МИКОЛАЇВСЬКИЙ ОКРУЖНИЙ АДМІНІСТРАТИВНИЙ СУД
Р І Ш Е Н Н Я
І М Е Н Е М У К Р А Ї Н И
21 січня 2026 р.  	№ 400/11207/24 	
м. Миколаїв
Миколаївський окружний адміністративний суд у складі судді Брагар В. С. розглянув у порядку спрощеного позовного провадження адміністративну справу 

за позовом	Товариства з обмеженою відповідальністю «ПОЛЮС-ЮГ КОМПАНІ», просп. Центральний, 139, кв.95,м. Миколаїв,54055,  	

до відповідачів	Головного управління ДПС у Миколаївській області, вул. Героїв Рятувальників, 6,м. Миколаїв,54005,  Державної податкової служби України, пл. Львівська, 8,м. Київ,04053,  	

про	визнання протиправним та скасування рішення від 27.06.2024 року № 11313818/38790580; зобов`язання зареєструвати податкову накладну від 12.06.2024 року № 2,	

До Миколаївського окружного адміністративного суду звернулось товариство з обмеженою відповідальністю “ПОЛЮС-ЮГ КОМПАНІ” (далі - позивач) з адміністративним позовом до Головного управління ДПС у Миколаївській області (далі - відповідач 1) та Державної податкової служби України (далі - відповідач 2) та просить:
- визнати протиправним і скасувати рішення про відмову в реєстрації податкових накладних/розрахунків коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних № 11313818/38790580 від 27.06.2024 року, прийняте комісією з питань зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних Головного управління ДПС у Миколаївській області;
- зобов`язати Державну податкову службу України зареєструвати у Єдиному реєстрі податкових накладних податкову накладну №2 від 12.06.2024 року, складену ТОВ “ПОЛЮС-ЮГ КОМПАНІ”.
В обґрунтування позовних вимог вказує, що відповідно до приписів Податкового кодексу України позивачем було складено податкову накладну та направлено її на реєстрацію в ЄРПН. Однак, реєстрацію податкової накладної було зупинено, зокрема: підставою зупинення реєстрації визначено: ПН складена та подана платником податку, що відповідає п. 8 Критеріїв ризиковості здійснення операцій. Запропоновано надати пояснення та/або копії документів. Позивачем було направлено в електронному вигляді до ДПС повідомлення щодо подачі документів про підтвердження реальності здійснення операції де було зазначено пояснення щодо діяльності позивача. Однак за результатом розгляду податковим органом наданих документів позивачем отримано рішення № 11313818/38790580 від 27.06.2024 року, яким відмовлено у реєстрації податкової накладної. Підставою для відмови податковим органом визначено: наданням платником податку копій документів, складених із порушенням законодавства. В графі «Додаткова інформація» вказано, що по платнику 16.05.2024р. прийнято рішення про відповідність платника податку на додану вартість критеріям ризиковості платника податку відповідно до п.8 Критеріїв ризиковості платника, Постанова КМУ від 11.12.2019р.№1165. Позивач вважає рішення про відмову у реєстрації податкової накладної протиправним та таким, що підлягає скасуванню, у зв`язку із чим звернувся до суду з вказаним позовом.
Ухвалою від 03.12.2024 року суд відкрив провадження у справі за правилами спрощеного позовного провадження. 
Від відповідача до суду надійшов відзив на позовну заяву, в якому просить відмовити у задоволенні позовних вимог та зазначає, що на момент винесення оскаржуваного рішення про відмову в реєстрації ПН, позивач не виконав вимоги Податкового кодексу України та Порядку №520 щодо підтвердження правомірності формування та подання податкової накладної і саме з цих підстав контролюючий орган відмовив в реєстрації ПН. 
ДПС України у встановлені строки відзив до суду не надав.
Ухвалою від 08.01.2025 року суд зупинив провадження в адміністративній справі № 400/11207/24 до набрання законної сили судовим рішенням у справі № 400/10325/24.
