністрів України. Покупець має право звіряти дані отриманої податкової накладної на відповідність із даними Єдиного реєстру податкових накладних.
Відсутність факту реєстрації платником податку - продавцем товарів/послуг податкових накладних в Єдиному реєстрі податкових накладних не дає права покупцю на включення сум податку на додану вартість до податкового кредиту та не звільняє продавця від обов`язку включення суми податку на додану вартість, вказаної в податковій накладній, до суми податкових зобов`язань за відповідний звітний період.
Виявлення розбіжностей даних податкової декларації та даних Єдиного реєстру податкових накладних є підставою для проведення контролюючими органами документальної позапланової виїзної перевірки продавця та у відповідних випадках покупця товарів/послуг.
У разі допущення продавцем товарів/послуг помилок при зазначенні обов`язкових реквізитів податкової накладної, передбачених пунктом 201.1 статті 201 цього Кодексу, та/або порушення продавцем/покупцем граничних термінів реєстрації в Єдиному реєстрі податкових накладних (крім податкових накладних/розрахунків коригування, реєстрація яких зупинена згідно з пунктом 201.16 цієї статті) податкової накладної та/або розрахунку коригування покупець/продавець таких товарів/послуг має право додати до податкової декларації за звітний податковий період заяву із скаргою на такого продавця/покупця. Таке право зберігається за ним протягом 365 календарних днів, що настають за граничним терміном подання податкової декларації за звітний (податковий) період, у якому не надано податкову накладну або допущено помилки при зазначенні обов`язкових реквізитів податкової накладної та/або порушено граничні терміни реєстрації в Єдиному реєстрі податкових накладних. До заяви додаються копії товарних чеків або інших розрахункових документів, що засвідчують факт сплати податку у зв`язку з придбанням таких товарів/послуг, або копії первинних документів, складених відповідно до Закону України "Про бухгалтерський облік та фінансову звітність в Україні", що підтверджують факт отримання таких товарів/послуг.
Протягом 90 календарних днів з дня надходження такої заяви із скаргою з урахуванням вимог, встановлених підпунктом 78.1.9 пункту 78.1 статті 78 цього Кодексу, контролюючий орган зобов`язаний провести документальну перевірку зазначеного продавця для з`ясування достовірності та повноти нарахування ним зобов`язань з податку за такою операцією.
Податкова накладна, що містить помилки в реквізитах, визначених пунктом 201.1 цієї статті (крім коду товару згідно з УКТ ЗЕД), які не заважають ідентифікувати здійснену операцію, її зміст (товар/послугу, що постачаються), період, сторони та суму податкових зобов`язань, є підставою для віднесення покупцем сум податку до податкового кредиту.
Згідно з пунктом 201.16 статті 201 ПК України, реєстрація податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних може бути зупинена в порядку та на підставах, визначених Кабінетом Міністрів України.
Порядок ведення Єдиного реєстру податкових накладних затверджений постановою Кабінету Міністрів України від 29.12.2010 № 1246 (далі – Порядок № 1246 у редакції, чинній на дату виникнення спірних правовідносин). 
Відповідно до пункту 19 Порядку № 1246, податкова накладна та/або розрахунок коригування, реєстрацію яких зупинено, реєструється у день настання однієї з таких подій: прийняття в установленому порядку та набрання чинності рішенням про реєстрацію податкової накладної та/або розрахунку коригування; набрання рішенням суду законної сили про реєстрацію податкової накладної та/або розрахунку коригування (у разі надходження до ДФС відповідного рішення); неприйняття та/або відсутність реєстрації в установленому порядку рішення про реєстрацію або відмову в реєстрації податкової накладної та/або розрахунку коригування.
Згідно із п. 20 Порядку № 1246, у разі надходження до ДФС рішення суду про реєстрацію або скасування реєстрації податкових накладних та/або розрахунків коригування, яке набрало законної сили, такі податкові накладні та/або розрахунки коригування реєструються після проведення перевірок, визначених пунктом 12 цього Порядку (крім абзацу десятого), або їх реєстрація скасовується. При цьому датою реєстрації або скасування реєстрації вважається день, зазначений в такому рішенні, або день набрання законної сили рішенням суду.
Механізм зупинення реєстрації податкових накладних/розрахунків коригування та діяльності відповідних комісій контролюючих органів визначено Порядком зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних, затвердженим постановою Кабінету Міністрів України від 11.12.2019 № 1165 (далі – Порядок № 1165 у редакції, чинній на дату виникнення спірних правовідносин). 