Провадження у справі поновлено ухвалою від 22.09.2025 року. 
З`ясувавши фактичні обставини, на яких ґрунтуються позовні вимоги, оцінивши докази, які мають значення для розгляду справи і вирішення спору по суті, дослідивши матеріали, що містяться у справі, суд 
ВСТАНОВИВ:
ТОВ “ПОЛЮС-ЮГ КОМПАНІ” зареєстровано 29.07.2013, номер запису в Єдиному державному реєстрі юридичних осіб, фізичних осіб-підприємців та громадських формувань: 15221020000023679.
Видами діяльності позивача за КВЕД є 46.69 Оптова торгівля іншими машинами й устаткованням (основний) 46.43 Оптова торгівля побутовими електротоварами й електронною апаратурою побутового призначення для приймання, записування, відтворювання звуку й зображення 95.22 Ремонт побутових приладів, домашнього та садового обладнання 46.75 Оптова торгівля хімічними продуктами 47.54 Роздрібна торгівля побутовими електротоварами в спеціалізованих магазинах 33.12 Ремонт і технічне обслуговування машин і устатковання промислового призначення 33.20 Установлення та монтаж машин і устатковання 43.21 Електромонтажні роботи. 
Холодильне обладнання поставляється під замовлення зокрема ТОВ “ЛАКТАЛІС”, ТОВ “Салтівський м`ясокомбінат”, ТОВ “ТБС”, ТОВ “АГРАНА ФРУТ”.
Основним постачальником обладнання для ТОВ “ПОЛЮС-ЮГ КОМПАНІ” на 2024 рік є виробник КЕLVION з.г.о. (LLС), Чехія. Товар зберігається на складі, який підприємство орендує у ТОВ “Фриго-технік” за адресою: м. Миколаїв, вул.12 Повздовжня, 63.
23 квітня 2024 року ТОВ «ПОЛЮС-ЮГ КОМПАНІ» було укладено договір поставки № 23-04-2024 з ТОВ «Реф Інжиніринг», згідно зі специфікацією до якого позивач зобов`язався поставити випарник двопоточний FC38D-i-63357 в кількості 2 шт. загальною вартістю 314381,86 грн., в т.ч. ПДВ 52396,98 грн. 
На виконання умов договору поставки покупець оплатив за товар частково в сумі 157190,93 грн., в т.ч. ПДВ 26198,49 грн. за платіжною інструкцією № 1437 від 12.06.2024. ТОВ «ПОЛЮС-ЮГ КОМПАНІ» за видатковою накладною 14 від 17.06.2024 здійснило відвантаження випарника двопоточного FC38D-i-63357 в кількості 2 шт. загальною вартістю 314381,86 грн., в т.ч. ПДВ 52396,98 грн. 
На виконання вимог п. 201.10 ст. 201 ПК України 12.06.2024 ТОВ «ПОЛЮС-ЮГ КОМПАНІ» було складено та направлено 18.06.2024 до Єдиного реєстру податкових накладних (далі за текстом – ЄРПН) відповідно податкову накладну № 2 від 12.06.2024. 
Відповідно до Квитанції, контролюючим органом прийнято податкову накладну № 2 від 12.06.2024, але реєстрацію її зупинено.
У квитанції зазначено, що ПН складена та подана платником податку, що відповідає п. 8 Критеріїв ризиковості здійснення операцій. Запропоновано надати пояснення та/або копії документів. Також позивачу було запропоновано надати пояснення та копії документів щодо підтвердження інформації, зазначеній у податковій накладній для розгляду питання прийняття рішення про реєстрацію/відмову в реєстрації податкової накладної в ЄРПН. 
ТОВ "ПОЛЮС-ЮГ КОМПАНІ", засобами електронного зв`язку, направило на електронну адресу Головного управління ДПС Пояснення з первинними документами щодо здійснення господарських операцій по податковій накладній № 2 від 12.06.2024 року. 
Однак, Комісією ГУ ДПС в Миколаївській області прийнято рішення № 11313818/38790580 від 27.06.2024 року, яким відмовлено у реєстрації податкової накладної № 2 від 12.06.2024 року.
Підставою для відмови зазначено, що позивачем ненадано/частково надано додаткові письмові пояснення та копії документів стосовно підтвердження інформації, зазначеної у ПН/розрахунку коригування, реєстрацію яких зупинено ЄРПН, при отримані повідомлення про необхідність надання додаткових пояснень та/або документів, необхідних для розгляду питання прийняття комісією регіонального рівня рішення про реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування, реєстрацію яких зупинено ЄРПН, платником податку.
В графі «Додаткова інформація» вказано, що по платнику 16.05.2024р. прийнято рішення про відповідність платника податку на додану вартість критеріям ризиковості платника податку відповідно до п.8 Критеріїв ризиковості платника, Постанова КМУ від 11.12.2019р.№1165. 
Не погоджуючись з рішенням Комісії ГУ ДПС про відмову у реєстрації податкової накладної в ЄРПН, позивач звернувся з вказаним позовом до суду.
Надаючи правову оцінку спірним правовідносинам суд зазначає наступне.
Спеціальним законом з питань оподаткування, який установлює порядок погашення зобов`язань юридичних або фізичних осіб перед бюджетами та державними цільовими фондами з податків і зборів (обов`язкових платежів), нарахування і сплату пені та штрафних санкцій, що застосовуються до платників податків і визначає заходи, які вживаються контролюючим органом з метою погашення платниками податків податкового боргу є Податковий Кодекс України.
Згідно з п. 201.1 ст. 201 ПК України, на дату виникнення податкових зобов`язань платник податку зобов`язаний скласти податкову накладну в електронній формі з дотриманням умови щодо реєстрації у порядку, визначеному законодавством, електронного підпису уповноваженої платником особи та зареєструвати її в Єдиному реєстрі податкових накладних у встановлений цим Кодексом термін.
Пунктом 201.10 ст. 201 ПК України, передбачено, що при здійсненні операцій з постачання товарів/послуг платник податку продавець товарів/послуг зобов`язаний в установлені терміни скласти податкову накладну, зареєструвати її в Єдиному реєстрі податкових накладних та надати покупцю за його вимогою.
Податкова накладна, складена та зареєстрована в Єдиному реєстрі податкових накладних платником податку, який здійснює операції з постачання товарів/послуг, є для покупця таких товарів/послуг підставою для нарахування сум податку, що відносяться до податкового кредиту.
Пунктом 2 Порядку ведення Єдиного реєстру податкових накладних, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України № 1246 від 29.12.2010 року (надалі - Порядок № 1246) визначено, що податкова накладна - електронний документ, який складається платником податку на додану вартість (далі платник податку) відповідно до вимог Податкового кодексу України в електронній формі у затвердженому в установленому порядку форматі (стандарті) та надсилається для реєстрації.
Згідно з пунктом 12 Порядку № 1246, після надходження податкової накладної та/або розрахунку коригування до ДФС в автоматизованому режимі здійснюється їх розшифрування та проводяться перевірки: відповідності податкової накладної та/або розрахунку коригування затвердженому формату (стандарту); чинності електронного цифрового підпису, порядку його накладення та наявності права підписання посадовою особою платника податку таких податкової накладної та/або розрахунку коригування; реєстрації особи, що надіслала на реєстрацію податкову накладну та/або розрахунок коригування, платником податку на момент складення та реєстрації таких податкової накладної та/або розрахунку коригування; дотримання вимог, установлених пунктом 192.1 статті 192 та пунктом 201.10 статті 201 Кодексу; наявності помилок під час заповнення обов`язкових реквізитів відповідно до пункту 201.1 статті 201 Кодексу; наявності суми податку на додану вартість відповідно до пунктів 200-1.3 і 200-1.9 статті 200-1 Кодексу (для податкових накладних та/або розрахунків коригування, що реєструються після 1 липня 2015 р.); наявності в Реєстрі відомостей, що містяться у податковій накладній, яка коригується; факту реєстрації/зупинення реєстрації/відмови в реєстрації податкової накладної та/або розрахунку коригування з такими ж реквізитами; відповідності податкових накладних та/або розрахунків коригування критеріям оцінки ступеня ризиків, достатнім для зупинення їх реєстрації відповідно до пункту 201.16 статті 201 Кодексу; дотримання вимог Законів України "Про електронний цифровий підпис", "Про електронні документи та електронний документообіг" та Порядку обміну електронними документами з контролюючими органами, затвердженого в установленому порядку.