Згідно з пунктами 3–6 Порядку № 1165, податкові накладні/розрахунки коригування (крім розрахунків коригування, складених у разі зменшення суми компенсації вартості товарів/послуг їх постачальнику, та розрахунків коригування, складених на неплатника податку), що подаються для реєстрації в Реєстрі, перевіряються щодо відповідності таким ознакам безумовної реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування (далі - ознаки безумовної реєстрації): 1) податкова накладна, яка не підлягає наданню отримувачу (покупцю) та/або складена за операцією, звільненою від оподаткування; 2) обсяг постачання, зазначений платником податку в податкових накладних/розрахунках коригування (крім розрахунків коригування, поданих для реєстрації в іншому місяці, ніж місяць, в якому вони складені), зареєстрованих у Реєстрі в поточному місяці, з урахуванням поданої для реєстрації в Реєстрі податкової накладної/розрахунку коригування, становить менше 500 тис. гривень за умови, що обсяг постачання товарів/послуг, зазначений у них у поточному місяці за операціями з одним отримувачем - платником податку, не перевищує 50 тис. гривень, сума податку на додану вартість з вироблених в Україні товарів (робіт, послуг), сплачена у попередньому місяці, становить більше 20 тис. гривень, та керівник - посадова особа такого платника податку є особою, яка займає аналогічну посаду не більше ніж у трьох (включно) платників податку; 3) одночасно виконуються такі умови: загальна сума податку на додану вартість з вироблених в Україні товарів (робіт, послуг), сплачена за останні 12 календарних місяців, що передують місяцю, в якому складено податкову накладну/розрахунок коригування, платником податку та його відокремленими підрозділами, якими подано податкову накладну/розрахунок коригування на реєстрацію в Реєстрі, становить більше 1 млн. гривень; значення показника D, розрахованого згідно з цим підпунктом, становить більше 0,05. Показник D розраховується за такою формулою: D= S/T, де S - загальна сума сплачених за останні 12 календарних місяців, що передують місяцю, в якому складено податкову накладну/розрахунок коригування, сум єдиного внеску на загальнообов`язкове державне соціальне страхування та податків і зборів, контроль за справлянням яких покладено на ДПС, платником податку та його відокремленими підрозділами; T - загальна сума постачання товарів/послуг на митній території України, що оподатковуються за ставками 0, 20 і 7 відсотків, зазначеними платником податку в податкових накладних/розрахунках коригування, зареєстрованих у Реєстрі за останні 12 календарних місяців, що передують місяцю, в якому складено податкову накладну/розрахунок коригування; значення показника P є меншим, ніж значення, розраховане за такою формулою: P = Pм х 1,4, де P - сума податку на додану вартість, зазначена платником податку в податкових накладних/розрахунках коригування, зареєстрованих у Реєстрі у звітному (податковому) періоді, з урахуванням поданої на реєстрацію в Реєстрі податкової накладної/розрахунку коригування; Pм - найбільша місячна сума податку на додану вартість, зазначена у податкових накладних/розрахунках коригування, зареєстрованих платником податку в Реєстрі за останні 12 календарних місяців, що передують місяцю, в якому складено податкову накладну/розрахунок коригування.
Значення показників D та P відображаються в електронному кабінеті платнику податку; 4) у податковій накладній/розрахунку коригування відображена операція з товаром за кодом згідно з УКТЗЕД та/або послугою за кодом згідно з Державним класифікатором продукції та послуг, які зазначені у таблиці даних платника податку, врахованій контролюючим органом.
У разі коли за результатами перевірки податкової накладної/розрахунку коригування визначено, що податкова накладна/розрахунок коригування відповідають одній з ознак безумовної реєстрації, визначених у пункті 3 цього Порядку, реєстрація таких податкової накладної/розрахунку коригування не зупиняється в Реєстрі.
Платник податку, яким складено та/або подано для реєстрації в Реєстрі податкову накладну/розрахунок коригування, що не відповідають жодній з ознак безумовної реєстрації, перевіряється щодо відповідності критеріям ризиковості платника податку (додаток 1), показникам, за якими визначається позитивна податкова історія платника податку (додаток 2).
Податкова накладна/розрахунок коригування, що не відповідають жодній з ознак безумовної реєстрації, перевіряються щодо відповідності відображених у них операцій критеріям ризиковості здійснення операцій (додаток 3).