Відповідно до пункту 13 Порядку № 1246, за результатами перевірок, визначених пунктом 12 цього Порядку, формується квитанція про прийняття або неприйняття, або зупинення реєстрації податкової накладної та/або розрахунку коригування (далі - квитанція).
З 01.02.2020 року набрала чинності постанова Кабінету Міністрів України від 11.12.2019 року № 1165 "Про затвердження порядків з питань зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних" (надалі - Порядок № 1165), яка визначає механізм зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних, організаційні та процедурні засади діяльності комісій з питань зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Реєстрі, права та обов`язки їх членів.
Відповідно до п. 2 Порядку № 1165, автоматизований моніторинг відповідності податкової накладної/розрахунку коригування критеріям оцінки ступеня ризиків - сукупність заходів та методів, що застосовуються контролюючим органом для виявлення ознак наявності ризиків порушення норм податкового законодавства за результатами проведення автоматизованого аналізу наявної в інформаційних системах контролюючих органів податкової інформації.
Критерій оцінки ступеня ризиків, достатній для зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Реєстрі, - визначений показник автоматизованого моніторингу, що характеризує ризик.
Ризик порушення норм податкового законодавства - ймовірність складення та надання податкової накладної/розрахунку коригування для реєстрації в Реєстрі з порушенням норм пп. "а" або "б" п. 185.1 ст. 185, пп. "а" або "б" п. 187.1 ст. 187, абзацу 1 п. 201.1, 201.7, 201.10 ст. 201 ПК України за наявності об`єктивних ознак неможливості здійснення операції з постачання товарів/послуг, дані про яку зазначено в такій податковій накладній/розрахунку коригування, та/або ймовірності уникнення платником податку на додану вартість виконання свого податкового обов`язку.
Відповідно до п. 6 Порядку № 1165, у разі коли за результатами автоматизованого моніторингу платник податку, яким складено податкову накладну/розрахунок коригування, відповідає хоча б одному критерію ризиковості платника податку, реєстрація таких податкової накладної/розрахунку коригування зупиняється.
Питання відповідності/невідповідності платника податку критеріям ризиковості платника податку розглядається комісією регіонального рівня.
У разі встановлення відповідності платника податку хоча б одному з критеріїв ризиковості платника податку комісією регіонального рівня приймається рішення про відповідність платника податку критеріям ризиковості платника податку.
Як вбачається із змісту квитанцій про зупинення реєстрації податкових накладних, підставою для такого зупинення став п. 8 Критеріїв ризиковості платника податку.
Відповідно до п. 8 Критеріїв ризиковості платника податку (додаток № 1 до Порядку № 1165), наявність у контролюючого органу податкової інформації, що визначає ризиковість здійснення господарської операції в поданих для реєстрації ПН/РК.
Суд звертає увагу, що посилання у квитанціях про зупинення реєстрації податкових накладних на п. 8 Критеріїв ризиковості не розкриває зміст та не конкретизує підстав зупинення реєстрації податкових накладних, а також не відображає переліку документів, необхідних податковому органу для реєстрації таких накладних.