У разі коли за результатами автоматизованого моніторингу платник податку, яким складено податкову накладну/розрахунок коригування, відповідає хоча б одному критерію ризиковості платника податку, реєстрація таких податкової накладної/розрахунку коригування зупиняється.
Питання відповідності/невідповідності платника податку критеріям ризиковості платника податку розглядається комісією регіонального рівня.
У разі встановлення відповідності платника податку хоча б одному з критеріїв ризиковості платника податку комісією регіонального рівня приймається рішення про відповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку.
Включення платника податку до переліку платників, які відповідають критеріям ризиковості платника податку, здійснюється в день проведення засідання комісії регіонального рівня та прийняття відповідного рішення.
Платник податку отримує рішення про відповідність критеріям ризиковості платника податку через електронний кабінет у день прийняття такого рішення (додаток 4).
У рішенні зазначається підстава, відповідно до якої встановлено відповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку.
Комісією регіонального рівня розглядається питання виключення платника податку з переліку платників, які відповідають критеріям ризиковості платника податку, у разі виявлення обставин та/або отримання інформації, що свідчать про невідповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку та/або отримання інформації та копій відповідних документів від платника податку, що свідчать про невідповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку.
У разі виявлення обставин та/або отримання інформації, визначених абзацом сьомим цього пункту, та прийняття комісією регіонального рівня рішення про невідповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку платник податку отримує таке рішення в електронному кабінеті в день його прийняття (додаток 4).
Інформація та копії документів подаються платником податку до ДПС в електронній формі засобами електронного зв`язку з урахуванням вимог Законів України “Про електронні документи та електронний документообіг”, “Про електронні довірчі послуги” та Порядку обміну електронними документами з контролюючими органами, затвердженого Мінфіном.
Документами, необхідними для розгляду питання виключення платника податку з переліку платників, які відповідають критеріям ризиковості платника податку, можуть бути: договори, зокрема зовнішньоекономічні контракти, з додатками до них; договори, довіреності, акти керівного органу платника податку, якими оформлено повноваження осіб, які одержують продукцію в інтересах платника податку для здійснення операції; первинні документи щодо постачання/придбання товарів/послуг, зберігання і транспортування, навантаження, розвантаження продукції, складські документи (інвентаризаційні описи), у тому числі рахунки-фактури/інвойси, акти приймання-передачі товарів (робіт, послуг) з урахуванням наявних типових форм та галузевої специфіки, накладні; розрахункові документи та/або банківські виписки з особових рахунків; документи щодо підтвердження відповідності продукції (декларації про відповідність, паспорти якості, сертифікати відповідності), наявність яких передбачено договором та/або законодавством; інші документи, що підтверджують невідповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку.
Інформацію та копії документів, подані платником податку, комісія регіонального рівня розглядає протягом семи робочих днів, що настають за датою їх надходження, та приймає відповідне рішення.
За результатами розгляду інформації та копій документів комісією регіонального рівня приймається рішення про відповідність/невідповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку, яке платник податку отримує в електронному кабінеті у день його прийняття (додаток 4).
Виключення платника податку з переліку платників, які відповідають критеріям ризиковості платника податку, здійснюється в день проведення засідання комісії регіонального рівня та прийняття відповідного рішення.
Якщо комісією регіонального рівня протягом семи робочих днів, що настають за датою надходження зазначеної інформації та документів, не прийнято відповідного рішення, платник податку виключається з переліку платників податку, які відповідають критеріям ризиковості платника податку.
У разі надходження до контролюючого органу відповідного рішення суду, яке набрало законної сили, комісія регіонального рівня виключає платника податку з переліку платників податку, які відповідають критеріям ризиковості платника податку.
Комісія регіонального рівня постійно проводить моніторинг щодо відповідності/невідповідності платників податку критеріям ризиковості платника податку.
Пункт 11 Порядку № 1165 передбачає, що у квитанції про зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування зазначаються: 1) номер та дата складення податкової накладної/розрахунку коригування; 2) критерій (критерії) ризиковості платника податку та/або ризиковості здійснення операцій, на підставі якого (яких) зупинено реєстрацію податкової накладної/розрахунку коригування в Реєстрі, з розрахованим показником за кожним критерієм, якому відповідає платник податку; 3) пропозиція щодо надання платником податку пояснень та копій документів, необхідних для розгляду питання прийняття контролюючим органом рішення про реєстрацію податкової накладної/розрахунку коригування в Реєстрі або відмову в такій реєстрації.
Порядок прийняття рішень про реєстрацію/відмову в реєстрації податкових накладних/розрахунків коригування затверджено наказом Міністерства фінансів України від 12.12.2019 № 520 (далі – Порядок № 520 у редакції, чинній станом на дату виникнення спірних правовідносин).
Пункт 5 Порядку № 520 визначає, що перелік документів, необхідних для розгляду питання прийняття комісією регіонального рівня рішення про реєстрацію / відмову в реєстрації податкової накладної / розрахунку коригування в Реєстрі, реєстрацію яких зупинено в Реєстрі, може включати: договори, зокрема зовнішньоекономічні контракти, з додатками до них; договори, довіреності, акти керівного органу платника податку, якими оформлено повноваження осіб, які одержують продукцію в інтересах платника податку для здійснення операції; первинні документи щодо постачання/придбання товарів/послуг, зберігання і транспортування, навантаження, розвантаження продукції, складські документи (інвентаризаційні описи), у тому числі рахунки-фактури/інвойси, акти приймання-передачі товарів (робіт, послуг) з урахуванням наявності певних типових форм і галузевої специфіки, накладні; розрахункові документи та/або банківські виписки з особових рахунків; документи щодо підтвердження відповідності продукції (декларації про відповідність, паспорти якості, сертифікати відповідності), наявність яких передбачено договором та/або законодавством.
Пункт 11 Порядку № 520 передбачає, що комісія регіонального рівня приймає рішення про відмову в реєстрації податкової накладної/ розрахунку коригування в Реєстрі в разі: ненадання платником податку письмових пояснень стосовно підтвердження інформації, зазначеної у податковій накладній / розрахунку коригування, реєстрацію яких зупинено в Реєстрі; та/або ненадання платником податку копій документів відповідно до пункту 5 цього Порядку; та/або надання платником податку копій документів, складених/оформлених із порушенням законодавства
Відповідно до частини другої статті 77 КАС України, в адміністративних справах про протиправність рішень, дій чи бездіяльності суб`єкта владних повноважень обов`язок щодо доказування правомірності свого рішення, дії чи бездіяльності покладається на відповідача.
Згідно із ч. 1 ст. 90 КАС України, суд оцінює докази, які є у справі, за своїм внутрішнім переконанням, що ґрунтується на їх безпосередньому, всебічному, повному та об`єктивному дослідженні.
Верховний Суд у низці постанов, зокрема, у справах щодо зупинення реєстрації податкових накладних і відмови в їх реєстрації, сформулював такі правові висновки: рішення податкового органу про відмову в реєстрації податкової накладної має бути належним чином мотивованим, містити чітку вказівку, які саме документи не надані платником або чому надані документи є недостатніми чи неналежними; загальні шаблонні формулювання на кшталт «ненадання копій первинних документів» без конкретизації, які саме документи відсутні, не відповідають вимогам законності та обґрунтованості; неконкретизовані вимоги у квитанції про зупинення реєстрації податкової накладної ставлять платника податків у стан правової невизначеності та створюють передумови для негативної дискреції з боку контролюючого органу.
Такі правові висновки, зокрема, викладені у постанові Верховного Суду від 10.04.2020 у справі № 819/330/18, у постановах від 03.11.2021 у справі № 360/2460/20, від 05.01.2021 у справі № 640/11321/20, а також підтверджені в постанові від 18.04.2024 у справі № 160/18840/22 та постанові від 12.02.2025 у справі № 160/34198/23.
У цих постановах Верховний Суд наголосив, що моніторинг відповідності податкових накладних критеріям ризиковості є превентивним інструментом, покликаним запобігати фіктивному податковому кредиту, але не може підміняти собою повноцінні податкові перевірки. Тому рішення за результатами такого моніторингу мають бути чітко мотивованими та відповідати принципам, визначеним статтею 2 КАС України.
Так, право платника на адміністративне оскарження рішень контролюючих органів передбачено статтею 56 ПК України.