Верховний Суд у постановах від 16.04.2019 року у справі № 826/10649/17, від 28.11.2019 року у справі № 1640/2650/18, від 03.11.2021 року у справі № 360/2460/20 вказав, що можливість надання платником податків вичерпного переліку документів на підтвердження правомірності формування та подання податкової накладної прямо залежить від чіткого визначення фіскальним органом конкретного виду критерію оцінки ступеня ризиків з зазначенням необхідності надання документів за вичерпним переліком, відповідно до критерію зупинення реєстрації податкової накладної, а не довільно, на власний розсуд.
Відповідно до матеріалів справи, у квитанції не конкретизовано, які саме документи необхідно надати платнику податків та чого мають стосуватися пояснення такого платника податків для того, аби реєстрація податкової накладної стала можливою, що також свідчить про невідповідність сформованої квитанції вимогам до неї, які визначені пунктом 11 Порядку № 1165.
Формальне зазначення у квитанціях пропозиції "надання пояснень та копій документів щодо підтвердження інформації, зазначеної в податковій накладній/розрахунку коригування для розгляду питання прийняття рішення про реєстрацію/відмову в реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в ЄРПН" є лише дублюванням норми пп. 3 п. 11 Порядку № 1165.
Умови такої пропозиції дають підстави позивачу самостійно визначати перелік необхідних документів, що в подальшому виключає посилання відповідача на їх недостатність чи неповноту та спростовує доводи про недостатність документів, поданих позивачем на підтвердження реальності проведених операцій.
Таким чином, жодних відомостей стосовно господарської операції з контрагентом відповідач 1 у квитанціях не зазначає, але витребує документи та пояснення, які спростовують цю податкову інформацію, не зазначаючи при цьому їх перелік.
За таких умов, рішення податкового органу не відповідає критеріям чіткості та зрозумілості актів індивідуальної дії та породжує неоднозначне їх трактування, що в свою чергу впливає на можливість реалізації права або виконання обов`язку платником податків виконати юридичне волевиявлення суб`єкта владних повноважень.
Наказом Міністерства фінансів України № 520 від 12.12.2019 року затверджено Порядок прийняття рішень про реєстрацію/відмову в реєстрації податкових накладних/розрахунків коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних (надалі - Порядок № 520).
Згідно п. 4 Порядку № 520, у разі зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Реєстрі платник податку має право подати копії документів та письмові пояснення стосовно підтвердження інформації, зазначеної у податковій накладній/розрахунку коригування, для розгляду питання прийняття комісією регіонального рівня рішення про реєстрацію/відмову в реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Реєстрі.
За приписами п. 5 Порядку № 520, перелік документів, необхідних для розгляду питання прийняття комісією регіонального рівня рішення про реєстрацію/відмову в реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Реєстрі, реєстрацію яких зупинено в Реєстрі, може включати:
- договори, зокрема зовнішньоекономічні контракти, з додатками до них;
- договори, довіреності, акти керівного органу платника податку, якими оформлено повноваження осіб, які одержують продукцію в інтересах платника податку для здійснення операції;
- первинні документи щодо постачання/придбання товарів/послуг, зберігання і транспортування, навантаження, розвантаження продукції, складські документи (інвентаризаційні описи), у тому числі рахунки-фактури/інвойси, акти приймання-передачі товарів (робіт, послуг) з урахуванням наявності певних типових форм і галузевої специфіки, накладні;
- розрахункові документи та/або банківські виписки з особових рахунків;
- документи щодо підтвердження відповідності продукції (декларації про відповідність, паспорти якості, сертифікати відповідності), наявність яких передбачено договором та/або законодавством.