У постановах Верховного Суду від 29.01.2019 у справі № 826/10853/17, від 28.05.2019 у справі № 826/8529/17, від 11.06.2019 у справі № 826/24656/15, а також у постанові Верховного Суду України від 16.09.2015 у справі № 21-1465а15 сформульовано висновок, що: рішення контролюючого органу, прийняте за результатами розгляду скарги на податкове повідомлення-рішення, саме по собі не створює нових прав і обов`язків для платника податків, а лише підтверджує чи змінює первісне рішення; формальне скасування такого рішення за результатами скарги без вирішення питання про первісний акт (податкове повідомлення-рішення) не призводить до відновлення порушених прав платника та не може вважатися ефективним способом судового захисту.
Зазначені вище висновки стосуються насамперед спорів щодо податкових повідомлень-рішень та грошових зобов`язань, проте мають загальний характер щодо природи рішень за результатами адміністративного оскарження.
У справі № 21-1465а15 Верховний Суд України також наголосив, що суд має обирати такий спосіб захисту, який реально відновлює порушене право та унеможливлює необхідність повторного звернення до суду з того самого питання. 
Цей підхід Верховний Суд повторно застосовує в новітній практиці у спорах щодо реєстрації податкових накладних.
У даній справі оскаржуються саме рішення ДПС України № 10035/41037791/2, № 10036/41037791/2, які прийняті за результатами розгляду скарг позивача на рішення комісії регіонального рівня ГУ ДПС у м. Києві. 
Ці рішення завершують процедуру адміністративного оскарження та фактично підтверджують відмову в реєстрації податкових накладних. 
Отже, саме вони визначають остаточне правове становище позивача у відносинах щодо реєстрації накладних № 44 і № 58 та є належним предметом судового контролю.
У цьому контексті наведені вище висновки Верховного Суду у справах № 826/10853/17, № 826/8529/17, № 826/24656/15 суд сприймає не як заборону оскаржувати рішення за результатами скарги, а як вказівку на те, що саме по собі скасування такого рішення без належного способу відновлення порушеного права є формальним та неефективним.
Саме тому платник податків у даній справі, крім вимог про скасування рішень ДПС України, заявив також похідні вимоги про зобов`язання зареєструвати податкові накладні.
Згідно з пунктом 2 частини першої статті 5 КАС України, кожна особа має право в порядку, встановленому цим Кодексом, звернутися до адміністративного суду, якщо вважає, що рішенням, дією чи бездіяльністю суб`єкта владних повноважень порушені її права, свободи або законні інтереси, і просити про їх захист шляхом визнання протиправним та скасування індивідуального акта чи окремих його положень. 
Частина друга статті 5 КАС України передбачає, що захист порушених прав, свобод чи інтересів особи, яка звернулася до суду, може здійснюватися судом також в інший спосіб, який не суперечить закону і забезпечує ефективний захист прав, свобод, інтересів людини і громадянина, інших суб`єктів у сфері публічно-правових відносин від порушень з боку суб`єктів владних повноважень.
Частина 2 ст. 245 КАС України передбачає, що, у разі задоволення позову суд може прийняти рішення про: 1) визнання протиправним та нечинним нормативно-правового акта чи окремих його положень; 2) визнання протиправним та скасування індивідуального акта чи окремих його положень; 3) визнання дій суб`єкта владних повноважень протиправними та зобов`язання утриматися від вчинення певних дій; 4) визнання бездіяльності суб`єкта владних повноважень протиправною та зобов`язання вчинити певні дії; 5) встановлення наявності чи відсутності компетенції (повноважень) суб`єкта владних повноважень; 6) прийняття судом одного з рішень, зазначених у пунктах 1-4 цієї частини, та стягнення з відповідача - суб`єкта владних повноважень коштів на відшкодування шкоди, заподіяної його протиправними рішеннями, дією або бездіяльністю; 7) тимчасову заборону (зупинення) окремих видів або всієї діяльності об`єднання громадян; 8) примусовий розпуск (ліквідацію) об`єднання громадян; 8-1) заборону політичної партії та передачу майна, коштів та інших активів політичної партії, її обласних, міських, районних організацій, первинних осередків та інших структурних утворень у власність держави; 8-2) припинення релігійної організації, передбаченої статтею 289-9 цього Кодексу, та передачу майна, коштів та інших активів, що перебувають в її власності, крім культового, у власність держави; 10) інший спосіб захисту прав, свобод, інтересів людини і громадянина, інших суб`єктів у сфері публічно-правових відносин від порушень з боку суб`єктів владних повноважень, який не суперечить закону і забезпечує ефективний захист таких прав, свобод та інтересів; 11) затримання іноземця або особи без громадянства з метою ідентифікації та (або) забезпечення примусового видворення за межі території України або про продовження строку такого затримання; 12) затримання іноземця або особи без громадянства до вирішення питання про визнання її біженцем або особою, яка потребує додаткового захисту в Україні, або особою без громадянства; 13) затримання іноземця або особи без громадянства з метою забезпечення її передачі відповідно до міжнародних договорів України про реадмісію; 14) звільнення іноземця або особи без громадянства на поруки підприємства, установи чи організації; 15) зобов`язання іноземця або особи без громадянства внести заставу.