За приписами п. 11 Порядку № 520, комісія регіонального рівня приймає рішення про відмову в реєстрації податкової накладної/ розрахунку коригування в Реєстрі в разі:
- ненадання платником податку письмових пояснень стосовно підтвердження інформації, зазначеної у податковій накладній/розрахунку коригування, реєстрацію яких зупинено в Реєстрі;
- та/або ненадання платником податку копій документів відповідно до пункту 5 цього Порядку;
- та/або надання платником податку копій документів, складених/оформлених із порушенням законодавства.
Тобто чинними нормативно-правовими актами визначено вичерпний перелік підстав, які можуть слугувати підставою для прийняття рішення про відмову у реєстрації податкових накладних.
З оскаржуваних рішень про відмову у реєстрації податкових накладних вбачається, що вони не містять конкретної інформації, щодо причин та підстав для прийняття таких рішень, а лише містить загальну фразу про те, що причиною їх прийняття є ненадання/часткове ненадання додаткових письмових пояснень та копій документів стосовно підтвердження інформації, зазначеної у податковій накладній /розрахунку коригування, реєстрацію яких зупинено в Єдиному реєстрі податкових накладних, при отриманні повідомлення про необхідність надання додаткових пояснень та/або документів, необхідних для розгляду питання прийняття комісією регіонального рівня рішення про реєстрацію податкової накладної /розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних, платником податків. В графі «Додаткова інформація» вказано, що по платнику 16.05.2024р. прийнято рішення про відповідність платника податку на додану вартість критеріям ризиковості платника податку відповідно до п.8 Критеріїв ризиковості платника, Постанова КМУ від 11.12.2019р.№1165.
Законодавство не висуває вимоги до платника податків у разі зупинення реєстрації податкової накладної сканувати та надавати на адресу контролюючого органу всю власну бухгалтерію.
Наявні в матеріалах справи документи у повній мірі підтверджують реальність вищевказаних господарських операцій, за наслідками яких складено та направлено для реєстрації податкові накладні.
Разом з тим, відповідачі не заперечують факт подання позивачем пояснень та копій первинних документів. Але вважають, що їх недостатньо.
Позивач надав документи, яких, на його думку, достатньо для прийняття рішення про реєстрацію податкових накладних/розрахунків коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних. Проте, посилання на вказані підстави в обґрунтування прийняття рішення про відмову, за відсутності встановленого законодавством вичерпного переліку документів, та за умови не наведення комісією доказів того, що документи, подані позивачем є недостатніми чи такими, що у своїй сукупності викликають сумнів у достовірності наданої інформації, свідчить про протиправність такого рішення.
Суд зазначає, що відсутність певного документа чи ненадання його контролюючому органу не може бути підставою для відмови в реєстрації податкових накладних чи розрахунку коригування без наведення відповідного обґрунтування, а також за умови, якщо інші надані документи підтверджують проведення господарської операції. Приймаючи рішення про реєстрацію податкової накладної, контролюючий орган не повинен здійснювати повний аналіз господарських операцій позивача на предмет їх реальності. Змістовна оцінка господарських операцій може бути проведена лише за результатом здійснення податкової перевірки платника податків, підстави та порядок проведення якої визначено нормами ПК України. Предметом розгляду в цій справі є виключно стадія правильності та правомірності зупинення та відмови в реєстрації податкової накладної, а не реальність та товарність здійснення господарських операцій між позивачем та його контрагентом.
До того ж, не зазначення (не здійснення підкреслення) в квитанції про зупинення реєстрації ПН/РК конкретних документів, які необхідно подати платнику податків для реєстрації, не зазначення конкретного переліку документів, які не були надані та стали підставою для прийняття оскаржуваних рішень про відмову у такій реєстрації, позбавили платника податків у встановленому законодавством порядку надати відповідні документи, навести свої аргументи та доводи.
Можливість виконання платником податків обов`язку надати документи, необхідні для прийняття рішення про реєстрацію податкової накладної та/або розрахунку коригування, прямо залежить від чіткого визначення контролюючим органом конкретного переліку цих документів. Хоча перелік документів, необхідних для прийняття рішення про реєстрацію податкової накладної/розрахунку коригування в ЄРПН визначено Порядком №520, конкретний перелік таких документів може залежати, зокрема, від змісту операції з постачання, суб`єктного складу її учасників, їх податкової поведінки. Суд вважає, що надіслані позивачем письмові пояснення з копіями первинних та інших документів повністю відображають зміст господарської операції позивача із його контрагентом та були достатніми для прийняття податковим органом рішення про реєстрацію податкових накладних. Натомість, всупереч частини другої статті 77 КАС України контролюючий орган не довів належними, достатніми та беззаперечними доказами правомірність спірного рішення у справі.
Щодо зазначення в графі «Додаткова інформація», що по платнику 16.05.2024р. прийнято рішення про відповідність платника податку на додану вартість критеріям ризиковості платника податку відповідно до п.8 Критеріїв ризиковості платника, Постанова КМУ від 11.12.2019р.№1165, то суд зазначає наступне. 
Так, рішенням Миколаївського окружного адміністративного суду від 30.04.025 року у справі № 400/10325/25 визнано протиправним та скасувати прийняте 01.08.2024 комісією з питань зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних Головного управління ДПС у Миколаївській області рішення № 21963; зобов`язано Головне управління ДПС у Миколаївській області виключити Товариство з обмеженою відповідальністю “ПОЛЮС-ЮГ КОМПАНІ” з переліку платників податку, які відповідають критеріям ризиковості. Рішення набрало законної сили 05.08.2025 року. 
Відповідно до ч. 4 ст. 78 КАС України обставини, встановлені рішенням суду у господарській, цивільній або адміністративній справі, що набрало законної сили, не доказуються при розгляді іншої справи, у якій беруть участь ті самі особи або особа, стосовно якої встановлено ці обставини, якщо інше не встановлено законом.
Отже, з огляду на вищевикладене, суд доходить висновку, що рішення про відмову в реєстрації податкової накладної не відповідає критерію обґрунтованості.
Таким чином, з метою відновлення прав та інтересів позивача, за захистом яких він звернувся до суду, та з метою дотримання судом гарантій на те, що спір між сторонами буде остаточно вирішений, суд дійшов висновку про необхідність зобов`язання Державної податкової служби України зареєструвати в ЄРПН податкову накладну № 2 від 12.06.2024 року, датою її подання. 
Аналогічна правова позиції викладена у постановах Верховного Суду від 28.11.2019 у справах № 1640/2650/18 та від 22.07.2019 у справі № 815/2985/18.
На підставі вищевикладеного, з метою належного захисту прав позивача, суд вважає за необхідне зобов`язати ДПС України здійснити реєстрацію податкової накладної № 2 від 12.06.2024 року.
Оцінюючи докази у справі в їх сукупності, суд дійшов висновку, що відповідач не спростував належними та допустимими доказами наведені позивачем доводи, а тому позовні вимоги є обґрунтованими та такими, що підлягають задоволенню.
Згідно з ч.1 ст.139 КАС України при задоволенні позову сторони, яка не є суб`єктом владних повноважень, всі судові витрати, які підлягають відшкодуванню або оплаті відповідно до положень цього Кодексу, стягуються за рахунок бюджетних асигнувань суб`єкта владних повноважень, що виступав відповідачем у справі, або якщо відповідачем у справі виступала його посадова чи службова особа.
При поданні позову позивач сплатив 4844,80 грн. судового збору, що підтверджується квитанцією від 14.11.2024 року №2694.
Згідно ч. 3 ст. 4 ЗУ “Про судовий збір”, при поданні до суду процесуальних документів, передбачених частиною другою цієї статті, в електронній формі - застосовується коефіцієнт 0,8 для пониження відповідного розміру ставки судового збору.
Як вбачається з матеріалів справи, позов поданий через систему "Електронний суд".