З урахуванням положень пунктів 19, 20 Порядку № 1246 судове рішення про реєстрацію податкової накладної є самостійною підставою для внесення відповідних відомостей до ЄРПН.
Верховний Суд у своїх постановах, зокрема, від 16.09.2015 у справі № 21-1465а15, від 10.04.2020 у справі № 819/330/18, від 18.04.2024 у справі № 160/18840/22, від 12.02.2025 у справі № 160/34198/23 визнав, що: зобов`язання контролюючого органу зареєструвати податкову накладну є належним та ефективним способом судового захисту; таке зобов`язання не є втручанням у дискреційні повноваження органу, якщо суд уже встановив відсутність законних підстав для відмови в реєстрації; повторне направлення платника до контролюючого органу з метою повторного розгляду питання реєстрації податкової накладної суперечить принципу ефективного судового захисту та може призвести до затягування відновлення порушеного права.
Виходячи з наведеного вище, суд у цій справі має перевірити як правомірність оспорюваних рішень ДПС України, так і обґрунтованість похідних вимог про реєстрацію податкових накладних.
Так, квитанції про зупинення реєстрації податкових накладних № 44 та № 58 містили посилання на критерій ризиковості здійснення операцій, визначений пунктом 1 додатка 3 до Порядку № 1165, та загальну пропозицію надати пояснення і копії документів.
Водночас, у цих квитанціях не було визначено конкретного переліку документів, які контролюючий орган вважає необхідними для прийняття рішення щодо реєстрації податкових накладних, з урахуванням характеру операцій (переробка давальницької сировини, постачання готової продукції).
Позивач, реагуючи на квитанції, подав до ГУ ДПС у м. Києві пояснення та пакет первинних документів, який, за своєю суттю, охоплює всі ключові елементи господарських операцій: наявність договорів, факти поставки, переробки, руху товару, здійснення розрахунків тощо.
У рішеннях комісії регіонального рівня від 16.03.2020 № 1487496/41037791, № 1487497/41037791 як підставу відмови в реєстрації зазначено «ненадання копій первинних документів…», проте: не конкретизовано, які саме документи не надані; не наведено аналізу тих документів, що були фактично подані; не вказано, чому подані документи є недостатніми або складеними з порушенням законодавства.
Факт подання позивачем зазначених документів контролюючий орган не заперечує.
Отже, рішення комісії регіонального рівня мають шаблонний характер, не містять достатньої мотивації та не відповідають вимогам Порядку № 1165, Порядку № 520 та принципам, визначеним частиною другою статті 2 КАС України.
Суд звертає увагу, що у цій справі предметом спору є не встановлення матеріально-правових наслідків у вигляді донарахування податкових зобов`язань, а правомірність саме процедурної відмови у реєстрації податкових накладних. 
Оцінюючи рішення контролюючого органу, суд виходить із того, чи були вони належно мотивовані, чи забезпечували платникові можливість зрозуміти зміст висунутих до нього вимог і виконати їх.
Відповідач у відзиві не навів конкретних аргументів щодо того, які саме документи були відсутні та чому подані позивачем документи не дозволяли встановити реальність господарських операцій. 
Обмежившись загальним посиланням на «ненадання повного комплекту документів», відповідач не виконав покладений на нього частиною другою статті 77 КАС України обов`язок доведення правомірності прийнятих рішень.
Із приводу рішень ДПС України № 10035/41037791/2 та № 10036/41037791/2, то суд вказує на таке. 
Рішення ДПС України № 10035/41037791/2 та № 10036/41037791/2 від 20.03.2020 прийняті за результатами розгляду скарг позивача на рішення регіональної комісії й містять висновок про відсутність підстав для їх скасування.
За змістом ці рішення: не усувають виявлених порушень процедурних вимог щодо мотивації рішень регіональної комісії; повторюють загальне посилання на «ненадання документів» без аналізу наданих платником доказів; не містять самостійного аналізу документів та аргументації, чому вони є недостатніми або неналежними.
Отже, оскільки регіональні рішення про відмову в реєстрації податкових накладних були прийняті з порушенням вимог Порядку № 1165, Порядку № 520 та принципів, закріплених у статті 2 КАС України, відповідні рішення ДПС України, які залишили ці акти без змін, також є протиправними.
Разом з тим, суд враховує, що позивач не заявляв окремої позовної вимоги про визнання протиправними та скасування рішень комісії регіонального рівня ГУ ДПС у м. Києві від 16.03.2020 року. 
Водночас, надання оцінки законності цих рішень у мотивувальній частині рішення суду не означає їх формального скасування, однак є необхідним для оцінки правомірності оспорюваних рішень ДПС України та вибору належного способу судового захисту.
Враховуючи, що рішення ДПС України № 10035/41037791/2, № 10036/41037791/2 від 20.03.2020: підтверджують неправомірну відмову в реєстрації податкових накладних; не відповідають вимогам обґрунтованості, добросовісності та правової визначеності; суд доходить висновку, що вони підлягають визнанню протиправними та скасуванню.
При цьому, суд враховує висновки Верховного Суду у справах № 826/10853/17, № 826/8529/17, № 826/24656/15, у яких зазначено, що саме по собі скасування рішення за результатами розгляду скарги без вирішення питання про відновлення порушеного права платника податків є неналежним способом захисту. 
У той же час, на відміну від наведених справ, у цьому спорі позивач одночасно заявив похідні вимоги про реєстрацію податкових накладних, що узгоджується із загальною правовою позицією Верховного Суду України у справі № 21-1465а15 щодо необхідності забезпечення ефективного та остаточного судового захисту.
Щодо зобов`язання ДПС України зареєструвати податкові накладні № 44 та № 58, то суд зазначає про таке. 
Встановивши протиправність оспорюваних рішень ДПС України, суд має визначити спосіб захисту, який забезпечить реальне відновлення порушеного права позивача.
Як вже зазначалося, пункт 19 Порядку № 1246 прямо передбачає можливість реєстрації податкової накладної, реєстрацію якої було зупинено, на підставі рішення суду про її реєстрацію.
Згідно з усталеною практикою Верховного Суду, у справах щодо відмови в реєстрації податкових накладних належним способом захисту є зобов`язання контролюючого органу зареєструвати відповідні податкові накладні в ЄРПН датою їх подання. 
Такий спосіб захисту: прямо передбачений підзаконним актом (Порядком № 1246); не суперечить нормам Податкового кодексу України; забезпечує повне відновлення порушеного права позивача як платника ПДВ; відповідає принципу ефективного судового захисту, сформульованому Верховним Судом України у справі № 21-1465а15.
Доводи відповідача про те, що реєстрація податкових накладних є дискреційним повноваженням ДПС, суд відхиляє. 
Дискреційні повноваження органу означають можливість вибору між кількома законними варіантами поведінки. 
У випадку, коли суд встановив відсутність законних підстав для відмови в реєстрації податкових накладних, у контролюючого органу не залишається законних альтернатив окрім їх реєстрації. 
Отже, зобов`язання зареєструвати податкові накладні не є втручанням у дискрецію, а є необхідним елементом реалізації судового рішення.
Також суд враховує, що повернення спору на стадію повторного адміністративного розгляду за умов уже встановленої судом незаконності відмови в реєстрації суперечило б принципу правової визначеності та ефективного судового захисту й могло б призвести до надмірного затягування відновлення порушеного права.
Враховуючи встановлені обставини справи та правові позиції Верховного Суду, суд приходить до висновку, що вимоги позивача про зобов`язання ДПС України зареєструвати податкові накладні № 44 від 20.02.2020 та № 58 від 28.02.2020 датою їх фактичного подання на реєстрацію підлягають задоволенню.
Інші аргументи сторін не спростовують висновків суду за результатами розгляду справи, які зазначені вище. 
Щодо інших доводів сторін, суд також зазначає, що у рішення ЄСПЛ по справі «Ґарсія Руіз проти Іспанії», заява № 30544/96, п. 26, ECHR 1999-1, Суд зазначив, що хоча пункт 1 статті 6 Конвенції зобов`язує суди обґрунтовувати свої рішення, це не може розумітись як вимога детально відповідати на кожен довід.