Враховуючи заявлені позовні вимоги, позивач повинен був сплатити до суду судовий збір у розмірі 2422,40 грн. із застосуванням коефіцієнту 0,8 для пониження ставки судового збору.
За таких обставин позивач надмірно сплатив 2 422,40 судового збору.
Пунктом 1 частини першої статті 7 Закону України від 08.07.2011 року № 3674-VI “Про судовий збір” визначено, що сплачена сума судового збору повертається за клопотанням особи, яка його сплатила за ухвалою суду у разі зменшення розміру позовних вимог або внесення судового збору в більшому розмірі, ніж встановлено законом.
З огляду на зазначене, судовий збір в сумі 2422,40 грн підлягає стягненню за рахунок бюджетних асигнувань відповідачів солідарно, а решта – 2422,40 грн підлягає поверненню за клопотанням особи, яка його сплатила за ухвалою суду. 
На підставі викладеного, керуючись статтями 2,3,6,139,241-246 КАС України, суд, -
ВИРІШИВ:
1. Адміністративний позов Товариства з обмеженою відповідальністю «ПОЛЮС-ЮГ КОМПАНІ» (просп. Центральний, 139, кв.95,м. Миколаїв,54055, ідентифікаційний код 38790580) до Головного управл,іння ДПС у Миколаївській області (вул. Героїв Рятувальників, 6,м. Миколаїв, 54005 ідентифікаційний код 44104027) Державної податкової служба України (пл. Львівська, 8,м. Київ,04053, ідентифікаційний код 43005393) про визнання протиправним та скасування рішення від 27.06.2024 року № 11313818/38790580; зобов`язання зареєструвати податкову накладну від 12.06.2024 року № 2, задовольнити. 
2. Визнати протиправним і скасувати рішення про відмову в реєстрації податкових накладних/розрахунків коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних № 11313818/38790580 від 27.06.2024 року, прийняте комісією з питань зупинення реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних Головного управління ДПС у Миколаївській області.
3. Зобов`язати Державну податкову службу України (Львівська площа, 8, м. Київ, 04053, ідентифікаційний код 43005393) зареєструвати у Єдиному реєстрі податкових накладних податкову накладну № 2 від 12.06.2024 року, складену товариством з обмеженою відповідальністю “ПОЛЮС-ЮГКОМПАНІ” (пр-т Центральний, 139, кв. 95, м. Миколаїв, 54055, ЄДРПОУ 38790580).
4. Стягнути за рахунок бюджетних асигнувань Державної податкової служби України (Львівська площа, 8, м. Київ, 04053 ідентифікаційний код 43005393) на користь Товариства з обмеженою відповідальністю «ПОЛЮС-ЮГ КОМПАНІ» (просп. Центральний, 139, кв.95,м. Миколаїв, 54055, ідентифікаційний код 38790580) судовий збір в розмірі 1211,20 грн (одна тисяча двісті одинадцять гривень двадцять копійок).
5. Стягнути за рахунок бюджетних асигнувань Державної податкової служби України (Львівська площа, 8, м. Київ, 04053, ідентифікаційний код 43005393) на користь товариства з обмеженою відповідальністю "ПОЛЮС-ЮГ КОМПАНІ" (просп. Центральний, 139, кв.95,м. Миколаїв,54055, ідентифікаційний код 38790580) судовий збір в розмірі 1211,20 грн (одна тисяча двісті одинадцять гривень двадцять копійок).
Рішення суду набирає законної сили після закінчення строку подання апеляційної скарги всіма учасниками справи, якщо апеляційну скаргу не було подано.
У разі подання апеляційної скарги рішення, якщо його не скасовано, набирає законної сили після повернення апеляційної скарги, відмови у відкритті чи закриття апеляційного провадження або прийняття постанови судом апеляційної інстанції за наслідками апеляційного перегляду.
Апеляційна скарга може бути подана до П`ятого апеляційного адміністративного суду протягом тридцяти днів з дня його проголошення.

Суддя В. С. Брагар