Згідно п. 41 висновку № 11 (2008) Консультативної ради європейських суддів до уваги Комітету Міністрів Ради Європи щодо якості судових рішень обов`язок суддів наводити підстави для своїх рішень не означає необхідності відповідати на кожен аргумент захисту на підтримку кожної підстави захисту. Обсяг цього обов`язку може змінюватися залежно від характеру рішення. Згідно з практикою Європейського суду з прав людини очікуваний обсяг обґрунтування залежить від різних доводів, що їх може наводити кожна зі сторін.
З огляду на викладене вище, суд приходить до висновку, що адміністративний позов ТОВ «АГРО ГАЗ ТРЕЙДІНГ» підлягає задоволенню повністю.
Оспорювані рішення ДПС України № 10035/41037791/2, № 10036/41037791/2 від 20.03.2020 є протиправними та підлягають скасуванню.
ДПС України має бути зобов`язана зареєструвати податкові накладні № 44 від 20.02.2020 та № 58 від 28.02.2020 в ЄРПН датою їх фактичного подання на реєстрацію.
Відповідно до частини першої статті 139 КАС України, при задоволенні позову сторони, яка не є суб`єктом владних повноважень, всі судові витрати, які підлягають відшкодуванню або оплаті відповідно до положень цього Кодексу, стягуються за рахунок бюджетних асигнувань суб`єкта владних повноважень, що виступав відповідачем у справі, або якщо відповідачем у справі виступала його посадова чи службова особа.
Із матеріалів справи вбачається, що позивач сплатив судовий збір у розмірі 8 408,00 грн за подання позовної заяви. 
Отже, зазначена вище сума підлягає стягненню на користь позивача за рахунок бюджетних асигнувань ДПС України.
Керуючись статтями 2, 3, 5, 7, 9, 72–77, 90, 139, 241–246, 255, 262 КАС України, суд

ВИРІШИВ:

адміністративний позов Товариства з обмеженою відповідальністю «АГРО ГАЗ ТРЕЙДІНГ» – задовольнити повністю.
Визнати протиправним та скасувати рішення Комісії Державної податкової служби України з питань розгляду скарг за результатами розгляду скарги щодо рішення про відмову у реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних № 10036/41037791/2 від 20 березня 2020 року.
Визнати протиправним та скасувати рішення Комісії Державної податкової служби України з питань розгляду скарг за результатами розгляду скарги щодо рішення про відмову у реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних № 10035/41037791/2 від 20 березня 2020 року.
Зобов`язати Державну податкову службу України зареєструвати в Єдиному реєстрі податкових накладних податкову накладну Товариства з обмеженою відповідальністю «АГРО ГАЗ ТРЕЙДІНГ» № 44 від 20 лютого 2020 року датою її фактичного подання на реєстрацію.
Зобов`язати Державну податкову службу України зареєструвати в Єдиному реєстрі податкових накладних податкову накладну Товариства з обмеженою відповідальністю «АГРО ГАЗ ТРЕЙДІНГ» № 58 від 28 лютого 2020 року датою її фактичного подання на реєстрацію.
Стягнути за рахунок бюджетних асигнувань Державної податкової служби України на користь Товариства з обмеженою відповідальністю «АГРО ГАЗ ТРЕЙДІНГ» судовий збір у розмірі 8 408 (вісім тисяч чотириста вісім) грн 00 копійок.
Рішення суду набирає законної сили після закінчення строку подання апеляційної скарги всіма учасниками справи, якщо апеляційну скаргу не було подано. У разі подання апеляційної скарги рішення, якщо його не скасовано, набирає законної сили після повернення апеляційної скарги, відмови у відкритті чи закриття апеляційного провадження або прийняття постанови судом апеляційної інстанції за наслідками апеляційного перегляду.
Рішення може бути оскаржене в апеляційному порядку до Шостого апеляційного адміністративного суду протягом тридцяти днів з дня складення повного судового рішення.

Позивач:	Товариство з обмеженою відповідальністю "АГРО ГАЗ ТРЕЙДІНГ" (вул. Мечнікова, 2, поверх 10,м. Київ,01133 , код ЄДРПОУ - 41037791) 	
Відповідач:	Державна податкова служба України (пл. Львівська, 8,м. Київ,04053 , код ЄДРПОУ - 43005393) 	
 		
Головуючий суддя 		Є.В. Печений